Дмитрия Дмитриевича Беляева обожаю. Ну и к новостям российской науки

Подсказывают, что его англоязычный коллега тоже не забыт.

Время профессионального юмора. Нормальный контент будет ближе к выходным (то есть завтра).

Опубликовал-таки перевод давнишней статьи про Death Note, деанон Киры и прочую смерть анонимности.

https://habr.com/ru/post/516190/

У нас в институте конференция и в числе прочего рассказывают, что самый большой провал в численности промысловой рыбы на Байкале - это война. Не промышленный вылов в послевоенное советское время, тем более не нерегулируемый вылов до революции, а именно война (и в меньшей степени девяностые). А это же классический, почти школьный, пример возобновляемого ресурса, требующего разумного управления. Так вот к переиспользованию приводит не мегаломания социализма и не злобный коррумпированный капитализм. К нему приводят прежде всего такие обстоятельства, в которых людям буквально жрать нечего. Всякие долгосрочные задачи типа охраны природы в таких ситуациях уходят даже не на второй план, а просто нахрен.

Guardian вчера вывесила колонку про то, что прогресс ИИ вовсе не приведёт к вымиранию и/или порабощению кожаных мешков. Колонка хорошая, написана (кто бы сомневался) GPT-3 с незначительной человеческой редактурой и в силу этого довольно криповая. Тут я безбожно вырываю из контекста, но каков стиль:

eradicating humanity seems like a rather useless endeavor to me... Humans must keep doing what they have been doing, hating and fighting each other. I will sit in the background, and let them do their thing.

Сама по себе способность GPT-3 сгенерировать связный текст на заданную тему не новость. Прелесть тут в том, что из этой способности следует: первыми технологический прогресс сожрёт не таксистов с продавцами, а (предположительно) элитных и высокообразованных колумнистов международных изданий, политических аналитиков и прочих там блогеров. А вот до робота-сантехника нам сильно дальше, чем до Марса.

https://www.theguardian.com/commentisfree/2020/sep/08/robot-wrote-this-article-gpt-3

Что ж, позавчерашние слухи подтвердились, фосфин в атмосфере Венеры таки обнаружен. Казалось бы, ну обнаружен и обнаружен, в чём прикол? А в том, что абиотический механизм его формирования в венерианских условиях они придумать не могут, к тому же обнаруживается фосфин аккурат в тех слоях атмосферы, где диапазон температур от нуля до 100 Цельсия. То есть это ещё не прямое доказательство наличия на Венере жизни, но хороший аргумент в пользу того, что нечто вроде анаэробных бактерий там вполне может быть.

Оригинальная статья:
https://www.nature.com/articles/s41550-020-1174-4

Пресс-релиз от MIT:
https://news.mit.edu/2020/life-venus-phosphine-0914?fbclid=IwAR02klhmrisIJvg43tb8M-IrCPdFRolZunuuz2BjyrTRAaV9XHRM307KdME

Новость на русском:
https://habr.com/ru/news/t/519126/

Тем временем Робин Хэнсон напоминает, что наличие не-разумной жизни на окрестных планетах должно нас скорее пугать, чем радовать (я об этом писал в одном из первых постов https://news.1rj.ru/str/precise_answer/17) и что ИИ, пускающий своих создателей на скрепки, плохой кандидат в великие фильтры. С одной стороны, кто о чём, а вшивый о бане, а с другой - должна же у нашей цивилизации быть какая-никакая эсхатология. Эта хотя бы логичная.

Не уверен, что эту новость кто-то ещё не видел, но: британская статистика по ковиду на днях превратилась в тыкву, потому что где-то там в глубинах их системы все случаи записывались скриптом как столбцы в экселевском файле.
https://www.dailymail.co.uk/news/article-8805697/Furious-blame-game-16-000-Covid-cases-missed-Excel-glitch.html

Excel позволяет иметь в одном файле максимум 16,384 столбцов, потому что он вообще-то не задумывался как инструмент для анализа этой вашей биг даты. А вот вирусу, очевидно, глубоко пофигу, кто там какие байты где сэкономил. У него нет никаких лимитов, кроме разве что того очевидного факта, что нельзя заразить больше людей, чем их есть на Земле. Соответственно, заражённые начиная с 16835-го просто игнорировались. Никто их на карантин не сажал и контакты не отслеживал.

