namd-tutorial-win.pdf
6.5 MB
فایل های راهنما و اگزمپل های مورد نیاز برای اجرای NAMD
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
namd-tutorial-files.tar.gz
148 MB
فایل های مورد نیاز namd برای اجرا در مک و یونیکس
namd-tutorial-files.zip
148 MB
فایل های مورد نیاز برای اجرای namd در ویندوز
👍7
نرم افزار ADFR suite
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
👍5
ADFRsuite_win32_1.0_Setup.exe
113.2 MB
فایل های سورس ADFR suite برای نصب در ویندوز و لینوکس
ADFRsuite_x86_64Linux_1.0.tar.gz
98.7 MB
شیوه نصب :
chmod a+x ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
./ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
👍2
نرم افزار OpenBabel
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍4
openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
26.5 MB
دستور العمل نصب OB چند مرحله ای است و بایستی کاربران براساس سطح دانشی که از لینوکس دارند آن را نصب کنند. دقت داشته باشید در صورتی که با کامندهای لینوکس به طور کامل اشنایی دارید می توانید سورس کدهای پیوست شده برای یونیکس را به صورت self-compile اجرا کنید، در غیر این صورت سعی کنید ابتدا نسخه ویندوزی را یاد بگیرید و بعد برید سراغ بقیه ورژن ها. آموزش نصب OB در لینوکس و ویندوز
@IRBioinformatics
@IRBioinformatics
👍5
معرفی بسته نرم افزاری WGCNA برای R
همیشه وقتی انالیزای بیان ژن یا ترانسکریپتومی انجام میدادم دنبال یه بسته حرفه ای توی ار بودم که بتونم کلی دیتا رو یه جا مدیریت کنم و از طرفی خروجی هایی هم ک میگیرم خیلی با کیفیت باشن. کلی گشتم و نهایتا این بسته رو پیدا کردم که برای ترسیم شبکه های همبستگی وزنی خیلی عالی هستش. برای ارزیابی خروجی های rnaseq و بررسی همبستگی بیانی ژن ها این بسته واقعا عالی هستش.
اطلاعات بیشتر در خصوص WGCNA
شیوه نصب در R
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
همیشه وقتی انالیزای بیان ژن یا ترانسکریپتومی انجام میدادم دنبال یه بسته حرفه ای توی ار بودم که بتونم کلی دیتا رو یه جا مدیریت کنم و از طرفی خروجی هایی هم ک میگیرم خیلی با کیفیت باشن. کلی گشتم و نهایتا این بسته رو پیدا کردم که برای ترسیم شبکه های همبستگی وزنی خیلی عالی هستش. برای ارزیابی خروجی های rnaseq و بررسی همبستگی بیانی ژن ها این بسته واقعا عالی هستش.
اطلاعات بیشتر در خصوص WGCNA
شیوه نصب در R
#WGCNA is available on CRAN
install.packages("WGCNA")
#Open the package
library(WGCNA)
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍9
اولین و مهمترین چیزی که توی هر آنالیزی بخصوص آنالیزهای بیوانفورماتیکی ترانسکریپتومی مهمه اینکه که داده هایی که برای پردازش هاتون استفاده می کنین حتما از یک کیفیت خوب و معقولی برخوردار باشن وگرنه تو مرحله پردازش تصاویر و همچنین گرفتن خروجی با مشکل مواجه میشین. برای رفع این خطاها بایستی حتما مرحله کنترل کیفیت رو با دقت انجام بدین و از این طریق ارزش کارتون رو بیشتر کنین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍7
بهترین تجربه ای که میتونم باهاتون در رابطه با مدل سازی پروتئین ها به اشتراک بزارم اینکه انتخاب ابزار مدل سازی و الگوریتم مدلینگ تاثیر خیلی زیادی روی کیفیت کار شما داره. درسته کلی ابزار توی اینترنت ریخته و شما توالی آمینواسیدیتون رو بهشون بدین در نهایت یه چیزی تحویلتون میدن، اما با این حال هر مدل پروتئینی که میسازین حتما باید یه استانداردهایی داشته باشه فولدینگ هاش، ساختارهای ثانویش، زوایای خمش اتم ها و... همه و همه باید با دقت در مدل قرار بگیره. اگر ابزار نامناسب و روش نامناسب تر برای مدلینگ پروتئین انتخاب کنین قاعدتا نمی تونین یک مدل خیلی خوب طراحی کنین و از اون برای کارتون در آنالیز های بعدی استفاده کنین. پس یادتون باشه ابزاری که انتخاب می کنین حتما و حتما از یک دیتابیس اکسپریمنتال پشتیبانی کنه که بتونین ی مدل دقیق بدست بیارین از توالی یک پروتئین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍8