msaa273f4.png
782.9 KB
Ну и картинка к предыдущему посту. A - нормальные бактерии, B - геномы Achromatium, С - Achromatium, реконструированные из метагеномов
TIL: систему препринтов, то бишь неофициального распространения научных статей до того, как они вышли в журналах, чуть было не создали ещё в шестидесятые. Система полезная, потому что даже при нормальных обстоятельствах от подачи статьи до её выхода проходит что-то около полугода (а порой это всё может и пару лет тянуться), а результаты могут кому-то пригодиться уже сейчас. Тогда редакции журналов заметили, что бизнес уплывает у них из рук, и потопили инициативу.
Неотвеченный вопрос, разумеется, в том, почему они не потопили аналогичную инициативу в наши дни.
https://fermatslibrary.com/s/the-prehistory-of-biology-preprints-a-forgotten-experiment-from-the-1960s#email-newsletter
Неотвеченный вопрос, разумеется, в том, почему они не потопили аналогичную инициативу в наши дни.
https://fermatslibrary.com/s/the-prehistory-of-biology-preprints-a-forgotten-experiment-from-the-1960s#email-newsletter
Fermat's Library
Fermat's Library | The prehistory of biology preprints: A forgotten experiment from the 1960s annotated/explained version.
Fermat's Library is a platform for illuminating academic papers.
Шоб мне когда-нибудь такие эбстракты писать в настоящих научных журналах. И такие заголовки тоже.
Для контекста: в психологии последние лет десять кризис репликации. То есть выяснилось, что куча классических работ не воспроизводится, а их выводы (расхайпленные, а то и вошедшие в учебники) были результатом либо каких-то личных особенностей пяти обследованных студентов, либо вообще чересчур творческого подхода к анализу данных. А social priming - это область исследований влияния социального контекста на человеческое мышление, которая в этом самом кризисе нажралась говна в просто невероятных количествах.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1047840X.2021.1889314
Для контекста: в психологии последние лет десять кризис репликации. То есть выяснилось, что куча классических работ не воспроизводится, а их выводы (расхайпленные, а то и вошедшие в учебники) были результатом либо каких-то личных особенностей пяти обследованных студентов, либо вообще чересчур творческого подхода к анализу данных. А social priming - это область исследований влияния социального контекста на человеческое мышление, которая в этом самом кризисе нажралась говна в просто невероятных количествах.
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1047840X.2021.1889314
Нынче увидел смешное: китайские феминистки (или точнее, некоторая их фракция, потому что два левых - это партия, а три левых - это раскол в партии) утверждают, что заботиться о качестве своих детей - дело женщины, и что размножение должно быть не просто так произвольным, а чётко продуманным и прежде всего основываться на евгенических принципах. В качестве практической реализации предлагают, разумеется, донорство спермы и централизованные банки со строгими критериями. https://www.sixthtone.com/news/1007117/the-curious-case-of-chinas-feminist-eugenicists#
Но смешное тут не в том, что под словом "патриархат" они подразумевают прежде всего "необходимость рожать детей от всяких уёбков". И даже не в том, что как раз таки в Китае уже был поставлен эксперимент по трансгенке человека, при наличии которой классическая евгеника в общем-то и не нужна.
Смешное тут то, что донорство спермы — в любом случае штука весьма разборчивая в смысле качества генетического материала. Например, из первых трёх российских центров, найденных в гугле (все три в Москве) один точно меня не возьмёт, потому что надо рост от 178. А два других имеют в требованиях всякие обтекаемые формулировки на тему "и чтоб рожа была не сильно стрёмная". В других местах видел ещё и требования к образованию (высшее, а то и научная степень). Не видел центров, которые просто берут и секвенируют геном вместо того, чтоб оценивать по косвенным признакам, но тоже скорей всего где-то есть. Дорого, конечно, но для достаточно богатых женщин это оптимальный вариант. То есть если вам непременно хочется поагитировать за, эм, оптимизацию генотипа человечества — то вполне достаточно будет агитировать за более широкое внедрение донорства спермы, а оптимизация будет идти в комплекте. К тому же не надо произносить нехорошее слово на букву "е".