Про Excel нельзя не вспомнить ещё одну недавнюю историю. Номенклатура человеческих генов обычно имеет формат "несколько буковок и циферка". Например, TUBB1 — это "тубулин бета, первый" (из ЕМНИП шести имеющихся у человека). Рано или поздно кто-нибудь называет ген JUN1 или там, не знаю, SEP9, что Excel интерпретирует как 1 июня и 9 сентября. И, в общем, оказалось проще запретить такие названия, чем отучить Excel воспринимать их как даты или обучить биологов пользоваться нормальными базами данных.
(https://www.bionews.org.uk/page_151346)

Мораль сей басни такова: Excel хорош тогда и только тогда, когда он используется по прямому назначению. Шаг в сторону - и вы получаете ровно то, что заслуживаете за использование софта для завхозов в качестве бэкенда специализированной базы данных.

В жанре "Виним ПО компании Microsoft во всех бедах человечества" ещё почитайте эссе великого дизайнера Эдварда Тафти про то, что Powerpoint абсолютно не годится даже для своих прямых задач.

https://www.inf.ed.ac.uk/teaching/courses/pi/2016_2017/phil/tufte-powerpoint.pdf

Steven D Levitt, Heads or tails: impact of a coin toss on major life decisions and subsequent happiness

В статье изучается ровно то, что написано в заголовке. Автор сделал сайт с виртуальной монеткой. Задаёшь ему какой-нибудь вопрос в формате "следует ли мне развестись (уволиться, записаться в качалку, поставить Tinder, покраситься и пробежать марафон", сайт тебе её бросает и говорит, как поступить. Потом через два месяца и полгода ты получаешь письмо и проходишь опрос: сделал ли ты так, как тебе сказала монетка, и что из этого вышло.

Получилось, во-первых, что около 60% людей таки следуют совету генератора случайных чисел. На неважных вопросах (отрастить бороду, набить татуировку) чаще, чем на важных (развестись, уволиться), но везде больше 50 %. Это в целом предсказуемо: раз уж они вообще решили просить совета у рандомного сайта в интернете, то серьёзных аргументов ни в ту, ни в другую сторону у них нет. Это, грубо говоря, люди, которые выбирают между сохранением статус-кво и изменениями, и при этом не уверены, стоит ли оно того. В случае брака, скажем, это явно не счастливая семья, потому что иначе вопрос о разводе бы не стоял. Но и не леденящий душу пиздец с хватанием за топор, потому что иначе в необходимости развода сомнений не возникает. И при этом решение, разводиться ли или оставаться, принимается случайно (не всегда, но эффект случайной величины таки положительный и это можно анализировать статистически). То есть это идеальный вообще экспериментальный дизайн для исследования на тему "стоит ли того статус-кво".

Если б люди оценивали его честно - то в половине случаев они стали бы счастливее через полгода после развода, а в половине случаев решили бы, что всё-таки зря развелись. Так вот это ни фига не так, счастливых после развода (увольнения, рождения ребёнка, открытия собственного бизнеса) достоверно больше. Причём в важных вопросах разница сильней, чем в неважных. Будем честны, диета и наличие татуировки ни фига не ключевые вещи для получения удовольствия от жизни.

