رفع ایراد:
گاهی اوقات هنگام انتخاب ست رنگی برای پلات های ترسیم شده در پایتون بخصوص باکس پلات ها با خطای پیوست مواجه می شوید. در این صورت بایستی تعداد رنگ ها را در هنگام کد نویسی براساس تعداد باکس هایی ک ترسیم می شود انتخاب کنید. فرض کنید می خواهید از ست رنگی flare استفاده کنید و خروجی پلات شما 4 باکس دارد. در این صورت بایستی کد مورد نظر به صورت زیر نوشته شود
#پایتون #palette
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
گاهی اوقات هنگام انتخاب ست رنگی برای پلات های ترسیم شده در پایتون بخصوص باکس پلات ها با خطای پیوست مواجه می شوید. در این صورت بایستی تعداد رنگ ها را در هنگام کد نویسی براساس تعداد باکس هایی ک ترسیم می شود انتخاب کنید. فرض کنید می خواهید از ست رنگی flare استفاده کنید و خروجی پلات شما 4 باکس دارد. در این صورت بایستی کد مورد نظر به صورت زیر نوشته شود
# call seaborn moduleبا ما همراه باشید.
import seaborn as sns
# Load the "tips" dataset from Seaborn
df = sns.load_dataset("tips")
# Set the Seaborn style to "ticks"
sns.set_style("ticks")
#define custom plot and paramters
custom_palette = sns.color_palette("flare", 4)
# Create a boxplot with the categorical variable assigned to hue
sns.boxplot(x="day", y="total_bill", data=df, hue="day", palette=custom_palette, dodge=False, legend=False)
# Show the plot
sns.despine()
#پایتون #palette
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍2
معرفی زبان برنامه نویسی جولیا (Julia) و کاربردهای بیوانفورماتیکی این زبان برنامه نویسی
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍3
نصب و راه اندای زبان برنامه نویسی جولیا
امروزه بسیاری از کاربران رشته های مهندسی، علوم پایه و بخصوص بیوتکنولوژی از زبان های برنامه نویسی R و پایتون به وفور استفاده می کنند. اما همانطور که مشاهده می کنیم همه نرم افزارها با استفاده از این پلتفرم ها توسعه نیافته اند و بخش زیادی از نرم افزارهایی که در حوزه بیوانفورماتیک در یکی دو سال گذشته توسعه داده شده است به زبان برنامه نویسی جولیا بوده است.
جولیا (Julia) یک زبان برنامهنویسی سطح بالا با سرعت زبانهای سطح پایین است. این زبان سینتکس (Syntax) سادهای شبیه پایتون (Python) دارد و سرعت اجرای آن به زبان c نزدیک است. از قابلیتهای این زبان میتوان به یک کامپایلر (Compiler) پیشرفته، اجرای همزمان موازی، دقت عددی و یک کتابخانه تابع گسترده ریاضی اشاره کرد،
جولیا یک زبان برنامهنویسی پویا و سطح بالا است که بیشتر برای مقاصد محاسبات حجم بالای علمی مورد استفاده قرار میگیرد. البته از جولیا میتوان به عنوان زبان برنامهنویسی همه منظوره نیز استفاده کرد. ویژگیهای جولیا: یک زبان برنامهنویسی متن باز با پروانه امآیتی است.
عمده کاربرد زبان جولیا در حوزه های زیستی برای انالیز داده های big data مانند خروجی های ترانسکریپتومی، ژنومیکسی و انوتیشن و مشاهده خروجی اسمبلی می باشد. پشتیبانی فوق العاده عالی جولیا از ماژول های گرافیکی و ایجاد خروجی های با کیفیت از جمله ویژگی های ممتاز جولیا است که آن را به یک پلتفرم برنامه نویسی محبوب در میان کاربران زیستی تبدیل کرده است. در ادامه شیوه نصب و راه اندازی جولیا قرار داده شده است.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
امروزه بسیاری از کاربران رشته های مهندسی، علوم پایه و بخصوص بیوتکنولوژی از زبان های برنامه نویسی R و پایتون به وفور استفاده می کنند. اما همانطور که مشاهده می کنیم همه نرم افزارها با استفاده از این پلتفرم ها توسعه نیافته اند و بخش زیادی از نرم افزارهایی که در حوزه بیوانفورماتیک در یکی دو سال گذشته توسعه داده شده است به زبان برنامه نویسی جولیا بوده است.
