#دانستنیها
پروتئین PilA5 (کد دسترسی در بانک PDB: 8QQJ) یک زیرواحد حیاتی از پیلوسهای نوع چهارم (T4P) در Thermus thermophilus است، یک باکتری گرمادوست که به دلیل تواناییاش در رشد در محیطهای با دمای بالا شناخته شده است. این پیلوسهای نوع چهارم ساختارهای رشتهای و پویایی هستند که از سطح باکتری بیرون میآیند و نقشهای کلیدی در فرآیندهای مولکولی دارند.این پروتئین از لحاظ ساختاری شباهت زیادی به مرجان های دریایی دارد که در اقیانوس ها زندگی می کنند.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
@irbioinformatics
پروتئین PilA5 (کد دسترسی در بانک PDB: 8QQJ) یک زیرواحد حیاتی از پیلوسهای نوع چهارم (T4P) در Thermus thermophilus است، یک باکتری گرمادوست که به دلیل تواناییاش در رشد در محیطهای با دمای بالا شناخته شده است. این پیلوسهای نوع چهارم ساختارهای رشتهای و پویایی هستند که از سطح باکتری بیرون میآیند و نقشهای کلیدی در فرآیندهای مولکولی دارند.این پروتئین از لحاظ ساختاری شباهت زیادی به مرجان های دریایی دارد که در اقیانوس ها زندگی می کنند.
اختصاصی کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی.
@irbioinformatics
👍4
در مورد این تصویر چه چیزی به ذهن شما می رسد؟
اولین چیزی که به ذهن می رسد ترکیبات شیمیایی براساس ساختارشون ممکنه رفتارهای متفاوتی داشته باشن و در نتیجه مکانیسم های مخلتفی از خودشون نشون بدن. ولی ما این تصویر به این خاطر انتخاب کردیم تا نسخه اپدیت شده نرم افزار LiProS رو بهتون معرفی کنیم که در طراحی دارو خیلی کاربرد داره و برای پیشبینی شاخص لیپوفیلیستی ترکیبات مهارکننده برای آنزیم های هدف به کار میره. برای دانلود این نرم افزار رایگان و مطالعه دستورالعمل کار با آن از لینک های زیر استفاده کنید
فایل راهنما
@irbioinformatics
دانلود نرم افزار
اولین چیزی که به ذهن می رسد ترکیبات شیمیایی براساس ساختارشون ممکنه رفتارهای متفاوتی داشته باشن و در نتیجه مکانیسم های مخلتفی از خودشون نشون بدن. ولی ما این تصویر به این خاطر انتخاب کردیم تا نسخه اپدیت شده نرم افزار LiProS رو بهتون معرفی کنیم که در طراحی دارو خیلی کاربرد داره و برای پیشبینی شاخص لیپوفیلیستی ترکیبات مهارکننده برای آنزیم های هدف به کار میره. برای دانلود این نرم افزار رایگان و مطالعه دستورالعمل کار با آن از لینک های زیر استفاده کنید
فایل راهنما
@irbioinformatics
دانلود نرم افزار
👍5
معرفی ابزار آنلاین Expasy pI calculator
این ابزار رایگان یکی از ابزارهای ساده و در عین حال کاربردی برای محاسبه pI است. به طور کلی pH ایزوالکتریک(Isoelectric point یا pI) به نقطهای از pH گفته میشود که در آن یک مولکول، مانند یک پروتئین یا آمینواسید، دارای بار خالص صفر است. در این نقطه، تعداد بارهای مثبت و منفی مولکول با یکدیگر برابر است و مولکول از نظر الکتریکی خنثی میشود. برای پروتئینها یا پپتیدها، pH ایزوالکتریک به شدت به ترکیب آمینواسیدهای تشکیلدهنده آنها بستگی دارد، به ویژه آمینواسیدهایی که دارای گروههای قابل یونیزه شدن (مانند گروههای آمینی و کربوکسیلی) هستند. در pH کمتر از pI، مولکول معمولاً دارای بار مثبت است و در pH بالاتر از pI، مولکول دارای بار منفی میشود. به طور معمول pI در مطالعات بیوشیمیایی و بیوفیزیکی اهمیت زیادی دارد، مثلاً در فرآیندهایی مانند الکتروفورز ایزوالکتریک برای جداسازی پروتئینها و سایر مولکولها از نقطه ایزوالکتریک به وفور استفاده می شود.
