#دانستنیها
#کلروپلاستها، #اندامکهای نیمهخودمختار و فعال متابولیکی هستند که در گیاهان، جلبکها و سیانو باکتریها یافت میشوند. عملکرد اصلی آنها انجام فرآیند #فتوسنتز است که شامل تبدیل انرژی نور به انرژی پیوندهای شیمیایی برای سنتز ترکیبات آلی میشود. پروتئوم کلروپلاستها شامل چندین نوع پروتئین است که علاوه بر فتوسنتز، در بیوسنتز اسیدهای چرب، آمینو اسیدها، هورمونها، ویتامینها، نوکلئوتیدها و متابولیتهای ثانویه شرکت میکنند. بیشتر پروتئینهای کلروپلاست از ژنهای هستهای کدگذاری میشوند. در طول فرایند تکامل، بسیاری از ژنهای کلروپلاستهای باستانی به #هسته سلول منتقل شدهاند. با این حال، پروتئینهایی که برای فتوسنتز ضروری هستند، در #ژنوم کلروپلاست حفظ شدهاند
انتشار با ذکر نام کانال مجاز است
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/971
#کلروپلاستها، #اندامکهای نیمهخودمختار و فعال متابولیکی هستند که در گیاهان، جلبکها و سیانو باکتریها یافت میشوند. عملکرد اصلی آنها انجام فرآیند #فتوسنتز است که شامل تبدیل انرژی نور به انرژی پیوندهای شیمیایی برای سنتز ترکیبات آلی میشود. پروتئوم کلروپلاستها شامل چندین نوع پروتئین است که علاوه بر فتوسنتز، در بیوسنتز اسیدهای چرب، آمینو اسیدها، هورمونها، ویتامینها، نوکلئوتیدها و متابولیتهای ثانویه شرکت میکنند. بیشتر پروتئینهای کلروپلاست از ژنهای هستهای کدگذاری میشوند. در طول فرایند تکامل، بسیاری از ژنهای کلروپلاستهای باستانی به #هسته سلول منتقل شدهاند. با این حال، پروتئینهایی که برای فتوسنتز ضروری هستند، در #ژنوم کلروپلاست حفظ شدهاند
انتشار با ذکر نام کانال مجاز است
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/971
👍5
ترسیم Chord diagram و پلات های circular با نرم افزار R
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار و استفاده از این کدها با ذکر نام کانال مجاز است.
@irbioinformatics
با به اشتراک گذاری کانال در میان دوستان خود جامعه مخاطبان کانال را افزایش دهید.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار و استفاده از این کدها با ذکر نام کانال مجاز است.
@irbioinformatics
با به اشتراک گذاری کانال در میان دوستان خود جامعه مخاطبان کانال را افزایش دهید.
👍5
ترسیم_Chord_diagram_و_پلات_های_circular_با_نرم.pdf
3 MB
ترسیم Chord diagram و پلات های circular با نرم افزار R
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار و استفاده از این کدها با ذکر نام کانال مجاز است.
@irbioinformatics
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
انتشار و استفاده از این کدها با ذکر نام کانال مجاز است.