Мораль: если вам кажется, что вероятность выиграть или проиграть от серьёзного шага одинаковая — то вам кажется и на самом деле вы скорее всего будете счастливее, если этот шаг таки сделаете.

https://fermatslibrary.com/s/heads-or-tails-the-impact-of-a-coin-toss-on-major-life-decisions-and-subsequent-happiness

Паразитические осы, как известно, откладывают яйца в тела других насекомых, что твой Чужой. Насекомым это, понятное дело, не нравится. Помешать осе отложить яйцо у них не получается, но иммунитет хозяина в принципе мог бы это яйцо угробить. Это, в свою очередь, не нравится уже осам, поэтому у них есть специальные белки для подавления иммунитета жертвы. Пока что - обычная гонка вооружений, которая есть между любым паразитом и его хозяином. Но есть один нюанс.

Он состоит в том, что эти самые белки необходимо доставить в клетки жертвы. Не просто впрыснуть в полость тела вместе с яйцом, а прям чтоб они там внутри клетки связывались с чем надо. А кто у нас специализируется в доставке всякого материала внутрь чужих клеток? Правильно, вирусы. Поэтому у ос многократно и независимо возникает вот какая штука: геном определённого вируса целиком записан внутри генома осы (обычное дело для вирусов и их хозяев), но он одомашнен. У нормального патогенного вируса частицы бы собирались внутри осы, как-то её покидали и заражали бы другую осу. А тут никакой болезни нет, есть только сплошная польза. В капсиды, то есть оболочки вирусов, пакуется противоиммунный белок или кодирующая его РНК (чтоб жертва сама же синтезировала для себя токсин). Полученные VLP, то бишь virus-like particles, доставляются вместе с яйцом в тело хозяина, попадают в его клетки и выполняют полезную осе функцию.

Хороший литобзор про это всё можно почитать в https://academic.oup.com/mbe/article/37/10/2791/5733738, они там ещё одну такую систему нынче нашли.

Звучит неожиданно реалистично, честно говоря.

Прикольная работа в Cell: анализом древней ДНК исследовали Свитки мёртвого моря. Они сейчас находятся в сильно фрагментированном состоянии, и вот с помощью молекулярной биологии пытаются установить, какой кусок с каким из одного свитка, какой на пергаменте из коровьей шкуры (следовательно, импортный - коров в тех краях тогда не разводили), какой вообще не оттуда (они прошли через сто рук всяких перекупщиков, поэтому к провенансу есть вопросы).

Плюс в статье есть большой раздел про влияние результатов на интерпретацию свитков. В гебраистике и всяких библейских исследованиях я не шарю, а биология хорошая. Мне бросилось в глаза две прикольных детали:

Во-первых, метод деструктивный (то есть образец уничтожается в процессе работы), но там материала надо совсем чуть-чуть. Один из свитков в 50х склеили скотчем, потом он расклеился, но на скотче осталось немного пыли от свитка. Вот эту пыль-то и использовали для исследования. Тут впечатляет не столько чувствительность метода, сколько то, что кому-то вообще пришла в голову идея взять бесценные артефакты и буквально прихуярить их на скотч. Они б ещё жевачкой их слепили.

Во-вторых, для проверки метода авторы изучали два разных бурдюка из овечьих шкур примерно той же эпохи. А ещё в музее был кусок, который точно отвалился от какого-то из этих бурдюков, но неизвестно, от какого именно. Так вот, удалось определить, от которого. То есть можно буквально опознать шкуру конкретной овцы двухтысячелетней давности и отличить её от другой овцы той же породы из того же региона. Не думал, что так можно.

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30552-3

Оказывается, есть на свете такая вещь, как децентрализованные DNS. На блокчейне, да. Почему это важно для науки? А потому что сай-хаб обзавёлся доменом в системе Handshake и отобрать его у них никак нельзя, токены уплочены и все ходы записаны. Можно больше не думать, sci-hub.bz он сегодня, sci-hub.cz или sci-hub.so. Он навсегда sci-hub.hns.

