👨‍🏫 #آموزش
🖥️ #مهم

🟢🔴 وضوح یا Resolution چیست؟

در تحلیل داده‌های single cell، منظور از "رزولوشن" (resolution) یا وضوح، توانایی تشخیص و تمایز بین سلول‌های مختلف و ویژگی‌های آن‌ها است. این مفهوم به میزان جزئیاتی که می‌توان از داده‌های توالی‌یابی به دست آورد، اشاره دارد. رزولوشن (resolution) بالاتر به معنای توانایی بیشتر در شناسایی تفاوت‌های کوچک بین سلول‌ها و درک بهتر از عملکرد و رفتار آن‌ها است. به عنوان مثال، در تحلیل داده‌های single cell RNA-Seq، رزولوشن (resolution) بالا به شما این امکان را می‌دهد که بیان ژن‌ها را در سطح تک سلولی بررسی کنید و تفاوت‌های ظریف بین سلول‌های مختلف را شناسایی کنید. این موضوع می‌تواند در تحقیقات سرطان و توسعه داروها بسیار مفید باشد، زیرا می‌توان به دقت تغییرات ژنتیکی و بیان ژن‌ها را در سلول‌های توموری و سلول‌های سالم مقایسه کرد.

مثال‌ها:

1. تشخیص انواع سلول‌های ایمنی در تومورها:
در تحقیقات سرطان، استفاده از تحلیل داده‌های single cell RNA-Seq با رزولوشن (resolution) بالا می‌تواند به شناسایی انواع مختلف سلول‌های ایمنی درون تومور کمک کند. به عنوان مثال، می‌توان سلول‌های T، سلول‌های B، و ماکروفاژها را با دقت بالا شناسایی کرد و نقش هر یک را در پاسخ ایمنی به تومور بررسی کرد. این اطلاعات می‌تواند به توسعه درمان‌های ایمنی‌درمانی جدید کمک کند.

2. شناسایی سلول‌های بنیادی در بافت‌های مختلف:
در تحقیقات مربوط به سلول‌های بنیادی، تحلیل داده‌های single cell با رزولوشن (resolution) بالا می‌تواند به شناسایی و تمایز بین سلول‌های بنیادی و سلول‌های تمایز یافته در بافت‌های مختلف کمک کند. به عنوان مثال، در مطالعه‌ای که بر روی بافت مغز انجام شده است، می‌توان سلول‌های بنیادی عصبی را از سلول‌های عصبی تمایز یافته شناسایی کرد و مسیرهای تمایز آن‌ها را بررسی کرد. این اطلاعات می‌تواند به درک بهتر از فرآیندهای بازسازی بافت و توسعه درمان‌های جدید برای بیماری‌های عصبی کمک کند.

🤓آنچه نیاز دارید را با ما یاد بگیرید 🤓

🌸⚪ کانال تک سلول⚪ 👇
@singlecel

🔴⏮️ توضیح توالی یابی Illumina
#آموزش

🆕🟢 روش توالی یابی شرکت ایلومینا یا همان Sequencing by synthesis یکی از پر کاربردترین روش‌های توالی یابی می باشد که در این انیمیشن به اختصار توضیح داده شده است.

🌸🔴کانال تک سلول👇👇

@singlecel

🟢⚪ توضیح مقاله

Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer

اهمیت و کاربرد توالی‌یابی تک‌سلولی در این مقاله: توالی‌یابی تک‌سلولی به محققان امکان می‌دهد تا به تحلیل دقیق‌تر و عمیق‌تری از ترکیب سلولی و مسیرهای سیگنال‌دهی در تومورها بپردازند. این روش به شناسایی انواع نادر سلولی و درک بهتر از ناهمگونی درون تومورها کمک می‌کند. در این مقاله، توالی‌یابی تک‌سلولی به شناسایی دقیق انواع سلولی و مسیرهای سیگنال‌دهی در تومورهای NSCLC کمک کرده است. این اطلاعات می‌تواند به توسعه درمان‌های هدفمند و شخصی‌سازی شده کمک کند، زیرا اطلاعات دقیقی از ویژگی‌های سلولی و مولکولی تومور فراهم می‌آورد. همچنین، درک بهتر از نقش نوتروفیل‌های مرتبط با تومور می‌تواند به بهبود روش‌های درمانی و افزایش اثربخشی درمان‌های موجود منجر شود. این مطالعه نشان می‌دهد که توالی‌یابی تک‌سلولی ابزاری قدرتمند برای کشف پیچیدگی‌های تومور و ریزمحیط آن است و می‌تواند به بهبود نتایج درمانی برای بیماران مبتلا به NSCLC کمک کند.

