موقعیت کارآموزی اعلام شد! 🇮🇹

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 7

Closeness Centrality

🔹 تعریف:
میانگین فاصله کوتاه‌ترین مسیر یک نود به همه نودهای دیگر.

🔹 تفسیر:
نودی با closeness بالا، سریع‌تر می‌تواند به همه نودها دسترسی پیدا کند.

🔹 مثال:
در شبکه متابولیک، آنزیمی که closeness بالاتر دارد، سریع‌تر به سایر متابولیت‌ها وصل می‌شود. این آنزیم‌ها معمولاً کنترل‌کننده اصلی جریان متابولیت‌ها هستند.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی OLMo

یک خانواده از مدل‌های زبان کاملاً متن‌باز که از ابتدا تا انتها با داده‌های آموزشی متن باز و در دسترس، توسعه یافته‌اند.

در واقع OLMo یه چیزی شبیه ChatGPT هست ولی:
🔹 کاملًا رایگان و متن‌باز (Open Source)
🔹 می‌تونی کد و دیتاش رو ببینی
🔹 حتی میتونی خودت مدل رو آموزش بدی

💎 https://allenai.org/olmo

#معرفی_سایت #هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

موقعیت دکتری اعلام شد! 🇸🇪

معرفی Ambiphone

یک وب‌اپلیکیشن است که انواع صداها و موسیقی‌های محیطی را برای افزایش تمرکز و آرامش حین درس خوندن ارائه می‌دهد.

دسته‌بندی‌های موجود شامل:

🔹 صداهای طبیعت (باران، رعد و برق، موج‌ها)
🔹 موسیقی‌های محیطی
🔹صداهای شهری و محیطی (کافی‌شاپ، ترافیک)
🔹 اتمسفرهای علمی–تخیلی
🔹 پخش زنده رادیو پلیس
🔹 سیگنال‌ها و صداهای انتقالی
🔹 بیت‌های باینورال و انواع نویز

کاربران می‌توانند میکس‌های سفارشی خود را از این صداها بسازند تا تمرکز و بهره‌وری‌شان افزایش یابد.

💎 https://ambiph.one/

#زنگ_تفریح #معرفی_سایت
----------
🆔 @BioinfCamp

همراهان گرامی کمپ بیوانفورماتیک، توجه فرمایید:

تبلیغاتی که با برچسب Sponsored یا Ad در کانال مشاهده می‌کنید، به هیچ وجه مورد تأیید کمپ بیوانفورماتیک نیستند.

کمپ بیوانفورماتیک با احترام کامل به مخاطبان خود، هیچ‌گونه تبلیغی را نمی‌پذیرد. این تبلیغات به‌صورت خودکار و از سوی پلتفرم تلگرام نمایش داده می‌شوند.

#اطلاع_رسانی
----------
🆔 @BioinfCamp

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 8

Eigenvector Centrality

🔹 تعریف:
اهمیت یک نود نه فقط به تعداد ارتباطاتش، بلکه به اهمیت نودهایی که به آن متصل‌اند بستگی دارد.

🔹 تفسیر:
اگر به افراد با نفوذ وصل باشی، خودت هم مهم می‌شوی.

🔹 مثال:
در شبکه ژن-ژن، ژنی که به ژن‌های مهم متصل است، خودش هم مهم محسوب می‌شود. این روش برای شناسایی biomarker candidates در بیماری‌ها استفاده می‌شود.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

در باتِ زیر می‌تونید با وارد کردن عنوان مقاله، doi و یا لینک مقاله، به اصل مقالات دسترسی پیدا کنید 👇

💎 @scihubot
#مقاله
----------
🆔 @BioinfCamp

تعامل و interaction بین T cell و Cancer cell

#طراحی_واکسن #ایمنی
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی 7 نمودار مهم در آنالیز داده‌های زیستی

📊 Post 1: Alluvial plot

🔹 این نوع نمودار یکی از روش‌های جذاب برای نمایش جریان و ارتباط داده‌هاست.

🔹 این نمودار وقتی کاربرد داره که بخوایم تغییرات یا ارتباط بین چند دسته‌ی مختلف داده رو نشون بدیم.

🔹 توی این تصویر یک نمونه از Alluvial Plot رو می‌بینید.

#آنالیز_داده
----------
🆔 @BioinfCamp

راهنمای شناسایی مجلات برتر در هر رشته

🔹 برای شناسایی مجلات برتر در رشته خود، به Google Scholar مراجعه کنید.

🔹 سپس از منوی بالای صفحه، گزینه Metrics را انتخاب کنید.

🔹 در بخش Categories، رشته خود را انتخاب کرده و در ادامه به Subcategories بروید تا حوزه تخصصی مورد نظر خود را مشخص کنید.

🔹 در نهایت، می‌توانید فهرست ۲۰ مجله برتر مرتبط با آن دسته‌بندی و زیرشاخه را مشاهده کنید.

#مقاله
----------
🆔 @BioinfCamp

فرهنگ کاری 996 در دانشگاه‌ها
(9 صبح تا 9 شب، 6 روز هفته)

🔹 زندگی با 12 ساعت کار در 6 روز هفته، پایدار نیست و به‌هیچ وجه نباید به عنوان فرهنگ استاندارد یا نشانه موفقیت ترویج شود.

🔹 شدت کار و علاقه به پروژه مهم است، اما سنجش با ساعت کاری نیست، بلکه با خروجی واقعی است.

🔹 کار طولانی و طاقت‌فرسا بدون انتخاب شخصی، منجر به سوختن و کاهش بهره‌وری می‌شود.