Но смешное тут не в том, что под словом "патриархат" они подразумевают прежде всего "необходимость рожать детей от всяких уёбков". И даже не в том, что как раз таки в Китае уже был поставлен эксперимент по трансгенке человека, при наличии которой классическая евгеника в общем-то и не нужна.
Смешное тут то, что донорство спермы — в любом случае штука весьма разборчивая в смысле качества генетического материала. Например, из первых трёх российских центров, найденных в гугле (все три в Москве) один точно меня не возьмёт, потому что надо рост от 178. А два других имеют в требованиях всякие обтекаемые формулировки на тему "и чтоб рожа была не сильно стрёмная". В других местах видел ещё и требования к образованию (высшее, а то и научная степень). Не видел центров, которые просто берут и секвенируют геном вместо того, чтоб оценивать по косвенным признакам, но тоже скорей всего где-то есть. Дорого, конечно, но для достаточно богатых женщин это оптимальный вариант. То есть если вам непременно хочется поагитировать за, эм, оптимизацию генотипа человечества — то вполне достаточно будет агитировать за более широкое внедрение донорства спермы, а оптимизация будет идти в комплекте. К тому же не надо произносить нехорошее слово на букву "е".
#SixthTone
The Curious Case of China’s Feminist Eugenicists
The country’s extremely online feminists are ditching movement building to go all-in on shaming people for their lack of ‘uterine morality.’
Мировая наука установила, что в стаде ланей каждая конкретная лань скорее всего будет подражать поведению своего ближайшего соседа (то есть буквально той лани, которая стоит к ней ближе всего), а подражать поведению лани чуть подальше будет уже с меньшей вероятностью.
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-021-01814-9
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-021-01814-9
Забавная игрушка: попробуйте отличить настоящий заголовок и реферат статьи от сгенерированного нейросеткой.
https://www.stefanzukin.com/enigma/
https://www.stefanzukin.com/enigma/
Stefanzukin
Enigma
С сегодняшнего дня этот канал официально становится нелегальным, противозаконным, и вообще я тут сижу себе административку зарабатываю. Да и хер бы с ним, почитайте вот лучше про коммуникацию между снами и реальностью.
С точки зрения исследователей всё устроено крайне просто. Ни мозговых имплантов, ни гигантских нейросетей, парсящих в реальном времени сканы фМРТ, ничего такого. Испытуемый, владеющий навыками осознанного сновидения, погружается в сон с подключенным энцефалографом. Потом экспериментаторы произносят (просто вслух, опять же никакой магии) вопрос или задание, а сновидец на него отвечает заранее оговорённым движением глаз. Ответы в основном правильные, так что обмен информацией таки имел место быть. А вот как это воспринималось самим сновидцем:
Interestingly, participants reported that some signals were received as if coming from outside the dream or superimposed over the dream, whereas other signals were transmitted through components of the dream. For example, some words were heard as if played through a radio or delivered through means available during the dream.
Качество связи, правда, откровенно никчёмное. В ~60% случаев испытуемый не отвечает вовсе, а ещё в половине из оставшихся экспериментаторы не могут разобрать, что именно он ответил. И тем не менее оно скорее работает, чем нет.
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)00059-2
С точки зрения исследователей всё устроено крайне просто. Ни мозговых имплантов, ни гигантских нейросетей, парсящих в реальном времени сканы фМРТ, ничего такого. Испытуемый, владеющий навыками осознанного сновидения, погружается в сон с подключенным энцефалографом. Потом экспериментаторы произносят (просто вслух, опять же никакой магии) вопрос или задание, а сновидец на него отвечает заранее оговорённым движением глаз. Ответы в основном правильные, так что обмен информацией таки имел место быть. А вот как это воспринималось самим сновидцем:
Interestingly, participants reported that some signals were received as if coming from outside the dream or superimposed over the dream, whereas other signals were transmitted through components of the dream. For example, some words were heard as if played through a radio or delivered through means available during the dream.
