namd-tutorial-win.pdf
6.5 MB
فایل های راهنما و اگزمپل های مورد نیاز برای اجرای NAMD
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
namd-tutorial-files.tar.gz
148 MB
فایل های مورد نیاز namd برای اجرا در مک و یونیکس
namd-tutorial-files.zip
148 MB
فایل های مورد نیاز برای اجرای namd در ویندوز
👍7
نرم افزار ADFR suite
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
نسخه پیشرفته تر و ارتقا یافته اتوداک وینا برای داکینگ پروتئین -لیگاند، با قابلیت پشتیبانی از اتوگرید و اتو مپ
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
- این نسخه در تاریخ 13 ژانویه 2024 بر روی سیستم عامل ویندوز 10 و 11، لینوکس مینت و اوبنتو 2023 تست شده است و بدون مشکل اجرا شده است.
👍5
ADFRsuite_win32_1.0_Setup.exe
113.2 MB
فایل های سورس ADFR suite برای نصب در ویندوز و لینوکس
ADFRsuite_x86_64Linux_1.0.tar.gz
98.7 MB
شیوه نصب :
chmod a+x ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
./ADFRsuite_Linux-x86_64_1.0_install
👍2
نرم افزار OpenBabel
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
نرم افزار OB یکی از بهترین ابزارهای رایگان برای اوپتیمایز کردن لیگاندهای شیمیایی، تهیه ساختار سه بعدی لیگاندها، افزودن شارژ و هیدروژن ها به ساختار لیگاندها، تبدیل فرمت های شیمیایی و ... است. هنگام انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برای زیست مولکول ها بخصوص پروتئین ها شما نیاز دارید که حتما توپولوژی های خاصی برای لیگاندها ایجاد کنید. برای این منظور می توانید از OB استفاده کنید. در دوره های قبلی که در خدمت دانشجویان عزیز بودیم این نرم افزار را به طور کامل آموزش دادیم. در ادامه نسخه لینوکسی و ویندوز OB قرار داده شده است.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍4
openbabel-3.1.1-source.tar.bz2
26.5 MB
دستور العمل نصب OB چند مرحله ای است و بایستی کاربران براساس سطح دانشی که از لینوکس دارند آن را نصب کنند. دقت داشته باشید در صورتی که با کامندهای لینوکس به طور کامل اشنایی دارید می توانید سورس کدهای پیوست شده برای یونیکس را به صورت self-compile اجرا کنید، در غیر این صورت سعی کنید ابتدا نسخه ویندوزی را یاد بگیرید و بعد برید سراغ بقیه ورژن ها. آموزش نصب OB در لینوکس و ویندوز
@IRBioinformatics
@IRBioinformatics
👍5
معرفی بسته نرم افزاری WGCNA برای R
همیشه وقتی انالیزای بیان ژن یا ترانسکریپتومی انجام میدادم دنبال یه بسته حرفه ای توی ار بودم که بتونم کلی دیتا رو یه جا مدیریت کنم و از طرفی خروجی هایی هم ک میگیرم خیلی با کیفیت باشن. کلی گشتم و نهایتا این بسته رو پیدا کردم که برای ترسیم شبکه های همبستگی وزنی خیلی عالی هستش. برای ارزیابی خروجی های rnaseq و بررسی همبستگی بیانی ژن ها این بسته واقعا عالی هستش.
اطلاعات بیشتر در خصوص WGCNA
شیوه نصب در R
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
همیشه وقتی انالیزای بیان ژن یا ترانسکریپتومی انجام میدادم دنبال یه بسته حرفه ای توی ار بودم که بتونم کلی دیتا رو یه جا مدیریت کنم و از طرفی خروجی هایی هم ک میگیرم خیلی با کیفیت باشن. کلی گشتم و نهایتا این بسته رو پیدا کردم که برای ترسیم شبکه های همبستگی وزنی خیلی عالی هستش. برای ارزیابی خروجی های rnaseq و بررسی همبستگی بیانی ژن ها این بسته واقعا عالی هستش.