✅کانال تک سلول
@singlecel

🟢🔴 دانلود مقاله👆👆
Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer

✅ کانال تک سلول
@singlecel

#آموزش #مهم

🔴روش Spatial single cell
تحلیل فضایی تک‌سلولی (Single-cell spatial analysis) یکی از پیشرفته‌ترین روش‌های زیست‌شناسی مولکولی است که به محققان امکان می‌دهد تا توزیع و تعاملات سلول‌ها را در بافت‌ها به‌طور دقیق بررسی کنند. این روش با استفاده از تکنیک‌های مختلفی مانند ترانسکریپتومیکس فضایی (Spatial trannoscriptomics)، موقعیت دقیق مولکول‌های mRNA در بافت‌ها را شناسایی می‌کند و به این ترتیب، اطلاعاتی بی‌نظیر از نحوه عملکرد سلول‌ها در محیط طبیعی‌شان فراهم می‌آورد.

🆕 در این روش یک لایه از بافت با میکروتوم برش داده شده، بر روی لام فیکس شده، بارکد زده میشود و سپس سینگل سل و توالی یابی انجام می‌شود.


🟢 علاوه بر این، تحلیل فضایی تک‌سلولی در توسعه داروها (Drug development) و تشخیص‌های بالینی (Clinical diagnostics) نیز کاربرد دارد. با بررسی نحوه توزیع سلول‌ها و مولکول‌ها در بافت‌های مختلف، می‌توان به شناسایی نشانگرهای زیستی جدید و توسعه روش‌های تشخیصی دقیق‌تر پرداخت. این تکنیک همچنین می‌تواند به بهبود درک ما از بیماری‌های پیچیده‌ای مانند بیماری‌های عصبی و التهابی کمک کند.

🌸🌸🌸🌸🌸🌸

✅ کانال تک سلول
@singlecel

#مهم

💰⏮️ هزینه یک آزمایش Single cell rnaseq چقدر است؟

🔴هزینه یک آزمایش سینگل سل RNA-seq می‌تواند متغیر باشد و به عوامل مختلفی بستگی دارد. به طور کلی، هزینه‌ها شامل موارد زیر می‌شود:

1. هزینه‌های مواد مصرفی: مواد مصرفی برای آزمایش‌های سینگل سل RNA-seq به طور قابل توجهی بیشتر از آزمایش‌های RNA-seq معمولی است. این هزینه‌ها می‌تواند ۱۰ تا ۲۰ برابر بیشتر باشد.
2. هزینه‌های توالی‌یابی: توالی‌یابی در آزمایش‌های سینگل سل نیاز به تعداد بیشتری از خوانش‌ها دارد. به عنوان مثال، برای یک پروژه ساده با استفاده از پلتفرم 10x Genomics، ممکن است به ۱۵۰ میلیون خوانش نیاز داشته باشید که هزینه‌های توالی‌یابی را به طور قابل توجهی افزایش می‌دهد.
3. هزینه‌های پلتفرم و تجهیزات: استفاده از پلتفرم‌های پیشرفته مانند 10x Chromium X نیز هزینه‌های خاص خود را دارد.

🟢🆕 به طور کلی، هزینه یک آزمایش سینگل سل RNA-seq می‌تواند از چند هزار دلار تا ده‌ها هزار دلار متغیر باشد، بسته به تعداد سلول‌ها و عمق توالی‌یابی مورد نیاز. به عنوان مثال، هزینه‌ها از حدود 2,000 تا 15,000 دلار برای هر نمونه متغیر است، بسته به شرکت ارائه‌دهنده خدمات و نیازهای پروژه. مثلا برای توالی‌یابی سینگل سل هزار تا ۱۰ هزار سلول، هزینه‌ها معمولاً بین 5,000 تا 10,000 دلار خواهد بود.

🆕🔴✅ کانال تک سلول
@singlecel

#آموزش
🖥️🟢 روش کاهش ابعاد PCA چیست!؟

چون نمایش پروفایل چند هزار ژن در یک نمونه و مقایسه آن با دیگر نمونه ها کار مشکلی است، می بایست ابعاد پروفایل بیان ژن کاهش یابد. روش PCA یکی از روش های کاهش ابعاد است.

🔴این روش برای نمایش تعدادی نمونه پروفایل RNA در یک نمودار دو بعدی انجام می شود.

🔴 خلاصه ی این روش در این ویدئو توضیح داده شده است.