@irbioinformatics
این ابزار رایگان یکی از ابزارهای ساده و در عین حال کاربردی برای محاسبه pI است. به طور کلی pH ایزوالکتریک(Isoelectric point یا pI) به نقطهای از pH گفته میشود که در آن یک مولکول، مانند یک پروتئین یا آمینواسید، دارای بار خالص صفر است. در این نقطه، تعداد بارهای مثبت و منفی مولکول با یکدیگر برابر است و مولکول از نظر الکتریکی خنثی میشود. برای پروتئینها یا پپتیدها، pH ایزوالکتریک به شدت به ترکیب آمینواسیدهای تشکیلدهنده آنها بستگی دارد، به ویژه آمینواسیدهایی که دارای گروههای قابل یونیزه شدن (مانند گروههای آمینی و کربوکسیلی) هستند. در pH کمتر از pI، مولکول معمولاً دارای بار مثبت است و در pH بالاتر از pI، مولکول دارای بار منفی میشود. به طور معمول pI در مطالعات بیوشیمیایی و بیوفیزیکی اهمیت زیادی دارد، مثلاً در فرآیندهایی مانند الکتروفورز ایزوالکتریک برای جداسازی پروتئینها و سایر مولکولها از نقطه ایزوالکتریک به وفور استفاده می شود.
@irbioinformatics
👍5
منظور از inclusion body در هنگام بیان یک پروتئین در میزبان حدواسط چیست؟
اینکلوژن بادی ها معمولاً از انباشتهای دناتورهشده پروتئینهای غیرفعال تشکیل می شوند. هرچند که احیا اینکلوژن بادی ها گاهی میتواند به حل شدن و بازیابی پروتئینهای فعال منجر شود، اما این فرایند هنوز هم بسیار تجربی، نامطمئن و با کارایی پایین است. در طول سالها، چندین تکنیک برای جلوگیری از تشکیل اجسام درونسلولی توسعه یافتهاند. این تکنیکها شامل:
1. استفاده از پروموترهای ضعیفتر برای کاهش سرعت بیان پروتئین
2. استفاده از پلاسمیدهای با کپی کم برای کاهش بیان پروتئین
3. اتصال پروتئین هدف به یک شریک محلول مانند MalE
4. استفاده از محیط بیانی NativeFolder برای باکتریها
برای مطالعه بیشتر می توانید این مقاله مروری جالب در مورد چگونگی شکل گیری اینکلوژن بادی ها و راه های ریفولد کردن ساختار آنها را مطالعه کنید
@irbioinformatics
اینکلوژن بادی ها معمولاً از انباشتهای دناتورهشده پروتئینهای غیرفعال تشکیل می شوند. هرچند که احیا اینکلوژن بادی ها گاهی میتواند به حل شدن و بازیابی پروتئینهای فعال منجر شود، اما این فرایند هنوز هم بسیار تجربی، نامطمئن و با کارایی پایین است. در طول سالها، چندین تکنیک برای جلوگیری از تشکیل اجسام درونسلولی توسعه یافتهاند. این تکنیکها شامل:
1. استفاده از پروموترهای ضعیفتر برای کاهش سرعت بیان پروتئین
2. استفاده از پلاسمیدهای با کپی کم برای کاهش بیان پروتئین
3. اتصال پروتئین هدف به یک شریک محلول مانند MalE
4. استفاده از محیط بیانی NativeFolder برای باکتریها
برای مطالعه بیشتر می توانید این مقاله مروری جالب در مورد چگونگی شکل گیری اینکلوژن بادی ها و راه های ریفولد کردن ساختار آنها را مطالعه کنید
@irbioinformatics
🔥3👍2
https://news.1rj.ru/str/boost/IRBioinformatics
دوستانی که تلگرامپرمیوم دارند می تونن از طریق این لینک این کانال رو حمایت کنند و به ما در بهبود کیفیت مطالب کمک کنند
ممنون از حمایت شما
دوستانی که تلگرامپرمیوم دارند می تونن از طریق این لینک این کانال رو حمایت کنند و به ما در بهبود کیفیت مطالب کمک کنند
ممنون از حمایت شما
Telegram
کانال بیوانفورماتیک محققان ایرانی
از این کانال حمایت کنید تا بتواند به قابلیتهای اضافی دسترسی پیدا کند.
