نحوه نصب بسته های جولیا
همانطور که گفته شد مانند سایر زبان های برنامه نویسی جولیا دارای ماژول های اختصاصی برای ارزیابی و پردازش ماکرومولکول های زیستی، داده های ژنومی و ترانسکریپتومی است. به دلیل سهولت کار با جولیا، امروزه اکثر بیوانفورماتیست ها ترجیح می دهند از جولیا نیز در کنار سایر زبان های برنامه نویسی استفاده کنند.
برای اینکه یک بسته را در جولیا نصب کنید، بایستی ابتدا با استفاده از [ وارد محیط نصب بسته ها شوید سپس از طریق تابع add بسته دلخواه را نصب کنید. به عنوان مثال:
همانطور که می بینید به راحتی بسته ها نصب می شوند و اکنون می توانید برای کار خود استفاده کنید. دقت داشته باشید که جولیا از ویوور nglview برای نشان دادن زیست مولکول ها استفاده می کند.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
همانطور که گفته شد مانند سایر زبان های برنامه نویسی جولیا دارای ماژول های اختصاصی برای ارزیابی و پردازش ماکرومولکول های زیستی، داده های ژنومی و ترانسکریپتومی است. به دلیل سهولت کار با جولیا، امروزه اکثر بیوانفورماتیست ها ترجیح می دهند از جولیا نیز در کنار سایر زبان های برنامه نویسی استفاده کنند.
برای اینکه یک بسته را در جولیا نصب کنید، بایستی ابتدا با استفاده از [ وارد محیط نصب بسته ها شوید سپس از طریق تابع add بسته دلخواه را نصب کنید. به عنوان مثال:
#install Bio3DView package in Julia
(@v1.10) pkg> add Bio3DView
#install BioStructures.jl in Julia
(@v1.10) pkg> add BioStructures
همانطور که می بینید به راحتی بسته ها نصب می شوند و اکنون می توانید برای کار خود استفاده کنید. دقت داشته باشید که جولیا از ویوور nglview برای نشان دادن زیست مولکول ها استفاده می کند.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍4🔥1
ترسیم venn diagram در پایتون
یکی از کاربردهای پایتون انعطاف پذیری آن برای ترسیم انواع venn diagram است. با استفاده از دو ماژول matplotlib و matplotlib-venn می توانید این کار را انجام دهید. برای نصب matplotlib-venn کد زیر را در cmd یا شل ویندوز وارد کنید و اینتر بزنید...
در ادامه ترسیم venn diagramها به مرور آموزش داده می شود.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
یکی از کاربردهای پایتون انعطاف پذیری آن برای ترسیم انواع venn diagram است. با استفاده از دو ماژول matplotlib و matplotlib-venn می توانید این کار را انجام دهید. برای نصب matplotlib-venn کد زیر را در cmd یا شل ویندوز وارد کنید و اینتر بزنید...
#install required modules
pip install matplotlib-venn
در ادامه ترسیم venn diagramها به مرور آموزش داده می شود.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
12 ژانویه 2024
👍3🔥1
معرفی SRAToolkit
یکی از ابزارهای توسعه یافته توسط پایگاه داده NCBI است که برای دریافت، آنالیز و پردازش توالی های زیستی و بخصوص big data از آن استفاده می شود. این ابزار در سه پلتفرم ویندوز، مک و اوبنتو به صورت رایگان در دسترس است و کاربران می توانند به راحتی از آن استفاده کنند. برای سهولت کار با این ابزار سورس های آن در اینجا بارگذاری شده است. دقت نمایید که برای کار با SRAToolkit حتما بایستی magic-blast و سایر پیش نیازهای آن بر روی سیستم شما نصب باشد. برای دانلود magic-blast از ftp سایت NCBI از طریق این لینک وارد شوید. به هرحال ساده ترین روش استفاده از این ابزار اجرای ان با استفاده از docker در محیط اوبنتو است. در ادامه می توانید این ابزار را دانلود و نصب کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