جولیا (Julia) یک زبان برنامهنویسی سطح بالا با سرعت زبانهای سطح پایین است. این زبان سینتکس (Syntax) سادهای شبیه پایتون (Python) دارد و سرعت اجرای آن به زبان c نزدیک است. از قابلیتهای این زبان میتوان به یک کامپایلر (Compiler) پیشرفته، اجرای همزمان موازی، دقت عددی و یک کتابخانه تابع گسترده ریاضی اشاره کرد،
جولیا یک زبان برنامهنویسی پویا و سطح بالا است که بیشتر برای مقاصد محاسبات حجم بالای علمی مورد استفاده قرار میگیرد. البته از جولیا میتوان به عنوان زبان برنامهنویسی همه منظوره نیز استفاده کرد. ویژگیهای جولیا: یک زبان برنامهنویسی متن باز با پروانه امآیتی است.
عمده کاربرد زبان جولیا در حوزه های زیستی برای انالیز داده های big data مانند خروجی های ترانسکریپتومی، ژنومیکسی و انوتیشن و مشاهده خروجی اسمبلی می باشد. پشتیبانی فوق العاده عالی جولیا از ماژول های گرافیکی و ایجاد خروجی های با کیفیت از جمله ویژگی های ممتاز جولیا است که آن را به یک پلتفرم برنامه نویسی محبوب در میان کاربران زیستی تبدیل کرده است. در ادامه شیوه نصب و راه اندازی جولیا قرار داده شده است.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍5
برای نصب جولیا مراحل زیر را انجام دهید
1- ابتدا PowerShell ویندوز را در حالت ادمین اجرا کنید.
2- به قسمت date and time سیستم عامل خود رفته و لوکیشن را به آمریکا تغییر دهید.
3- اکنون کد زیر را در ترمینال شل ویندوز وارد کنید و جولیا را نصب کنید. بسته به سرعت اینترنت شما این مرحله ممکن است چند دقیقه طول بکشد.
5- سپس یک نوتیفیکیشن برای شما ظاهر می شود و روی گزینه launch کلیک کنید تا جولیا برای شما اجرا گردد. اکنون می توانید از جولیا در محیط ویندوز استفاده کنید.
6- در صورتی که لوکیشن سیستم خود را تغییر ندهید جولیا نصب نمی شود چون بخاطر داستان تحریما... ولی در کل برنامه رایگان هستش و مشکلی نداره ازش استفاده کنین.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
1- ابتدا PowerShell ویندوز را در حالت ادمین اجرا کنید.
2- به قسمت date and time سیستم عامل خود رفته و لوکیشن را به آمریکا تغییر دهید.
3- اکنون کد زیر را در ترمینال شل ویندوز وارد کنید و جولیا را نصب کنید. بسته به سرعت اینترنت شما این مرحله ممکن است چند دقیقه طول بکشد.
5- سپس یک نوتیفیکیشن برای شما ظاهر می شود و روی گزینه launch کلیک کنید تا جولیا برای شما اجرا گردد. اکنون می توانید از جولیا در محیط ویندوز استفاده کنید.
6- در صورتی که لوکیشن سیستم خود را تغییر ندهید جولیا نصب نمی شود چون بخاطر داستان تحریما... ولی در کل برنامه رایگان هستش و مشکلی نداره ازش استفاده کنین.
# install julia windows shellبا ما همراه باشید
> winget install julia -s msstore
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍5
نحوه نصب بسته های جولیا
همانطور که گفته شد مانند سایر زبان های برنامه نویسی جولیا دارای ماژول های اختصاصی برای ارزیابی و پردازش ماکرومولکول های زیستی، داده های ژنومی و ترانسکریپتومی است. به دلیل سهولت کار با جولیا، امروزه اکثر بیوانفورماتیست ها ترجیح می دهند از جولیا نیز در کنار سایر زبان های برنامه نویسی استفاده کنند.