@irbioinformatics
👍5
#دانستنیها
پروتئین PilA5 (کد دسترسی در بانک PDB: 8QQJ) یک زیرواحد حیاتی از پیلوسهای نوع چهارم (T4P) در Thermus thermophilus است، یک باکتری گرمادوست که به دلیل تواناییاش در رشد در محیطهای با دمای بالا شناخته شده است. این پیلوسهای نوع چهارم ساختارهای رشتهای و پویایی هستند که از سطح باکتری بیرون میآیند و نقشهای کلیدی در فرآیندهای مولکولی دارند.این پروتئین از لحاظ ساختاری شباهت زیادی به مرجان های دریایی دارد که در اقیانوس ها زندگی می کنند.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
@irbioinformatics
پروتئین PilA5 (کد دسترسی در بانک PDB: 8QQJ) یک زیرواحد حیاتی از پیلوسهای نوع چهارم (T4P) در Thermus thermophilus است، یک باکتری گرمادوست که به دلیل تواناییاش در رشد در محیطهای با دمای بالا شناخته شده است. این پیلوسهای نوع چهارم ساختارهای رشتهای و پویایی هستند که از سطح باکتری بیرون میآیند و نقشهای کلیدی در فرآیندهای مولکولی دارند.این پروتئین از لحاظ ساختاری شباهت زیادی به مرجان های دریایی دارد که در اقیانوس ها زندگی می کنند.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
@irbioinformatics
👍4
در مورد این تصویر چه چیزی به ذهن شما می رسد؟
اولین چیزی که به ذهن می رسد ترکیبات شیمیایی براساس ساختارشون ممکنه رفتارهای متفاوتی داشته باشن و در نتیجه مکانیسم های مخلتفی از خودشون نشون بدن. ولی ما این تصویر به این خاطر انتخاب کردیم تا نسخه اپدیت شده نرم افزار LiProS رو بهتون معرفی کنیم که در طراحی دارو خیلی کاربرد داره و برای پیشبینی شاخص لیپوفیلیستی ترکیبات مهارکننده برای آنزیم های هدف به کار میره. برای دانلود این نرم افزار رایگان و مطالعه دستورالعمل کار با آن از لینک های زیر استفاده کنید
فایل راهنما
@irbioinformatics
دانلود نرم افزار
اولین چیزی که به ذهن می رسد ترکیبات شیمیایی براساس ساختارشون ممکنه رفتارهای متفاوتی داشته باشن و در نتیجه مکانیسم های مخلتفی از خودشون نشون بدن. ولی ما این تصویر به این خاطر انتخاب کردیم تا نسخه اپدیت شده نرم افزار LiProS رو بهتون معرفی کنیم که در طراحی دارو خیلی کاربرد داره و برای پیشبینی شاخص لیپوفیلیستی ترکیبات مهارکننده برای آنزیم های هدف به کار میره. برای دانلود این نرم افزار رایگان و مطالعه دستورالعمل کار با آن از لینک های زیر استفاده کنید
فایل راهنما
@irbioinformatics
دانلود نرم افزار
👍5
معرفی ابزار آنلاین Expasy pI calculator
این ابزار رایگان یکی از ابزارهای ساده و در عین حال کاربردی برای محاسبه pI است. به طور کلی pH ایزوالکتریک(Isoelectric point یا pI) به نقطهای از pH گفته میشود که در آن یک مولکول، مانند یک پروتئین یا آمینواسید، دارای بار خالص صفر است. در این نقطه، تعداد بارهای مثبت و منفی مولکول با یکدیگر برابر است و مولکول از نظر الکتریکی خنثی میشود. برای پروتئینها یا پپتیدها، pH ایزوالکتریک به شدت به ترکیب آمینواسیدهای تشکیلدهنده آنها بستگی دارد، به ویژه آمینواسیدهایی که دارای گروههای قابل یونیزه شدن (مانند گروههای آمینی و کربوکسیلی) هستند. در pH کمتر از pI، مولکول معمولاً دارای بار مثبت است و در pH بالاتر از pI، مولکول دارای بار منفی میشود. به طور معمول pI در مطالعات بیوشیمیایی و بیوفیزیکی اهمیت زیادی دارد، مثلاً در فرآیندهایی مانند الکتروفورز ایزوالکتریک برای جداسازی پروتئینها و سایر مولکولها از نقطه ایزوالکتریک به وفور استفاده می شود.