💐✅ کانال تک سلول
@singlecel

🆕
#آموزش

🔴 روش توالی یابی Single cell چگونه کار میکند ؟

🎞️ در این ویدئو با نحوه‌ی توالی یابی سینگل سل آشنا می شوید؟

✅ کانال تک سلول 👇👇

@singlecel

🔴 دوره آموزشی-----------

👨‍💻 کارگاه آنلاین ۲ روزه بیوانفورماتیک کاربردی

👨‍🏫 مدرس دکتر مقداد یگانه و مهندس سیداحمد موسوی

📅 ۲۵ بهمن و ۲ اسفند ۱۴۰۳

🔴 شهریه دوره:  ۲۹۰ هزارتومان

🎥 فیلم کارگاه در اختیار شرکت کننده‌ها قرار میگیرد.

📜 گواهی شرکت در کارگاه به انگلیسی صادر خواهد شد.

ثبت نام تماس با👇
09101662586

ثبت نام از طریق تلگرام👇
@ahmad_mousavi

💐شرکت زی ژن فناوری💐
@zigene_tech

#آموزش
🆕 مفهوم یکپارچه‌سازی یا Integeration در داده‌های سینگل سل چیست!؟

🔴 در تحلیل داده‌های تک‌سلولی RNA-seq، مفهوم "یکپارچه‌سازی" یا "integration" به فرآیندی اشاره دارد که طی آن داده‌های حاصل از منابع مختلف، مانند دسته‌های مختلف نمونه‌ها، اهداکنندگان مختلف یا حتی فناوری‌های مختلف، با هم ترکیب می‌شوند. هدف از این کار، حذف اثرات دسته‌ای و تفاوت‌های فنی است تا بتوان تفاوت‌های بیولوژیکی واقعی بین سلول‌ها را بهتر شناسایی کرد.

✅ یکپارچه سازی به محققان این امکان را می‌دهد که داده‌های حاصل از آزمایش‌های مختلف را به صورت یکپارچه تحلیل کنند و نتایج قابل اعتمادتر و دقیق‌تری به دست آورند. این فرآیند شامل استفاده از الگوریتم‌ها و ابزارهای مختلفی است که به حذف نویزهای فنی و حفظ اطلاعات بیولوژیکی کمک می‌کنند.

✅🔴 مثال‌:

1. یکپارچه‌سازی داده‌های حاصل از چندین بیمار: فرض کنید داده‌های تک‌سلولی RNA-seq از چندین بیمار مبتلا به سرطان جمع‌آوری شده است. با استفاده از یکپارچه‌سازی، می‌توان این داده‌ها را ترکیب کرد و اثرات دسته‌ای ناشی از تفاوت‌های فردی بین بیماران را حذف کرد تا تفاوت‌های بیولوژیکی مشترک بین سلول‌های سرطانی شناسایی شود.

2. یکپارچه‌سازی داده‌های حاصل از چندین آزمایشگاه: اگر داده‌های تک‌سلولی RNA-seq از چندین آزمایشگاه مختلف جمع‌آوری شده باشد، ممکن است تفاوت‌های فنی بین آزمایشگاه‌ها وجود داشته باشد. با یکپارچه‌سازی این داده‌ها، می‌توان اثرات دسته‌ای ناشی از تفاوت‌های فنی را حذف کرد و داده‌ها را به صورت یکپارچه تحلیل کرد.

3. یکپارچه‌سازی داده‌های حاصل از چندین فناوری: فرض کنید داده‌های تک‌سلولی RNA-seq با استفاده از دو فناوری مختلف جمع‌آوری شده است. با یکپارچه‌سازی این داده‌ها، می‌توان اثرات دسته‌ای ناشی از تفاوت‌های فناوری را حذف کرد و داده‌ها را به صورت یکپارچه تحلیل کرد تا تفاوت‌های بیولوژیکی واقعی بین سلول‌ها شناسایی شود.

🟢 با ما سینگل سل را یاد بگیرید!!

💐💐 کانال تک سلول👇👇
@singlecel

🔴 مثالی از یکپارچه سازی سه دیتاست با استفاده از پکیج Harmony

نیمه شعبان
میلاد امام زمان (عج) مبارک

🔴 مقاله بسیار عظیم human brain cell atlas


🟢 نتایج سینگل‌سل نواحی مختلف مغز انسان که در قالب این پروژه انجام شده است.

🔴 نتایج حاصل کار روی داده ۲۶ میلیون سلول از نواحی مختلف مغز 😲


پ.ن : پروژه‌هایی که من کار کردم همه کمتر از ۲۰ هزار سلول داده، بوده‌اند🤣🤣

📜📜 لینک مقاله 👇👇

کانال تک سلول 👇
@singlecel

🔴🎞️ توضیح روش Single cell sequencing

#آموزش

🟢 در این ویدئو روش انجام آزمایش Single cell توضیح داده می شود.

