🆔@BioUT

خدمات و تعریف پروژه های بیوانفورماتیک در BioUT

1 diseased and healthy cell (inclusing metabolic and non-metabolic disease) simulation
2 Sequence assembly
3 Genome annotation
4 Computational evolutionary biology
5 Comparative genomics
6 Pan genomics
7 Genetics of disease
8 Analysis of mutations in cancer
9 Analysis of gene expression
10 Analysis of protein expression
11 Analysis of regulation
12 Analysis of cellular organization
13 Microscopy and image analysis
14 Protein localization
15 Nuclear organization of chromatin
16 Network and systems biology
17 Molecular interaction networks
18 Literature analysis (web scraping and text mining)
19 High-throughput image analysis
20 High-throughput single cell data analysis
21 Biodiversity informatics
22 Ontologies and data integration
23 Databases
24 Software and tools
25 Open-source bioinformatics software
26 Web services in bioinformatics
27 Bioinformatics workflow management systems

🆔@BioUT

نمونه کار طراحی برای یکی از محققین برجسته حوزه ایمونولوژی دستگاه تنفسی کشور عزیزمان

@scimagtel

5th series of BioUT private online-workshops

- R programming (5 compact practical session)
- Python programming (5 compact practical session)
- MATLAB programming (5 compact practical session)
- Julia programming (5 compact practical session)
- Git (1 compact practical session- on other products)
- Statistics (5 compact session)
- General Math (5 compact session)
- Constraint based metabolic networks modeling (5 compact practical session)
- Computational genomics (5 compact practical session)
- Machine learning (5 compact practical session)

🆔@BioUT


#Bioinformatics #computational_biology #ArtificialIntelligence #Python #MachineLearning #R #Julia #Git #Statistics #Math

🆔@BioUT

Nature

Applications of single-cell multi-omics techniques in molecular biology, genetic...

Date: September 22, 2021 Time: 9am PDT / 12pm EDT / 5pm BST / 6pm CEST
Price: Free

https://www.nature.com/webcasts/event/applications-of-single-cell-multi-omics-techniques-in-molecular-biology-genetics-and-cancer-research/

🆔@BioUT

#پادکست

‏اپیزود چهاردهم، چهارمین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.

- برای شکل های مقاله یا پوسترهای کنفرانس از چه رنگ هایی استفاده کنم؟
- رنگ ها چه تاثیری در جذب مخاطب (شامل خواننده، شنونده، داور و ادیتور مجلات) دارد؟

این اپیزود، یک اجرای دو نفره است به کمک مهمان پادکست یعنی احسان زنگنه. مقاله ای از مجله PLOS Computational Biology انتخاب کردیم و دریافتمون از مقاله را به همراه تجربیات خودمون با شما به اشتراک گذاشتیم. این مقاله به بررسی ده قانون در انتخاب رنگ ها برای شکل هایی که در مقالات، پوستر ها یا سخنرانی ها انتخاب می شوند، می پردازد. امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.

عنوان قسمت دوازدهم:
ده قانون رنگی

مقاله اصلی این اپیزود از طریق این لینک در دسترس است.
شکل اول این مقاله در نسخه اولیه یه اشتباه لپی داشته که نسخه تصحیح شده شکل از طریق این لینک در دسترس است.

برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify و Anchor:

t.ly/bTCc
t.ly/DkdI
t.ly/WNG6

@JafaRiLab

#مقاله_ما

🆔@BioUT

Systematic identification of novel cancer genes through analysis of deep shRNA perturbation screens * Systematic perturbation screens provide comprehensive resources for the elucidation of cancer driver genes. The perturbation of many genes in relatively few cell lines in such functional screens necessitates the development of specialized computational tools with sufficient statistical power. Here we developed APSiC (Analysis of Perturbation Screens for identifying novel Cancer genes) to identify genetic drivers and effectors in perturbation screens even with few samples. Applying APSiC to the shRNA screen Project DRIVE, APSiC identified well-known and novel putative mutational and amplified cancer genes across all cancer types and in specific cancer types. ...*

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab627/6329117

🆔@BioUT

پادکست یکی از اعضای گروه @BioUT که در زمینه آشکار سازی داده فعال هستن

🆔@BioUT

با همکاری دانشمندان کشورمان و با حمایت شرکت سل تک فارمد اولین واکسن mRNA ایرانی علیه بیماری کووید۱۹ وارد مطالعه پیش بالینی(فاز حیوانی) شد.

در مطالعه حیوانی این واکسن، ۱۰۰ میکرولیتر لیپوفکتامین حاوی ۱۰ یا ۲۰ میکروگرم از mRNA کد کننده پروتئین اسپایک ویروس SARS-CoV-2 ( ۸ موش در هر گروه دریافت کننده واکسن و ۶ موش در گروه کنترل) به صورت IM تزریق شد و سپس سرم این موش ها جهت ارزیابی ایمنی هومورال ایجاد شده در روزهای ۲۱، ۲۸، و ۸۴ پس از تزریق جمع آوری شد.