@irbioinformatics
این ابزار رایگان یکی از ابزارهای ساده و در عین حال کاربردی برای محاسبه pI است. به طور کلی pH ایزوالکتریک(Isoelectric point یا pI) به نقطهای از pH گفته میشود که در آن یک مولکول، مانند یک پروتئین یا آمینواسید، دارای بار خالص صفر است. در این نقطه، تعداد بارهای مثبت و منفی مولکول با یکدیگر برابر است و مولکول از نظر الکتریکی خنثی میشود. برای پروتئینها یا پپتیدها، pH ایزوالکتریک به شدت به ترکیب آمینواسیدهای تشکیلدهنده آنها بستگی دارد، به ویژه آمینواسیدهایی که دارای گروههای قابل یونیزه شدن (مانند گروههای آمینی و کربوکسیلی) هستند. در pH کمتر از pI، مولکول معمولاً دارای بار مثبت است و در pH بالاتر از pI، مولکول دارای بار منفی میشود. به طور معمول pI در مطالعات بیوشیمیایی و بیوفیزیکی اهمیت زیادی دارد، مثلاً در فرآیندهایی مانند الکتروفورز ایزوالکتریک برای جداسازی پروتئینها و سایر مولکولها از نقطه ایزوالکتریک به وفور استفاده می شود.
@irbioinformatics
👍5
منظور از inclusion body در هنگام بیان یک پروتئین در میزبان حدواسط چیست؟
اینکلوژن بادی ها معمولاً از انباشتهای دناتورهشده پروتئینهای غیرفعال تشکیل می شوند. هرچند که احیا اینکلوژن بادی ها گاهی میتواند به حل شدن و بازیابی پروتئینهای فعال منجر شود، اما این فرایند هنوز هم بسیار تجربی، نامطمئن و با کارایی پایین است. در طول سالها، چندین تکنیک برای جلوگیری از تشکیل اجسام درونسلولی توسعه یافتهاند. این تکنیکها شامل:
1. استفاده از پروموترهای ضعیفتر برای کاهش سرعت بیان پروتئین
2. استفاده از پلاسمیدهای با کپی کم برای کاهش بیان پروتئین
3. اتصال پروتئین هدف به یک شریک محلول مانند MalE
4. استفاده از محیط بیانی NativeFolder برای باکتریها
برای مطالعه بیشتر می توانید این مقاله مروری جالب در مورد چگونگی شکل گیری اینکلوژن بادی ها و راه های ریفولد کردن ساختار آنها را مطالعه کنید
@irbioinformatics
اینکلوژن بادی ها معمولاً از انباشتهای دناتورهشده پروتئینهای غیرفعال تشکیل می شوند. هرچند که احیا اینکلوژن بادی ها گاهی میتواند به حل شدن و بازیابی پروتئینهای فعال منجر شود، اما این فرایند هنوز هم بسیار تجربی، نامطمئن و با کارایی پایین است. در طول سالها، چندین تکنیک برای جلوگیری از تشکیل اجسام درونسلولی توسعه یافتهاند. این تکنیکها شامل:
1. استفاده از پروموترهای ضعیفتر برای کاهش سرعت بیان پروتئین
2. استفاده از پلاسمیدهای با کپی کم برای کاهش بیان پروتئین
3. اتصال پروتئین هدف به یک شریک محلول مانند MalE
4. استفاده از محیط بیانی NativeFolder برای باکتریها
برای مطالعه بیشتر می توانید این مقاله مروری جالب در مورد چگونگی شکل گیری اینکلوژن بادی ها و راه های ریفولد کردن ساختار آنها را مطالعه کنید
@irbioinformatics
🔥3👍2
https://news.1rj.ru/str/boost/IRBioinformatics
دوستانی که تلگرامپرمیوم دارند می تونن از طریق این لینک این کانال رو حمایت کنند و به ما در بهبود کیفیت مطالب کمک کنند
ممنون از حمایت شما
دوستانی که تلگرامپرمیوم دارند می تونن از طریق این لینک این کانال رو حمایت کنند و به ما در بهبود کیفیت مطالب کمک کنند
ممنون از حمایت شما
Telegram
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
از این کانال حمایت کنید تا بتواند به قابلیتهای اضافی دسترسی پیدا کند.
👍5