Качество связи, правда, откровенно никчёмное. В ~60% случаев испытуемый не отвечает вовсе, а ещё в половине из оставшихся экспериментаторы не могут разобрать, что именно он ответил. И тем не менее оно скорее работает, чем нет.
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)00059-2
Интересная мысль: почему биологическая таксономия (как концепция, не как конкретный набор Линнеевских царств и семейств) вообще оказалась жизнеспособной? Вообще-то проект организации всего мироздания и всех знаний о нём в строгие иерархические категории - одна из самых неудачных идей эпохи Просвещения. Был, например, такой философский язык Джона Уилкинса, построенный на иерархии суффиксов. Скажем, камни вообще называются Di, то или иное их подмножество - Dib, Dic и так далее, а данный конкретный минерал будет называться Dicod или Dizyson. Язык (а точнее, иерархия, на которой он основан) оказался настолько произвольным и неудобным, что Лейбниц счёл идею идиотской, а через два века Борхес как раз для обсуждения языка Уилкинса сочинил знаменитую классификацию животных на принадлежащих императору, нарисованных тонкой кистью, похожих издали на мух и проч.
Линней откапывает идею, которая уже к его времени была лет сто как признана никчёмной - и вдруг оказывается, что в данном конкретном случае она работает. Сейчас-то нам понятно, что эволюция как раз вполне иерархическая штука: все люди восходят к одному пра-человеку (точнее, к небольшой популяции пра-людей, но на таких дистанциях это почти одно и то же); пра-человек, пра-шимпанзе и пра-бонобо в свою очередь имели одного конкретного общего предка, от которого никто, кроме них, не произошёл; ну и так далее до пра-бактерии, плававшей в первичном бульоне. Её, кстати, принято называть LUCA - Last Universal Common Ancestor, последний всеобщий предок, потому что больше про неё ничего толком не известно.
Но Линней-то ничего этого не знал. Он взял концепцию, про которую было известно, что она фундаментально плоха, хотя на практике время от времени худо-бедно работает. А через два века вдруг выяснилось, что это чуть ли не единственный случай, когда (обычно неверные) допущения вполне себе описывают действительность.
Линней откапывает идею, которая уже к его времени была лет сто как признана никчёмной - и вдруг оказывается, что в данном конкретном случае она работает. Сейчас-то нам понятно, что эволюция как раз вполне иерархическая штука: все люди восходят к одному пра-человеку (точнее, к небольшой популяции пра-людей, но на таких дистанциях это почти одно и то же); пра-человек, пра-шимпанзе и пра-бонобо в свою очередь имели одного конкретного общего предка, от которого никто, кроме них, не произошёл; ну и так далее до пра-бактерии, плававшей в первичном бульоне. Её, кстати, принято называть LUCA - Last Universal Common Ancestor, последний всеобщий предок, потому что больше про неё ничего толком не известно.
Но Линней-то ничего этого не знал. Он взял концепцию, про которую было известно, что она фундаментально плоха, хотя на практике время от времени худо-бедно работает. А через два века вдруг выяснилось, что это чуть ли не единственный случай, когда (обычно неверные) допущения вполне себе описывают действительность.
Минутка милоты на нашем канале. Люди в целом склонны считать себя умнее, чем они есть на самом деле. Но, оказывается, IQ своих партнёров (в смысле супругов и любовниц(-ков), а не бизнес-партнёров) они переоценивают ещё больше.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160289618302150
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160289618302150
Про создание организмов с кастомным генетическим кодом я когда-то уже писал (https://news.1rj.ru/str/precise_answer/44). Там они этим пользовались для снижения скорости эволюции (что полезно для всякого биотеха - чтоб твои бактерии подольше оставались ровно такими, какими ты их сделал). Можно добавить поддержку нестандартных аминокислот, если вдруг надо.