برای اینکه یک بسته را در جولیا نصب کنید، بایستی ابتدا با استفاده از [ وارد محیط نصب بسته ها شوید سپس از طریق تابع add بسته دلخواه را نصب کنید. به عنوان مثال:
همانطور که می بینید به راحتی بسته ها نصب می شوند و اکنون می توانید برای کار خود استفاده کنید. دقت داشته باشید که جولیا از ویوور nglview برای نشان دادن زیست مولکول ها استفاده می کند.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
همانطور که گفته شد مانند سایر زبان های برنامه نویسی جولیا دارای ماژول های اختصاصی برای ارزیابی و پردازش ماکرومولکول های زیستی، داده های ژنومی و ترانسکریپتومی است. به دلیل سهولت کار با جولیا، امروزه اکثر بیوانفورماتیست ها ترجیح می دهند از جولیا نیز در کنار سایر زبان های برنامه نویسی استفاده کنند.
برای اینکه یک بسته را در جولیا نصب کنید، بایستی ابتدا با استفاده از [ وارد محیط نصب بسته ها شوید سپس از طریق تابع add بسته دلخواه را نصب کنید. به عنوان مثال:
#install Bio3DView package in Julia
(@v1.10) pkg> add Bio3DView
#install BioStructures.jl in Julia
(@v1.10) pkg> add BioStructures
همانطور که می بینید به راحتی بسته ها نصب می شوند و اکنون می توانید برای کار خود استفاده کنید. دقت داشته باشید که جولیا از ویوور nglview برای نشان دادن زیست مولکول ها استفاده می کند.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍4🔥1
ترسیم venn diagram در پایتون
یکی از کاربردهای پایتون انعطاف پذیری آن برای ترسیم انواع venn diagram است. با استفاده از دو ماژول matplotlib و matplotlib-venn می توانید این کار را انجام دهید. برای نصب matplotlib-venn کد زیر را در cmd یا شل ویندوز وارد کنید و اینتر بزنید...
در ادامه ترسیم venn diagramها به مرور آموزش داده می شود.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
یکی از کاربردهای پایتون انعطاف پذیری آن برای ترسیم انواع venn diagram است. با استفاده از دو ماژول matplotlib و matplotlib-venn می توانید این کار را انجام دهید. برای نصب matplotlib-venn کد زیر را در cmd یا شل ویندوز وارد کنید و اینتر بزنید...
#install required modules
pip install matplotlib-venn
در ادامه ترسیم venn diagramها به مرور آموزش داده می شود.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍3🔥1
معرفی SRAToolkit
یکی از ابزارهای توسعه یافته توسط پایگاه داده NCBI است که برای دریافت، آنالیز و پردازش توالی های زیستی و بخصوص big data از آن استفاده می شود. این ابزار در سه پلتفرم ویندوز، مک و اوبنتو به صورت رایگان در دسترس است و کاربران می توانند به راحتی از آن استفاده کنند. برای سهولت کار با این ابزار سورس های آن در اینجا بارگذاری شده است. دقت نمایید که برای کار با SRAToolkit حتما بایستی magic-blast و سایر پیش نیازهای آن بر روی سیستم شما نصب باشد. برای دانلود magic-blast از ftp سایت NCBI از طریق این لینک وارد شوید. به هرحال ساده ترین روش استفاده از این ابزار اجرای ان با استفاده از docker در محیط اوبنتو است. در ادامه می توانید این ابزار را دانلود و نصب کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
یکی از ابزارهای توسعه یافته توسط پایگاه داده NCBI است که برای دریافت، آنالیز و پردازش توالی های زیستی و بخصوص big data از آن استفاده می شود. این ابزار در سه پلتفرم ویندوز، مک و اوبنتو به صورت رایگان در دسترس است و کاربران می توانند به راحتی از آن استفاده کنند. برای سهولت کار با این ابزار سورس های آن در اینجا بارگذاری شده است. دقت نمایید که برای کار با SRAToolkit حتما بایستی magic-blast و سایر پیش نیازهای آن بر روی سیستم شما نصب باشد. برای دانلود magic-blast از ftp سایت NCBI از طریق این لینک وارد شوید. به هرحال ساده ترین روش استفاده از این ابزار اجرای ان با استفاده از docker در محیط اوبنتو است. در ادامه می توانید این ابزار را دانلود و نصب کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍5
sratoolkit.3.0.10-win64.zip
46.6 MB
فایل سورس sratoolktit برای سیستم عامل های مختلف
👍1