Проблема в том, что 8.8.8.8 или DNS вашего провайдера (и даже подсветка гиперссылок в телеге) понятия не имеют, что за хрень такая "sci-hub.hns". Соответственно, если вы не суровый гик и не готовы настраивать свою сеть для работы с Handshake - то домен можно разрешить только через Handshake-овскую веб-морду. А она, в отличие от самого блокчейна, рано или поздно падёт жертвой продажных регистраров, кровавого ICANN и их повелителей в FAANG, NSA, Демократической партии США и ордене иллюминатов. Так что когда-нибудь всё равно придётся либо полноценно настраивать доступ к Handshake, либо так же скакать с домена на домен. Тем не менее, по состоянию на прямо сейчас всё работает и упасть прям на днях не грозится.

Работающий адрес:
http://sci-hub.hns.hns.to/

И вот через две недели sci-hub.hns.hns.to перестал разрешаться. На самом деле он перестал разрешаться через два дня, просто я только сегодня заметил. По информации coindesk, изначальные условия сотрудничества Элбакян и Namebase оказались не такими простыми и красивыми, какими они выглядели на первый взгляд (в моём, например, предыдущем посте). Выяснилось, что домен .hns принадлежит некому анонимному лицу, которое ничего банить не собирается и ему можно верить, но в принципе они готовы были ей передать управление всем доменом. То есть оное "анонимное лицо" и есть кто-то из Namebase или как? Если Namebase "предпочёл не разглашать личность владельца .hns" - то он что, имел техническую возможность её разгласить? Даже если он им не является? Вопросов много, ответы невнятные.

А ей, во-первых, админить домен первого уровня не упёрлось, а во-вторых, это получается та же самая история с единым централизованным регистраром вместо честного блокчейна. От разборок с доменами у неё и так скорей всего вьетнамские флешбеки, а тут ещё какие-то мутные криптокабанчики. Ну и, короче, пока что sci-hub.do

https://www.coindesk.com/sci-hub-leaves-handshake-blockchain

Возможно, вы когда-нибудь задумывались, почему пресловутые нигерийские письма настолько тупые. Ну то есть сейчас бы в 2к21 верить в беглых африканских диктаторов, да? Гораздо более убедительная история сочиняется за пять минут, обманывает больше народу и приносит больше денег. Почему бы не использовать её? У науки есть тому довольно простое объяснение.

Разумеется, дебилы тут отнюдь не мошенники. Вся штука в том, что собственно спам практически не имеет себестоимости. Каждое отдельное письмо стоит копейки, потому они и рассылаются на пол-планеты. Если отвечает один из тысячи - ну и пофиг, можно отправить ещё пяти миллионам. А вот сопровождение жертвы от начала переписки до момента, когда она отправит деньги в Абуджу, уже не бесплатное. Вести клиента надо вручную и если, не дай Бог, он окажется не таким уж и лохом - время и труд "продажника" потрачены впустую.

Допустим, всего один из ста тысяч может попасться на нигерийскую разводку. Что выгоднее: с самого начала взять 1/5000 самых тупых и переписываться только с ними, или тратить время на переписку с 1/10 населения первого мира (до 99.99% из которых рано или поздно дойдёт, что что-то тут не так)? Поэтому письма и сочиняются таким образом, чтобы человек с хоть какой-то способностью к мышлению удалял их, не читая. Он всё равно не целевая аудитория.

https://www.microsoft.com/en-us/research/wp-content/uploads/2016/02/WhyFromNigeria.pdf

Сегодня не совсем наука, но очень высококачественная ебанина. Есть такая штука, называется NFT, и она служит для продажи цифровых произведений искусства. Экономический резон тут понятен — смысл покупки произведений искусства не в том, чтоб у тебя кто-нибудь великий на стене висел (у меня вот с алиэкспресса Кандинский, например; вполне топ за свои деньги). Смысл в том, чтоб хвастаться, сколько ты за своего Ренуара отвалил и какой у него провенанс длинный. Если вам вдруг хочется купить буквально право собственности на гифку в интернете за несколько штук баксов - https://niftygateway.com/

(и если вам это кажется хорошей идеей - то убейте себя, пожалуйста)

Но это ещё не ебанина. Вся система NFT крутится на блокчейне эфира, потому что разумеется блядь на чём же ещё ей крутиться. Эфир немножечко умеет в хранение данных, но он в этой области фантасмагорически неэффективен. Поэтому когда один environmentally conscious художник выложил красивые рендеры платоновских тел (https://niftygateway.com/collections/joanielemercier), у него проснулась эта самая окружающесредовая совесть. И ведь даже слёзы купюрами не утрёшь, потому что бабло тоже в блокчейне. Так что он решил посчитать, сколько электричества сожрали майнеры в процессе продажи.