🖥️ تک سلول👇👇

@singlecel

#آموزش

✅ معرفی روش توالی یابی spatial single cell
یا
Spatial trannoscriptomics

🔴 در این روش علاوه بر توالی یابی mRNA جایگاه هر سلول در پلیت یا بافت برش داده شده هم عکس برداری می‌شود. و بیان ژن‌ها و مکان فیزیکی جمعیت سلول بر روی برش بافتی مشخص می‌شود.

🟢این روش در مطالعات جدید به ویژه سرطان کارایی بالایی دارد. در آینده نزدیک احتمالاً جایگزین بسیاری از آزمایشات پاتوبیولوژی بافت تومور خواهد شد.

💐⚪ کانال تک سلول👇

@singlecel

✅ بررسی تعاملات سلول-سلول بوسیله فناوری سینگل‌سل
تحلیل تعاملات سلول-سلول با استفاده از تکنولوژی سینگل‌سل، امکان بررسی دقیق روابط میان سلول‌های مختلف را فراهم می‌کند. این فرآیند شامل شناسایی سیگنال‌های مولکولی و مسیرهای ارتباطی میان سلول‌ها در محیط‌های پیچیده مانند بافت‌ها یا تومورها است. ابزارهای پیشرفته مانند سینگل‌سل RNA-Seq قادرند بیان ژن‌ها را در هر سلول به صورت مجزا اندازه‌گیری کنند و به شناسایی مولکول‌های کلیدی مانند لیگاندها و گیرنده‌ها کمک کنند. این اطلاعات به ایجاد شبکه‌های سیگنالینگ سلولی کمک می‌کند که نشان‌دهنده تعاملات بیولوژیکی است.

⏮️ در مرحله بعد، الگوریتم‌های تحلیل داده‌ها، شبکه‌های ارتباطی سلول-سلول را مدل‌سازی می‌کنند. نرم‌افزارهایی مانند CellPhoneDB یا Seurat برای شناسایی مسیرهای سیگنالینگ فعال بین انواع سلولی استفاده می‌شوند. در این فرآیند، داده‌ها نرمال‌سازی شده و سلول‌ها بر اساس الگوهای بیان ژنی مشابه، خوشه‌بندی می‌شوند. سپس تحلیل تعاملات سلولی انجام می‌شود تا مولکول‌هایی که نقش حیاتی در ارتباطات سلولی دارند، مشخص شوند.

🟢🔴 با ما بیشتر یاد بگیرید.

☘️ کانال تک سلول👇👇
@singlecel

✅ خروجی و کاربرد تحلیل تعاملات سلول سلول

🔴خروجی این تحلیل‌ها شامل نقشه‌های تصویری (ویژوالیزیشن) از تعاملات سلولی است که به‌صورت شبکه‌های گرافیکی نمایش داده می‌شود. هر گره در این گراف‌ها نمایانگر یک نوع سلول بوده و هر لبه نشان‌دهنده مسیر ارتباطی بین آن‌ها است. این نقشه‌ها به محققان کمک می‌کنند تا سلول‌هایی با بیشترین ارتباطات و نقش‌های کلیدی را شناسایی کنند. همچنین، این اطلاعات امکان بررسی دقیق‌تر فرآیندهای زیستی مانند التهاب، بازسازی بافت و مکانیسم‌های بیماری را فراهم می‌آورد.

🔴از کاربردهای مهم این تحلیل، شناسایی اهداف درمانی جدید است. به عنوان مثال، در سرطان، تحلیل سینگل‌سل می‌تواند سلول‌هایی را که مسئول رشد تومور یا مقاومت به دارو هستند، شناسایی کند و مسیرهای سیگنالینگ مربوط به آن‌ها را هدف قرار دهد. این روش نه تنها به درک بهتر زیست‌شناسی کمک می‌کند، بلکه فرصت‌هایی برای توسعه درمان‌های اختصاصی فراهم می‌کند.

🔴☘️ کانال تک سلول 👇👇
@singlecel

🔴✅ مقاله نرم افزار cell phonedb

https://www.nature.com/articles/s41596-020-0292-x

🔴 کانال تک سلول👇
@singlecel

✅ Scientists unveil first complete cellular map of adult mouse brain 🧠

https://www.prnewswire.com/news-releases/scientists-unveil-first-complete-cellular-map-of-adult-mouse-brain-302013647.html

🔴 کانال تک سلول
@singlecel