👍5
Forwarded from International Academic Positions
پروگرم دکتری دانشگاه کنتیکت آمریکا
Molecular and cell biology
🔗لینک اطلاعات
🔗لینک لیست اساتید و ریسرچ اینترست آنها
⛔️ددلاین: ۱ دسامبر
✅بدون نیاز به gre
Molecular and cell biology
🔗لینک اطلاعات
🔗لینک لیست اساتید و ریسرچ اینترست آنها
⛔️ددلاین: ۱ دسامبر
✅بدون نیاز به gre
mcb.uconn.edu
MCB PhD Program | Department of Molecular and Cell Biology
The Molecular and Cell Biology (MCB) department at the University of Connecticut offers an interdisciplinary PhD program whose mission is to prepare student ...
👍3
توضیحات دیوید بیکر برنده جایزه نوبل ۲۰۲۴ در خصوص اهمیت تحقیقات و چشم انداز مطالعاتی که روی پروتئین ها انجام داده است.
👨💻Watch
👨💻Watch
YouTube
David Baker explains his Nobel Prize research on protein design
Professor David Baker was awarded the 2024 Nobel Prize in Chemistry for computational protein design. Hear him explain what protein design is, why it's important, and where this new field of science is going.
00:00 - Intro
00:08 - What Are Proteins?
00:22…
00:00 - Intro
00:08 - What Are Proteins?
00:22…
❤4
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
آموزش الفبای یونانی در ۱ دقیقه 😂🤏•
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/992
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/992
👍2😍1
🔻مرگ سالانه ۵۰ هزار ایرانی بهخاطر سیگار
🔸معاون بهداشت وزارت بهداشت: سالانه حدود ۵۰ هزار نفر در ایران بهدلیل مصرف سیگار جان خود را از دست میدهند و همچنین ۵۰ هزار میلیارد تومان خسارت به کشور وارد میشود.
🔸ترویج فرهنگ غلط استفاده از سیگار الکترونیک با درصد نیکوتین کمتر و عارضۀ کمتر موجب افزایش جذب درصد بیشتری از افراد جامعه برای استفاده از این سیگار است.
🔸سیگار درکشور ما بهشدت ارزان است و قطعا افزایش قیمت سیگار باعث کمترشدن متقاضی آن خواهد شد.
لطفا سیگار نکشید حتی 🤏•
🔸معاون بهداشت وزارت بهداشت: سالانه حدود ۵۰ هزار نفر در ایران بهدلیل مصرف سیگار جان خود را از دست میدهند و همچنین ۵۰ هزار میلیارد تومان خسارت به کشور وارد میشود.
🔸ترویج فرهنگ غلط استفاده از سیگار الکترونیک با درصد نیکوتین کمتر و عارضۀ کمتر موجب افزایش جذب درصد بیشتری از افراد جامعه برای استفاده از این سیگار است.
🔸سیگار درکشور ما بهشدت ارزان است و قطعا افزایش قیمت سیگار باعث کمترشدن متقاضی آن خواهد شد.
لطفا سیگار نکشید حتی 🤏•
👍3😁1😢1🍾1💅1
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
🔻مرگ سالانه ۵۰ هزار ایرانی بهخاطر سیگار 🔸معاون بهداشت وزارت بهداشت: سالانه حدود ۵۰ هزار نفر در ایران بهدلیل مصرف سیگار جان خود را از دست میدهند و همچنین ۵۰ هزار میلیارد تومان خسارت به کشور وارد میشود. 🔸ترویج فرهنگ غلط استفاده از سیگار الکترونیک با درصد…
خنده می کنین؟
مطالعات چه چیزی را در مورد رابطه بین سیگار کشیدن و سرطان سینه نشان میدهند؟ آیا خطر توسعه سرطان سینه با مصرف تنباکو افزایش مییابد؟
مواد سرطانزا موجود در دود تنباکو، مانند نیتروزآمینها و هیدروکربنهای آروماتیک چند حلقهای (PAHها)، قادرند جهشهای ژنتیکی ایجاد کرده و باعث آسیب مستقیم به DNA در سلولهای بافت پستان شوند. علاوه بر این، گفته شده است که دود تنباکو ممکن است بر متابولیسم استروژنها، هورمونهایی که در توسعه سرطان سینه نقش کلیدی دارند، تأثیر بگذارد. در ادامه پیرامون ارتباط بین مصرف سیگار و گسترش سرطان سینه در خانم ها و همچنین بیماری های دیگر در مردان و زنان مطالب جالبی را در کانال قرار خواهیم داد.