А ещё, оказывается, это даёт резистентность к вирусам - потому что они-то используют стандартный код и в клетке, не понимающей часть кодонов, их белки просто не синтезируются.
https://www.gwern.net/docs/genetics/editing/2021-robertson.pdf
А ещё, оказывается, это даёт резистентность к вирусам - потому что они-то используют стандартный код и в клетке, не понимающей часть кодонов, их белки просто не синтезируются.
https://www.gwern.net/docs/genetics/editing/2021-robertson.pdf
Telegram
У науки точный ответ
В генетической инженерии есть один неприятный момент: созданная тобой бактерия начинает эволюционировать. Все механизмы контроля, которые в неё можно запихнуть (разные там уязвимости или отсутствие ключевых метаболических путей и, следовательно, зависимость…
Оказывается, существует огромное количество литературы по тренировке рыб. Не в смысле "дрессировке", а в смысле "если заставить, например, форель активно плавать - то будет ли она здоровее форели, которую плавать не заставляли?"
Ответ: ненамного, но будет.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300962996002848
Ответ: ненамного, но будет.
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300962996002848
Всё же любовь биологов к ссылкам на каждый чих иногда приобретает нездоровую форму. Упала мне нынче на почту статья про влияние формы мышиных членов (точнее, находящихся в них костей-бакулюмов) на успешность оплодотворения.
Статья, кстати, довольно интересная, потому что у мышей полиандрия и конкуренция самцов не только на уровне "кто выживет и кому после этого дадут", но и на уровне борьбы сперматозоидов внутри самки. Помимо прочего, самцы откладывают вместе со спермой некую пробку, без которой успешного прикрепления эмбриона не произойдёт, и к тому же она чисто механически мешает сперме всех последующих самцов попасть куда надо. В итоге исследователи пришли к выводу, что для первого самца (из двух оплодотворивших данную самку) чем толще, тем лучше, а для второго в целом пофиг.
Но я же про ссылки говорил, да? Есть там такая фраза: Further, the baculum may be important for female stimulation, as it enters the vagina during copulation [16]. Спасибо, блин, что пояснили, а то я думал, что они его вынимают предварительно и на тумбочку кладут. И ведь кто-то же проверил и написал статью - действительно входит.
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-021-01887-6
Статья, кстати, довольно интересная, потому что у мышей полиандрия и конкуренция самцов не только на уровне "кто выживет и кому после этого дадут", но и на уровне борьбы сперматозоидов внутри самки. Помимо прочего, самцы откладывают вместе со спермой некую пробку, без которой успешного прикрепления эмбриона не произойдёт, и к тому же она чисто механически мешает сперме всех последующих самцов попасть куда надо. В итоге исследователи пришли к выводу, что для первого самца (из двух оплодотворивших данную самку) чем толще, тем лучше, а для второго в целом пофиг.
Но я же про ссылки говорил, да? Есть там такая фраза: Further, the baculum may be important for female stimulation, as it enters the vagina during copulation [16]. Спасибо, блин, что пояснили, а то я думал, что они его вынимают предварительно и на тумбочку кладут. И ведь кто-то же проверил и написал статью - действительно входит.
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-021-01887-6
BioMed Central
The baculum affects paternity success of first but not second males in house mouse sperm competition - BMC Ecology and Evolution
The vast variation observed in genital morphology is a longstanding puzzle in evolutionary biology. Studies showing that the morphology of the mammalian baculum (penis bone) can covary with a male’s paternity success indicate a potential impact of baculum…
❤2
UPD: цитируемая статья называется "New insights on the morphology of adult mouse penis", "Новые познания насчёт формы члена взрослого мыша". Это настолько прекрасно, что я саму статью даже открывать не хочу - лучше уже не будет.
Это тестовый пост. Если вы можете его прокомментировать - то всё хорошо.
Так, раз есть комменты - то будет и comment policy. Я баню за всё, что запрещено Уголовным кодексом (UPD: в редакции 2021 года), а также переход на личности и спам. Всё остальное, включая разжигание и прочие там мыслепреступления — можно.
Ну и напоминаю, как работают комменты в телеге: комментарии под каждым постом представляют собой не отдельный чатик, а подмножество сообщений из группы канала. Можете зайти в неё напрямую https://news.1rj.ru/str/joinchat/rlx-jLbWTwUxZTg6, так вы точно ничего не пропустите.
