sratoolkit.3.0.10-win64.zip
46.6 MB
فایل سورس sratoolktit برای سیستم عامل های مختلف
👍1
معرفی ncbi/ngs-tools
ابزار ngs-tools یکی دیگر از بیلدهای پیشرفته و توسعه یافته تر sratoolkit است که از کامپایلر cmake برای اجرای کدهای خود بهره می برد و با سرعت بالاتری در مقایسه با sratoolkit می تواند پردازش های ژنومی، مانند مقایسه همردیفی، ویرایش کانتیگ ها، حذف خوانش های نامساعد و... را انجام دهد. برای کار با این ابزار بایستی ابتدا آن را نصب کنید و سپس بعد از کانفیگیور کردن آن در مسیر دلخواه از طریق ترمینال لینوکس خود آن را ران کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
ابزار ngs-tools یکی دیگر از بیلدهای پیشرفته و توسعه یافته تر sratoolkit است که از کامپایلر cmake برای اجرای کدهای خود بهره می برد و با سرعت بالاتری در مقایسه با sratoolkit می تواند پردازش های ژنومی، مانند مقایسه همردیفی، ویرایش کانتیگ ها، حذف خوانش های نامساعد و... را انجام دهد. برای کار با این ابزار بایستی ابتدا آن را نصب کنید و سپس بعد از کانفیگیور کردن آن در مسیر دلخواه از طریق ترمینال لینوکس خود آن را ران کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍1
ngs-tools-master.zip
66.1 MB
شیوه نصب:
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
$ mkdir ncbi
$ cd ncbi
$ git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git
$ git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ echo $PATH
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍4
معرفی نرم افزار NAMD:
نرم افزار namd همانند گرومکس، امبر و لمپس یکی دیگر از نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با فراهم آوردن زیرساخت های لازم محاسباتی می تواند به پژوهشگران برای شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین ها و لیگاندهای آلی در محیط حلال کمک نمایند. این ابزار رایگان است و به صورت یک ماژول در نرم افزار vmd نصب می شود. در ادامه می توانید بیلدهای مختلف این نرم افزار را دانلود و نصب کنید. در صورتی که هنگام کار با این ابزار در استفاده از فورس فیلدهای پیشفرض -بخصوص برای فورس فیلد چارم- با مشکل مواجه شدید می توانید از این لینک فورس فیلدهای مورد نظر را دانلود کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
نرم افزار namd همانند گرومکس، امبر و لمپس یکی دیگر از نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی است که با فراهم آوردن زیرساخت های لازم محاسباتی می تواند به پژوهشگران برای شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین ها و لیگاندهای آلی در محیط حلال کمک نمایند. این ابزار رایگان است و به صورت یک ماژول در نرم افزار vmd نصب می شود. در ادامه می توانید بیلدهای مختلف این نرم افزار را دانلود و نصب کنید. در صورتی که هنگام کار با این ابزار در استفاده از فورس فیلدهای پیشفرض -بخصوص برای فورس فیلد چارم- با مشکل مواجه شدید می توانید از این لینک فورس فیلدهای مورد نظر را دانلود کنید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍5
namd-tutorial-win.pdf
6.5 MB
فایل های راهنما و اگزمپل های مورد نیاز برای اجرای NAMD
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
namd-tutorial-files.tar.gz
148 MB
فایل های مورد نیاز namd برای اجرا در مک و یونیکس
namd-tutorial-files.zip
148 MB
فایل های مورد نیاز برای اجرای namd در ویندوز
👍7
نرم افزار ADFR suite
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
👍5
ADFRsuite_win32_1.0_Setup.exe
113.2 MB
فایل های سورس ADFR suite برای نصب در ویندوز و لینوکس
ADFRsuite_x86_64Linux_1.0.tar.gz
98.7 MB
شیوه نصب :
chmod a+x ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
./ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
👍2
نرم افزار OpenBabel
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍4
openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
26.5 MB
دستور العمل نصب OB چند مرحله ای است و بایستی کاربران براساس سطح دانشی که از لینوکس دارند آن را نصب کنند. دقت داشته باشید در صورتی که با کامندهای لینوکس به طور کامل اشنایی دارید می توانید سورس کدهای پیوست شده برای یونیکس را به صورت self-compile اجرا کنید، در غیر این صورت سعی کنید ابتدا نسخه ویندوزی را یاد بگیرید و بعد برید سراغ بقیه ورژن ها. آموزش نصب OB در لینوکس و ویندوز
@IRBioinformatics
@IRBioinformatics
👍5