یکی از ابزارهای توسعه یافته توسط پایگاه داده NCBI است که برای دریافت، آنالیز و پردازش توالی های زیستی و بخصوص big data از آن استفاده می شود. این ابزار در سه پلتفرم ویندوز، مک و اوبنتو به صورت رایگان در دسترس است و کاربران می توانند به راحتی از آن استفاده کنند. برای سهولت کار با این ابزار سورس های آن در اینجا بارگذاری شده است. دقت نمایید که برای کار با SRAToolkit حتما بایستی magic-blast و سایر پیش نیازهای آن بر روی سیستم شما نصب باشد. برای دانلود magic-blast از ftp سایت NCBI از طریق این لینک وارد شوید. به هرحال ساده ترین روش استفاده از این ابزار اجرای ان با استفاده از docker در محیط اوبنتو است. در ادامه می توانید این ابزار را دانلود و نصب کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍5
sratoolkit.3.0.10-win64.zip
46.6 MB
فایل سورس sratoolktit برای سیستم عامل های مختلف
👍1
معرفی ncbi/ngs-tools
ابزار ngs-tools یکی دیگر از بیلدهای پیشرفته و توسعه یافته تر sratoolkit است که از کامپایلر cmake برای اجرای کدهای خود بهره می برد و با سرعت بالاتری در مقایسه با sratoolkit می تواند پردازش های ژنومی، مانند مقایسه همردیفی، ویرایش کانتیگ ها، حذف خوانش های نامساعد و... را انجام دهد. برای کار با این ابزار بایستی ابتدا آن را نصب کنید و سپس بعد از کانفیگیور کردن آن در مسیر دلخواه از طریق ترمینال لینوکس خود آن را ران کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
ابزار ngs-tools یکی دیگر از بیلدهای پیشرفته و توسعه یافته تر sratoolkit است که از کامپایلر cmake برای اجرای کدهای خود بهره می برد و با سرعت بالاتری در مقایسه با sratoolkit می تواند پردازش های ژنومی، مانند مقایسه همردیفی، ویرایش کانتیگ ها، حذف خوانش های نامساعد و... را انجام دهد. برای کار با این ابزار بایستی ابتدا آن را نصب کنید و سپس بعد از کانفیگیور کردن آن در مسیر دلخواه از طریق ترمینال لینوکس خود آن را ران کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍1
ngs-tools-master.zip
66.1 MB
شیوه نصب:
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
$ mkdir ncbi
$ cd ncbi
$ git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git
$ git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ echo $PATH
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍4
معرفی نرم افزار NAMD:
نرم افزار namd همانند گرومکس، امبر و لمپس یکی دیگر از نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با فراهم آوردن زیرساخت های لازم محاسباتی می تواند به پژوهشگران برای شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین ها و لیگاندهای آلی در محیط حلال کمک نمایند. این ابزار رایگان است و به صورت یک ماژول در نرم افزار vmd نصب می شود. در ادامه می توانید بیلدهای مختلف این نرم افزار را دانلود و نصب کنید. در صورتی که هنگام کار با این ابزار در استفاده از فورس فیلدهای پیشفرض -بخصوص برای فورس فیلد چارم- با مشکل مواجه شدید می توانید از این لینک فورس فیلدهای مورد نظر را دانلود کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
نرم افزار namd همانند گرومکس، امبر و لمپس یکی دیگر از نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با فراهم آوردن زیرساخت های لازم محاسباتی می تواند به پژوهشگران برای شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین ها و لیگاندهای آلی در محیط حلال کمک نمایند. این ابزار رایگان است و به صورت یک ماژول در نرم افزار vmd نصب می شود. در ادامه می توانید بیلدهای مختلف این نرم افزار را دانلود و نصب کنید. در صورتی که هنگام کار با این ابزار در استفاده از فورس فیلدهای پیشفرض -بخصوص برای فورس فیلد چارم- با مشکل مواجه شدید می توانید از این لینک فورس فیلدهای مورد نظر را دانلود کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍5
namd-tutorial-win.pdf
6.5 MB
فایل های راهنما و اگزمپل های مورد نیاز برای اجرای NAMD
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
namd-tutorial-files.tar.gz
148 MB
فایل های مورد نیاز namd برای اجرا در مک و یونیکس
namd-tutorial-files.zip
148 MB
فایل های مورد نیاز برای اجرای namd در ویندوز
👍7