Ну и напоминаю, как работают комменты в телеге: комментарии под каждым постом представляют собой не отдельный чатик, а подмножество сообщений из группы канала. Можете зайти в неё напрямую https://news.1rj.ru/str/joinchat/rlx-jLbWTwUxZTg6, так вы точно ничего не пропустите.
Telegram
У науки срач в чате
Обсуждалка канала "У науки точный ответ" @precise_answer
❤1
Тут недавно (в очередной раз) нашли в метеорите остатки диатомей и радостно обсуждают панспермию, одноклеточную жизнь на кометах и прочие такие вещи.
Сама находка довольно сомнительная - метеорит с середины XIX века находится на Земле и большую часть времени хранился в нестерильных условиях. Более того, если открыть статью Википедии "Метеорит Оргей" — то вы обнаружите целый раздел про то, как неизвестный засунул в него семена какого-то растения, чтобы доказать свои воззрения насчёт внеземного происхождения жизни. И даже если про всё это забыть (чего делать не надо), происхождение жизни тут явно ни при чём. Диатомовые — не самая древняя группа, и они однозначно возникли на Земле. Известно даже, примерно когда и примерно от кого.
Но вот идею, что пара клеток была выброшена в космос (вулканом или ударом другого метеорита), попала на комету и с тех пор там живёт, с такой же лёгкостью не отвергнешь. С доказательствами пока слабовато, но и прямого опровержения я сходу не вижу.
https://sci-hub.do/https://link.springer.com/article/10.1134/S0031030118130051#
Сама находка довольно сомнительная - метеорит с середины XIX века находится на Земле и большую часть времени хранился в нестерильных условиях. Более того, если открыть статью Википедии "Метеорит Оргей" — то вы обнаружите целый раздел про то, как неизвестный засунул в него семена какого-то растения, чтобы доказать свои воззрения насчёт внеземного происхождения жизни. И даже если про всё это забыть (чего делать не надо), происхождение жизни тут явно ни при чём. Диатомовые — не самая древняя группа, и они однозначно возникли на Земле. Известно даже, примерно когда и примерно от кого.
Но вот идею, что пара клеток была выброшена в космос (вулканом или ударом другого метеорита), попала на комету и с тех пор там живёт, с такой же лёгкостью не отвергнешь. С доказательствами пока слабовато, но и прямого опровержения я сходу не вижу.
https://sci-hub.do/https://link.springer.com/article/10.1134/S0031030118130051#
❤1
Журнал PLOS ONE, оказывается, ведёт подборку упоминаний их статей во всяких не-научных СМИ. Можете пойти читать их в твиттере (https://twitter.com/PLOS/timelines/1418308464594595840) или подождать, пока я сам полистаю и выберу для канала хайлайты. Но вообще такое чувство, что контента там хватит на пару недель активного постинга.
❤1
И статья первая: если добавлять коровам в корм определённые водоросли, то они будут пердеть в пять раз меньше. А чем меньше корова пердит — тем меньше она испускает парниковых газов, вот так-то!
Но если честно, это выглядит неубедительно. Во-первых, всё исследование поставлено на двадцати одном быке (три диеты по семь быков на каждой). Во-вторых, что-то мутное происходило с измерениями количества и состава выделяемого газа: если я правильно понял, у них был всего один аппарат для измерения коровьего пердежа, поэтому данные получали не для каждого быка три раза в день, а только для одного или двух на каждую временную точку. В общем, стереотипные британские учёные.
Зато, как и подобает хорошему исследованию, эта работа задаёт новые вопросы. Если верить их результатам, количество выделяемого метана снижается, зато растёт количество выделяемого водорода. Так вот, повышается ли при этом горючесть коровьих пердежей или понижается? В абсолютных величинах количество энергии, которая бы выделилась при поджигании пердежа одной коровы, понижается (~7 г водорода с удельной теплотой горения ~130 МДж/кг не компенсируют потерю ~100 г метана с УТГ ~55.5 МДж/кг), а вот удельная теплота сгорания коровьего пердежа растёт за счёт повышения доли в нём водорода. Насчёт лёгкости воспламенения я не уверен, как её можно посмотреть.