🔹 وقتی کسی فرهنگ 996 را تبلیغ می‌کند، باید مخالف آن ایستاد.

#فرهنگ_کاری
----------
🆔 @OxinCode

مارکرهای رایج و سرطان‌های مرتبط 👇

Cancer antigen 125 (CA-125):
Ovarian cancer

Cancer antigen 15-3 (CA 15-3):
Breast cancer

Cancer antigen 19-9 (CA 19-9):
Pancreatic and biliary tract cancers

Calcitonin:
Medullary thyroid cancer

Chromogranin A:
Neuroendocrine tumors

Prostate-specific antigen (PSA):
Prostate cancer

Thyroglobulin:
Thyroid cancer

Fibrin/Fibrinogen:
Bladder cancer

#دانستنی‌ها #سرطان
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی 7 نمودار مهم در آنالیز داده‌های زیستی

📊 Post 2: Upset plot

🔹 این نوع نمودار روشی برای نمایش اشتراک داده‌ها بین چند گروه است و عموما جایگزین نمودار وِن می‌شود، مخصوصاً وقتی تعداد گروه‌ها زیاد باشد.

🔹 مثلا در این تصویر می‌بینید که چه خوشه‌های سلولی بیشترین کلون مشترک رو دارند.

🔹 برای نمونه، خوشه‌های CD8 Cyt و Trm IEL تعداد 24 کلون مشترک دارند. نوارهای عمودی تعداد اشتراک‌ها را نشون می‌دهد و نقاط سیاه پایین ترکیب گروه‌های درگیر رو مشخص می‌کند.

#آنالیز_داده
----------
🆔 @BioinfCamp

چرا هوش مصنوعی بیشتر به نفع ارشدهاست تا تازه‌کارها؟

هوش مصنوعی در برنامه‌نویسی می‌تواند:
🔹 کدهای تکراری و ساختار اولیه بسازد
🔹 وظایف ساده را خودکار کند
🔹 نمونه‌سازی سریع و تست سریع انجام دهد

اما مشکلاتی هم دارد:
❌ نمی‌تواند معماری درست طراحی کند
❌ کیفیت و امنیت کد را تضمین نمی‌کند
❌ تازه‌کارها ممکن است اشتباهات آن را تشخیص ندهند

🔹 نتیجه:
هوش‌مصنوعی فعلاً قدرت را در دست توسعه‌دهندگان ارشد می‌گذارد و تازه‌کارها صرفا باید با احتیاط از آن استفاده کنند تا خود به مرحله سینیور برسند.

#هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

🧬 What is Bystander Activation?

🔹 به حالتی که سلول‌های ایمنی، به‌ویژه سلول‌های T، بدون نیاز به شناسایی آنتی‌ژن خاصی فعال می‌شوند Bystander Activation گویند.

🔹 یعنی این سلول‌ها توسط عواملی غیر از آنتی‌ژنی که به‌طور معمول برای آن برنامه‌ریزی شده‌اند، تحریک می‌گردند.

🔹 معمولاً این نوع فعال‌سازی توسط سایتوکاین‌ها (مولکول‌های سیگنال‌دهنده‌ای که در پاسخ ایمنی ترشح می‌شوند) رخ می‌دهد.

🔹 از یک سو، این فرایند می‌تواند به پاک‌سازی بهتر عوامل بیماری‌زا و تقویت سیستم ایمنی کمک کند.
🔹 اما از سوی دیگر، ممکن است منجر به بروز بیماری‌های خودایمنی و آسیب به بافت‌های بدن شود.

🔹 درک این پدیده برای شناخت بهتر پاسخ‌های ایمنی در بیماری‌ها و درمان آن‌ها اهمیت فراوانی دارد.

#سیستم_ایمنی
----------
🆔 @BioinfCamp

💥 What is Neoplastic Transformation?

🔹 تبدیل نئوپلاستیک فرآیندی است که در آن یک سلول طبیعی به سلولی با رفتار سرطانی یا پیش‌سرطانی تبدیل می‌شود.

🔹 این تغییر معمولاً نتیجه‌ی جهش‌های ژنتیکی یا تغییرات اپی‌ژنتیکی است که باعث رشد کنترل‌نشده و تغییر عملکرد سلول می‌شود.

📖 معرفی یک فصل مهم درباره‌ی این موضوع:
📚 Epigenetic Nature of Neoplastic Transformation
📖 منتشرشده در کتاب:
Developmental Biology and Cancer

🔹 در این فصل، نویسنده توضیح می‌دهد که چطور تغییرات اپی‌ژنتیکی می‌توانند بدون تغییر در DNA، باعث ایجاد سلول‌های نئوپلاستیک شوند. او این روند را نتیجه‌ی انتخاب تدریجی و شرایط محیطی می‌داند.

#دانستنی‌ها #کتاب #سرطان
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی 7 نمودار مهم در آنالیز داده‌های زیستی

📊 Post 3: Chord Diagram

🔹 این نوع نمودار روشی برای نمایش ارتباط بین گروه‌هاست. هر بخش روی دایره یک گروه را نشان می‌دهد و کمان‌های بین بخش‌ها میزان ارتباط را مشخص می‌کنند.

🔹 مثلا در این تصویر، جفت‌شدن ژن‌های TRGV و TRDV نمایش داده شده است. پهنای کمان‌ها نشان می‌دهد که کدام جفت‌ها بیشتر با هم دیده شدند.

🔹 برای نمونه ژن TRDV2 بیشترین جفت‌شدگی رو با TRGV9 دارد.

#آنالیز_داده
----------
🆔 @BioinfCamp