اطلاعات بیشتر در خصوص WGCNA
شیوه نصب در R
#WGCNA is available on CRAN
install.packages("WGCNA")
#Open the package
library(WGCNA)
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
13 ژانویه 2024
👍9
اولین و مهمترین چیزی که توی هر آنالیزی بخصوص آنالیزهای بیوانفورماتیکی ترانسکریپتومی مهمه اینکه که داده هایی که برای پردازش هاتون استفاده می کنین حتما از یک کیفیت خوب و معقولی برخوردار باشن وگرنه تو مرحله پردازش تصاویر و همچنین گرفتن خروجی با مشکل مواجه میشین. برای رفع این خطاها بایستی حتما مرحله کنترل کیفیت رو با دقت انجام بدین و از این طریق ارزش کارتون رو بیشتر کنین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍7
بهترین تجربه ای که میتونم باهاتون در رابطه با مدل سازی پروتئین ها به اشتراک بزارم اینکه انتخاب ابزار مدل سازی و الگوریتم مدلینگ تاثیر خیلی زیادی روی کیفیت کار شما داره. درسته کلی ابزار توی اینترنت ریخته و شما توالی آمینواسیدیتون رو بهشون بدین در نهایت یه چیزی تحویلتون میدن، اما با این حال هر مدل پروتئینی که میسازین حتما باید یه استانداردهایی داشته باشه فولدینگ هاش، ساختارهای ثانویش، زوایای خمش اتم ها و... همه و همه باید با دقت در مدل قرار بگیره. اگر ابزار نامناسب و روش نامناسب تر برای مدلینگ پروتئین انتخاب کنین قاعدتا نمی تونین یک مدل خیلی خوب طراحی کنین و از اون برای کارتون در آنالیز های بعدی استفاده کنین. پس یادتون باشه ابزاری که انتخاب می کنین حتما و حتما از یک دیتابیس اکسپریمنتال پشتیبانی کنه که بتونین ی مدل دقیق بدست بیارین از توالی یک پروتئین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍8
یه نکته دیگه هم باهاتون به اشتراک بزاریم و اون اینکه موقعی که با R میخواین باکس پلات بکشین و می خواین p-valueها رو بهش اضافه کنین یادتون باشه که گاها R مقدار P-value ها رو اشتباه میزنه. شما بایستی حتما از قبل به R کامند آماری مناسب رو بدین که متناسب با آون دیتاهاتون باهم مقایسه کنه و مقدار صحیح p-valueها رو به هر باکس پلات شما اضافه کنه. اگر این کار نکنین تفسیرتون با خطا مواجه میشه و ممکنه به دلیل نرمالیز نشدن داده هاتون کلا نتیجه مقایسات آماریتون اشتباه بشه. حتما حتما این مورد رو موقع ترسیم باکس پلات ها -بخصوص موقعی که میخواین t-test یا مقایسات مشابه انجام بدین- مدنظر داشته باشید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍9
بسته نرم افزار ggmsa در R
این بسته نرم افزاری یکی از بهترین ابزارهای مبنتی بر R برای مقایسه همردیفی توالی های زیستی با یکدیگر است. با استفاده از این بسته می توان به راحتی صدها توالی را با یکدیگر مقایسه کرد و در نهایت گراف هایی با کیفیت فوق العاده عالی برای چاپ در مقالات تولید کرد.
شیوه نصب: در ترمینال R یا RSTUDIO کد زیر را اجرا کنید:
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
این بسته نرم افزاری یکی از بهترین ابزارهای مبنتی بر R برای مقایسه همردیفی توالی های زیستی با یکدیگر است. با استفاده از این بسته می توان به راحتی صدها توالی را با یکدیگر مقایسه کرد و در نهایت گراف هایی با کیفیت فوق العاده عالی برای چاپ در مقالات تولید کرد.
شیوه نصب: در ترمینال R یا RSTUDIO کد زیر را اجرا کنید:
if (!requireNamespace("devtools", quietly=TRUE)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa")با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍7
همیشه وقتی یک کار علمی انجام میدین خیلی خیلی زیاد روی خروجی هاتون وقت بزارین. بخصوص اگر تو حوزه سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک کار میکنین خروجی های شما بایستی دارای کیفیت مطلوبی باشن در غیر این صورت نتایج زحمت شما به درستی دیده نمیشه. به عنوان داور خیلی از ژورنالای معتبر علمی همیشه میبینم نویسندگانی رو خیلی زیاد وقت گذاشتن کاری ور انجام دادن ولی افسوس از شیوه آنالیز و خروجی گرفتنشون! و وقتی مقاله یا گزارششون رد میشه میگن چرا این ژورنال با ایرانیا لجه! اصلا هم اینطور نیست، وقتتون رو روی انالیزا و نحوه پردازش داده هاتون بزارین تا بتونین خروجی های با کیفیتی تولید کنین و اینطوری شانس پذیریش مقالات بیوانفورماتیک خود را بالا ببرید.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
❤5👍1
example_6agt_symmetric.gif
15.8 MB
نکته مهم و کاربردی که در مطالعات زیستی محاسباتی خیلی میتونه به شما کمک کنه اینه که وقتی یک کار محاسباتی انجام میدین صرفا به نتیجه یه ابزار توجه نکنین و همیشه سعی کنین الگوریتم های مختلف رو تست کنین تا بتونین به بهترین نحو ممکن کاربردی ترین الگوریتمی که میتونه کارتون ساپورت کنه و خروجی قابل اعتماد تری به شما میده رو انتخاب کنید. در این حالت هستش که کار محاسباتی شما با ارزشه و خروجی ممتازی به شما میده وگرنه اینکه چارتا فایل با ی نرم افزار روی هم بندازین که نشد خروجی جانم، باید حتما کارتون هدف دار باشه و از یک رویه منطقی پیگیری کنه، بخصوص در برهمکنش داروها، علف کش ها، سموم و ... با پروتئین ها...
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
👍4