نصب و راه اندای زبان برنامه نویسی جولیا
امروزه بسیاری از کاربران رشته های مهندسی، علوم پایه و بخصوص بیوتکنولوژی از زبان های برنامه نویسی R و پایتون به وفور استفاده می کنند. اما همانطور که مشاهده می کنیم همه نرم افزارها با استفاده از این پلتفرم ها توسعه نیافته اند و بخش زیادی از نرم افزارهایی که در حوزه بیوانفورماتیک در یکی دو سال گذشته توسعه داده شده است به زبان برنامه نویسی جولیا بوده است.

جولیا (Julia) یک زبان برنامه‌نویسی سطح بالا با سرعت زبان‌های سطح پایین است. این زبان سینتکس (Syntax) ساده‌ای شبیه پایتون (Python) دارد و سرعت اجرای آن به زبان c نزدیک است. از قابلیت‌های این زبان می‌توان به یک کامپایلر (Compiler) پیشرفته، اجرای هم‌زمان موازی، دقت عددی و یک کتابخانه تابع گسترده ریاضی اشاره کرد،
جولیا یک زبان برنامه‌نویسی پویا و سطح بالا است که بیشتر برای مقاصد محاسبات حجم بالای علمی مورد استفاده قرار می‌گیرد. البته از جولیا می‌توان به عنوان زبان برنامه‌نویسی همه منظوره نیز استفاده کرد. ویژگی‌های جولیا: یک زبان برنامه‌نویسی متن باز با پروانه ام‌آی‌تی است.
عمده کاربرد زبان جولیا در حوزه های زیستی برای انالیز داده های big data مانند خروجی های ترانسکریپتومی، ژنومیکسی و انوتیشن و مشاهده خروجی اسمبلی می باشد. پشتیبانی فوق العاده عالی جولیا از ماژول های گرافیکی و ایجاد خروجی های با کیفیت از جمله ویژگی های ممتاز جولیا است که آن را به یک پلتفرم برنامه نویسی محبوب در میان کاربران زیستی تبدیل کرده است. در ادامه شیوه نصب و راه اندازی جولیا قرار داده شده است.

🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024

معرفی SRAToolkit
یکی از ابزارهای توسعه یافته توسط پایگاه داده NCBI است که برای دریافت، آنالیز و پردازش توالی های زیستی و بخصوص big data از آن استفاده می شود. این ابزار در سه پلتفرم ویندوز، مک و اوبنتو به صورت رایگان در دسترس است و کاربران می توانند به راحتی از آن استفاده کنند. برای سهولت کار با این ابزار سورس های آن در اینجا بارگذاری شده است. دقت نمایید که برای کار با SRAToolkit حتما بایستی magic-blast و سایر پیش نیازهای آن بر روی سیستم شما نصب باشد. برای دانلود magic-blast از ftp سایت NCBI از طریق این لینک وارد شوید. به هرحال ساده ترین روش استفاده از این ابزار اجرای ان با استفاده از docker در محیط اوبنتو است. در ادامه می توانید این ابزار را دانلود و نصب کنید.

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024

معرفی ncbi/ngs-tools

ابزار ngs-tools یکی دیگر از بیلدهای پیشرفته و توسعه یافته تر sratoolkit است که از کامپایلر cmake برای اجرای کدهای خود بهره می برد و با سرعت بالاتری در مقایسه با sratoolkit می تواند پردازش های ژنومی، مانند مقایسه همردیفی، ویرایش کانتیگ ها، حذف خوانش های نامساعد و... را انجام دهد. برای کار با این ابزار بایستی ابتدا آن را نصب کنید و سپس بعد از کانفیگیور کردن آن در مسیر دلخواه از طریق ترمینال لینوکس خود آن را ران کنید.

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024

شیوه نصب:

$ mkdir ncbi
$ cd ncbi
$ git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git
$ git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ echo $PATH

با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024

معرفی نرم افزار NAMD:
نرم افزار namd همانند گرومکس، امبر و لمپس یکی دیگر از نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با فراهم آوردن زیرساخت های لازم محاسباتی می تواند به پژوهشگران برای شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین ها و لیگاندهای آلی در محیط حلال کمک نمایند. این ابزار رایگان است و به صورت یک ماژول در نرم افزار vmd نصب می شود. در ادامه می توانید بیلدهای مختلف این نرم افزار را دانلود و نصب کنید. در صورتی که هنگام کار با این ابزار در استفاده از فورس فیلدهای پیشفرض -بخصوص برای فورس فیلد چارم- با مشکل مواجه شدید می توانید از این لینک فورس فیلدهای مورد نظر را دانلود کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024