Ну и основное достоинство этой статьи в том, что она мне позволила семь раз за один пост упомянуть коровий пердёж.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247820
Но если честно, это выглядит неубедительно. Во-первых, всё исследование поставлено на двадцати одном быке (три диеты по семь быков на каждой). Во-вторых, что-то мутное происходило с измерениями количества и состава выделяемого газа: если я правильно понял, у них был всего один аппарат для измерения коровьего пердежа, поэтому данные получали не для каждого быка три раза в день, а только для одного или двух на каждую временную точку. В общем, стереотипные британские учёные.
Зато, как и подобает хорошему исследованию, эта работа задаёт новые вопросы. Если верить их результатам, количество выделяемого метана снижается, зато растёт количество выделяемого водорода. Так вот, повышается ли при этом горючесть коровьих пердежей или понижается? В абсолютных величинах количество энергии, которая бы выделилась при поджигании пердежа одной коровы, понижается (~7 г водорода с удельной теплотой горения ~130 МДж/кг не компенсируют потерю ~100 г метана с УТГ ~55.5 МДж/кг), а вот удельная теплота сгорания коровьего пердежа растёт за счёт повышения доли в нём водорода. Насчёт лёгкости воспламенения я не уверен, как её можно посмотреть.
Ну и основное достоинство этой статьи в том, что она мне позволила семь раз за один пост упомянуть коровий пердёж.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0247820
journals.plos.org
Red seaweed (Asparagopsis taxiformis) supplementation reduces enteric methane by over 80 percent in beef steers
The red macroalgae (seaweed) Asparagopsis spp. has shown to reduce ruminant enteric methane (CH4) production up to 99% in vitro. The objective of this study was to determine the effect of Asparagopsis taxiformis on CH4 production (g/day per animal), yield…
❤2
Существует мутация, которая заставляет кроликов ходить на передних лапах. Смотрится довольно мило, но вообще-то ничего хорошего: у них поломан один из генов, необходимых для правильной дифференциации нейронов в спинном мозгу, в результате чего эти кролики не могут нормально шевелить задними лапами. Ну и адаптируются как могут. А ещё они часто бывают слепыми, потому что с рецепторами и передающими нейронами сетчатки тоже что-то не то.
https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1009429
https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1009429
😱2
У науки точный ответ pinned «Так, раз есть комменты - то будет и comment policy. Я баню за всё, что запрещено Уголовным кодексом (UPD: в редакции 2021 года), а также переход на личности и спам. Всё остальное, включая разжигание и прочие там мыслепреступления — можно. Ну и напоминаю,…»
Астронавты успешно провели трансгенный эксперимент прямо на орбите.
И не только потому что могут, а ещё и потому что в работе CRISPR как инструмента генной инженерии задействованы механизмы репарации (то есть, попросту говоря, ремонта) повреждённой ДНК. А на орбите полно ионизирующего излучения, которое вызывает как раз такие же двухцепочечные разрывы, как и в CRISPR. Вроде как можно будет посмотреть, одинаково ли клетки их чинят на Земле и в космосе, или же по-разному.
Собственно эксперимент состоялся ещё в 2019 году, а вот статья вышла месяц назад.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0253403
И не только потому что могут, а ещё и потому что в работе CRISPR как инструмента генной инженерии задействованы механизмы репарации (то есть, попросту говоря, ремонта) повреждённой ДНК. А на орбите полно ионизирующего излучения, которое вызывает как раз такие же двухцепочечные разрывы, как и в CRISPR. Вроде как можно будет посмотреть, одинаково ли клетки их чинят на Земле и в космосе, или же по-разному.
Собственно эксперимент состоялся ещё в 2019 году, а вот статья вышла месяц назад.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0253403
journals.plos.org
A CRISPR-based assay for the study of eukaryotic DNA repair onboard the International Space Station
As we explore beyond Earth, astronauts may be at risk for harmful DNA damage caused by ionizing radiation. Double-strand breaks are a type of DNA damage that can be repaired by two major cellular pathways: non-homologous end joining, during which insertions…
❤2