@irbioinformatics
مطالعات چه چیزی را در مورد رابطه بین سیگار کشیدن و سرطان سینه نشان میدهند؟ آیا خطر توسعه سرطان سینه با مصرف تنباکو افزایش مییابد؟
مواد سرطانزا موجود در دود تنباکو، مانند نیتروزآمینها و هیدروکربنهای آروماتیک چند حلقهای (PAHها)، قادرند جهشهای ژنتیکی ایجاد کرده و باعث آسیب مستقیم به DNA در سلولهای بافت پستان شوند. علاوه بر این، گفته شده است که دود تنباکو ممکن است بر متابولیسم استروژنها، هورمونهایی که در توسعه سرطان سینه نقش کلیدی دارند، تأثیر بگذارد. در ادامه پیرامون ارتباط بین مصرف سیگار و گسترش سرطان سینه در خانم ها و همچنین بیماری های دیگر در مردان و زنان مطالب جالبی را در کانال قرار خواهیم داد.
@irbioinformatics
😁3
هدف از انجام محاسبات دینامیک مولکولی پس از انجام داکینگ مولکولی چیست؟
در طراحی محاسباتی دارو، ما با دقت سه معیار را برای تحلیل کمپلکسهای پروتئین-لیگاند پس از انجام MD ردیابی میکنیم: حالا بیاید این پارامترها را به طور خلاصه مرور کنیم:
اول: : ⚡ RMSD(Root Mean Square Deviation) – به منظور بررسی پایداری کمپلکس: آیا کمپلکس پایدار است؟
دوم 🌊 RMSF : (Root Mean Square Fluctuation) – به منظور بررسی انعطافپذیری: زنجیره جانبی کدام آمینواسیدها بیشتر حرکت میکنند
سوم: 🎯 Rg (Radius of gyration) – به منظور پایش فشردگی: آیا پروتئین در حال تا خوردن یا باز شدن است؟
@irbioinformatics
در طراحی محاسباتی دارو، ما با دقت سه معیار را برای تحلیل کمپلکسهای پروتئین-لیگاند پس از انجام MD ردیابی میکنیم: حالا بیاید این پارامترها را به طور خلاصه مرور کنیم:
اول: : ⚡ RMSD(Root Mean Square Deviation) – به منظور بررسی پایداری کمپلکس: آیا کمپلکس پایدار است؟
دوم 🌊 RMSF : (Root Mean Square Fluctuation) – به منظور بررسی انعطافپذیری: زنجیره جانبی کدام آمینواسیدها بیشتر حرکت میکنند
سوم: 🎯 Rg (Radius of gyration) – به منظور پایش فشردگی: آیا پروتئین در حال تا خوردن یا باز شدن است؟
@irbioinformatics
👍2🔥2💅1
#اخبار_بیوتکنولوژی
دانشجوی کارشناسی ارشد رشته مهندسی بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس موفق به کسب مقام سومی در المپیاد علمی دانشجویی کشور شد.
انجمن علمی دانشجویی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، کسب مقام سوم المپیاد دانشجویی رشته بیوتکنولوژی را به سرکار خانم مهندس پانتهآ شمسایی، ورودی ۱۴۰۳ کارشناسی ارشد تبریک عرض میکند.
این موفقیت نشاندهنده تلاش و پشتکار این محقق گرامی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس است و امیدواریم در ادامه مسیر علمیشان، موفقیتهای بیشتری کسب نمایند. از خداوند متعال برای شما پژوهشگر گرامی آرزوی توفیق روزافزون داریم.
@irbioinformatics
دانشجوی کارشناسی ارشد رشته مهندسی بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس موفق به کسب مقام سومی در المپیاد علمی دانشجویی کشور شد.
انجمن علمی دانشجویی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، کسب مقام سوم المپیاد دانشجویی رشته بیوتکنولوژی را به سرکار خانم مهندس پانتهآ شمسایی، ورودی ۱۴۰۳ کارشناسی ارشد تبریک عرض میکند.
این موفقیت نشاندهنده تلاش و پشتکار این محقق گرامی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس است و امیدواریم در ادامه مسیر علمیشان، موفقیتهای بیشتری کسب نمایند. از خداوند متعال برای شما پژوهشگر گرامی آرزوی توفیق روزافزون داریم.
@irbioinformatics
❤3👍2🤩2