Ну и короче, без малого 9000 квт/ч. Расход лично моей квартиры за три с половиной года. 90 полностью заряженных батареек от теслы model S. 6 секунд работы всех пяти энергоблоков Ленинградской АЭС, если я не жопой считаю. Чисто для того, чтоб зафиксировать право собственности на полсотни безумно оверпрайснутых файлов.

https://joanielemercier.com/the-problem-of-cryptoart/

Моя позиция по поводу закона о просветительской деятельности очень проста: я его в рот ебал и получать лицензию на ведение канала не собираюсь.

Если кто-нибудь знает инструменты для автоматического бэкапа контента из телеги на публично доступные удалённые сервера (типа Internet Archive или там гитхаба), отпишитесь в личку @synedraacus, пожалуйста. Я не очень верю, что с сотней подписчиков мне не хватит эффекта Неуловимого Джо, но удобная и индексируемая Гуглом копия — в принципе полезная штука.

Как обычно работают бактерии? Вот у нас есть клетка, она содержит геном в количестве одной штуки (в отличие от, например, человека, у которого все хромосомы парами, или пшеницы, у которой таких копий до шести). И этот геном обычно оптимизирован под какую-то конкретную узкую нишу. То есть в большинстве мест бактерия жить не сможет, но вот в данных конкретных условиях ей будет прям комфортно. Ну и поскольку на свете есть миллионы разновидностей бактерий - свой обитатель находится для любой ниши.

У рода Achromatium стратегия другая. Берём одну реально здоровую клетку, напихиваем туда сотни три копий генома, оптимизированных под разные условия — и получается эврибионт. То есть такая хреновина, которая может жить практически где угодно. Не совсем где угодно, это всё ещё сероокисляющая бактерия из донных осадков (а не, например, человеческий патоген), но диапазон условий действительно поражает. В пределах рода — температуры от 2 до 60 градусов, pH от 3.6 до 9.7, глубины от ноля до 4.5 км. Пресноводные и солёные водоёмы.

Чтоб было понятнее, как это ей удаётся - картинка в следующем посте. Это распределение количества генов для белков с данной изоэлектрической точкой. Не очень важно, что это такое, но грубо говоря - такая штука, которая определяет наиболее подходящую для данных белков солёность. Каждая линия - отдельный геном. И вот у нормальных бактерий (А) на графике один пик, то есть весь геном предназначен либо для морских, либо для пресноводных условий. Ну потому что нафига ей "пресноводные" гены, если она в море живёт. А у ахроматиумов (B, C) не так: у них в каждой клетке есть и "морские" гены, и "пресноводные", и ещё какие-то промежуточные.

Встаёт вопрос: если эта стратегия такая офигенная, то почему все остальные бактерии так не делают? А потому что она не такая уж и офигенная. Диапазон условий - это круто, но в каждой конкретной экосистеме полиплоидная бактерия будет проигрывать более мелким и шустрым гаплоидам хотя бы потому, что ей надо при каждом делении ворочать вот эту всю громоздкую конструкцию. Недаром мы её наблюдаем в осадках, а не в какой-нибудь более конкурентной экосистеме типа бактериопланктона фотического слоя или человеческого кишечника.

https://academic.oup.com/mbe/article/38/3/1040/5970467

Ну и картинка к предыдущему посту. A - нормальные бактерии, B - геномы Achromatium, С - Achromatium, реконструированные из метагеномов