همچنین در گام بعدی، کارایی واکسن ها در موش های Balb/c (۶ تا ۸ هفته)، و C57BL/6 ( ۶ تا ۸ هفته) و نهایتا در در میمون های رزوس ( ۴ الی ۶ سال) بررسی شد (۱۰۰ میکروگرم در میمون)

نتایج این مطالعه از کارایی قابل قبول، هم در تولید انتی بادی خنثی کننده و هم در ایجاد ایمنی سلولی (اندازه گیری اینترفرون گاما به عنوان مارکر سلول های T کمکی) حکایت دارد.

نتایج این مطالعه در ژورنال واکسن با ایمپکت فاکتور ۴/۴ (Q2) منتشر شده است.

تبریک فراوان به دانشمندان در گیر در این پروژه 💐

https://www.mdpi.com/2076-393X/9/9/1007/htm

🆔@BioUT

🆔@BioUT HAPPY PROGRAMMER'S DAY 🆔@BioUT

🆔@BioUT

Wednesday, September 22nd 2021
9AM PDT | 12PM EDT | 5PM BST | 6PM CEST

Emerging single-cell multi-omics sequencing technologies allow the capture of multiple modalities from a cell, including its epigenome, trannoscriptome, epitrannoscriptome and proteome. This combination of multiple layers of information also requires tailor-made computational tools for integrative analyses. Multi-omics sequencing methods are ideally placed for molecular biology research (including tracing cell lineages, producing cell type atlases of various organs, and mapping cellular spatial information), and its disease relevance, specifically in cancer research (tumour heterogeneity, cancer progression and its interactions with the microenvironment, mechanisms of response or resistance to therapy) and complex disease genetics (causal genetic variants, genes, mechanisms, relevant cell types, and the discovery of drug targets).

🆔@BioUT

🆔@BioUT

Link: https://smallrna-bioinformatics.eu/Pages/Seminars/Seminar-Seitz.aspx

🆔@BioUT

BrainGate
این سامانه توسط یک رابط مغز-کامپیوتر امواج مغزی را از یک فرد معلول دریافت می‌کند. وقتی فرد به نوشتن حروف انگلیسی فکر می‌کند، امواج مغزی ثبت‌شده توسط #هوش_مصنوعی به صورت متن درمی‌آیند. سرعت این سامانه ۱۸ کلمه (۹۰ کاراکتر) بر دقیقه است و دقت آن ۹۴ درصد تخمین زده شده است.
#فیلم
#نوروساینس
@BioArts

🆔@BioUT

The US scientists who created the first living robots say the life forms, known as xenobots, can now reproduce -- and in a way not seen in plants and animals.


https://www.google.com/amp/s/amp.cnn.com/cnn/2021/11/29/americas/xenobots-self-replicating-robots-scn/index.html


🆔@BioUT

🆔@BioUT

The 2022 Hardiman Scholarship applications are now open
Who are these scholarships for?
Students starting their PhD in September 2022. The Hardiman PhD Scholarships are fully funded for four years, with a stipend of €18,500 p.a. plus fee waiver. High-achieving individuals, with drive and passion, who have an appetite for the research world and creativity, who thrive on intellectual excitement, and who will positively impact and shape the future for all in our society. Using your creative energy, your PhD journey at NUI Galway will be alive with possibilities and opportunities.
http://www.nuigalway.ie/hardiman-scholarships/

🆔@BioUT

🆔@BioUT

https://www.youtube.com/watch?v=9ksLuRoEq6A

Living brain cells in a dish can learn to play Pong when they are placed in what researchers describe as a "virtual game world".

🆔@BioUT

🆔@BioUT

Japanese scientists develop vaccine to eliminate cells behind aging

https://www.youtube.com/watch?v=-JtRzkzYysw

🆔@BioUT

🆔@BioUT

بزرگترین رویداد بین‌المللی بیوانفورماتیک کشور
با همکاری انجمن بیوانفورماتیک ایران و پردیس‌های بین‌المللی دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران در جزیره کیش
اولین کنفرانس بین‌المللی و دهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران
سوم تا پنجم اسفند ماه ۱۴۰۰
مهلت ارسال چکیده مقالات: ۱۹ بهمن ۱۴۰۰
وبسایت همایش: icb10.ut.ac.ir
ما را در شبکه‌های اجتماعی دنبال بفرمایید:
لینکداین:
https://www.linkedin.com/in/iranian-bioinformatics-society-ibis-8b9a65120/
تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/IranianBioinformaticsSociety
واتس آپ:
https://chat.whatsapp.com/IB0EGSGCiYhH2BYNJUyOGC
توییتر:
https://twitter.com/IrBioInfoSoc
اینستاگرام:
www.instagram.com/ibis1383

🆔@BioUT