Напомним, что в сентябре лаборатория Блума представила крутой метод выявления ускользающих мутаций, разработанный Элисон Грини и Тайлером Старром, и созданную с его помощью карту ускользающих мутаций в RBD шипа Complete mapping of mutations to the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain that escape antibody recognition.

Подробности на русском можно почитать, например, на PCR.news
⬇️

Вернемся к переводу новой работы:

Ниже приведены карты ускользания для сывороток 4 пациентов (в препринте их больше).

Высокие буквы обозначают замены, которые значительно снизили эффективность связывания вируса антителами. Синим, голубым и оранжевым обозначены 3 основных эпитопа RBD: самый важный  -  в регионе E484 (темно-синий цвет), еще один  -  петля 443 - 450 (голубой цвет), и последний  -  расположенный дистально к ACE2 (оранжевый цвет).

Видно, как отличается специфичность анти-RBD иммунитета у разных переболевших: антитела пациента C (и пациента I, хотя и в меньшей степени) фокусируются на регионе вокруг E484, антитела пациента G  -  на петле 443–450, а антитела пациента K работают по всему RBD, и их эффективность не сильно затронута какой-либо отдельной мутацией.
⬇️

А вот в случае пациента G мутация E484K почти не повлияла на нейтрализующую способность сыворотки, зато другая мутация G446V снизила её более чем в 10 раз.
⬇️

Мутации в аминокислотном остатке 484 вызывают большую тревогу: в рамках эксперимента по нейтрализации 35 сыворотками реконвалесцентов они показали "наилучший" результат в части ускользания от антител - при этом замена E484K уже довольно широко распространена (встречается в 0,11% из ~320к геномов, депонированных в базу GISAID на 23.12.20)

Вернуться в начало

Профессор Университета Квазулу-Натал Тулио де Оливейра подтвердил the Financial Times выводы лаборатории Блума.

На данный момент мы думаем, что вакцины могут стать несколько менее эффективными. Но мы все ещё уверены, что среди множества вакцин, которые выходят на рынок, какие-то будут очень эффективны.

Выводы [ученых из Института Фреда Хатчинсона] о нейтрализации антител мы разделяем и подчеркиваем в нашей статье. Есть повод для беспокойства.

Британский министр здравоохранения Хэнкок:
Я думаю, что нам, вероятно, придется еще раз вакцинировать людей, поскольку мы не знаем, насколько длителен защитный эффект от этих вакцин. Мы не знаем, как часто нам придется заново прививать людей вакциной, но, возможно, это будет происходить каждые шесть месяцев или ежегодно.

Почему-то многие отказываются верить в то, что смертей от ковида в декабре будет не меньше, а больше, чем в ноябре.

Еще раз напомним, как считать реальную ковидную смертность, на примере Ивановской области, в которой происходит что-то ужасное (спасибо Сергею Бутрию @DrButriy за наводку):

Вот несколько новостей с сайта Ivteleradio:
1 января
Смерть 272 человек от коронавируса подтвердили в декабре 2020 года, что составило 52,2% от общего числа умерших за всю пандемию.
По сравнению с октябрем количество смертей выросло в 6,5 раза. В сравнении с ноябрем – почти в четыре раза.
С начала недели [28.12 - 1.01] в статистику летальности региона вошли 38 новых случаев, что составляет более 7% от общего числа смертей в Ивановской области за все время.

3 января:
С начала недели [28.12 - 3.01] в статистику летальности вошли 46 случаев, что составляет почти 9% от общего числа смертей за всю пандемию (на сегодня в статистике 529 человек).

Всё перечисленное - смерти по Оперштабу (сайт стопкоронавирус.рф, коронавирусный монитор Яндекса, счетчик Джонса Хопкинса и всевозможные счетчики - все они отображают данные оперштаба).
Но на самом деле, это не число умерших накануне, а число историй болезни умерших, которые накануне обработала и утвердила как смерти от ковида местная комиссия по летальным исходам (об этом мы однажды подробно писали здесь).

Как эта цифра соотносится с реальностью?
Очень плохо - смотрите, например, что было в Ивановской области в ноябре:

🔶ОПЕРШТАБ
Оперштаб, смертность от ковида: 249 смертей на 1. 12 минус 176 на 1.11= 73 умерших

🔶🔶🔶🔶РОССТАТ
Росстат, смертность от ковида: 261 пациент
Росстат, смертность с ковидом: 21 пациент
Итого ковид-ассоциированная смертность по Росстату: 282 умерших

Это в 3,86 раза больше, чем ежедневные данные Оперштаба - то есть весь ноябрь ежедневное число ковидных смертей по Ивановской области на всех счетчиках надо было умножать ~ на четыре, чтобы получать данные, соответствующие Росстату.

А ведь это ещё не все ковидные смерти.

🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔸СВЕРХСМЕРТНОСТЬ
После 7-10 дня болезни ПЦР-тест ковидного больного часто становится отрицательным (в верхних дыхательных путях вируса уже нет) - поэтому многие пациенты, не протестированные на амбулаторном этапе, попадают в стационар с ковидом, который уже невозможно лабораторно подтвердить при помощи ПЦР.
Включить ли умершего с ПЦР(-) в статистику ковидных смертей - исключительно на совести медиков (и совесть российских медиков в этом вопросе очень гибкая).

Однако отсутствие совести не может повлиять на показатель сверхсмертности - на сколько больше людей умерло в тот или иной ковидный месяц 2020, чем в тот же месяц нековидного 2019.

Летом и осенью было много разговоров о том, что колоссальное превышение смертности ковидных месяцев 2020 над аналогичными месяцами 2019 - а это треть миллиона человек, мы каждый раз пишем эту цифру и каждый раз не можем в нее поверить - вызвано не ковидом, а, например, стрессом населения от намордников (которые никто не носит) и ограничений (которые никто не соблюдает). Но месяц за месяцем статистика Москвы (в разные месяцы от 92 до 109% сверхсмертности официально отнесены к ковидным смертям), статистика других стран и даже слова Голиковой убедительно подтверждают, что не менее 80% - а скорее всего 90-100% - сверхсмертности каждого ковидного месяца 2020 года это прямые потери от ковида.

С этим печальным знанием вернемся в Ивановскую область и подсчитаем избыточную смертность ноября по официальным данным Росстата: 1810 - 1262 = 548 умерших, или 54,8 на 100 тыс.
🚩Это почти в 2 раза больше, чем ковид-ассоциированная смертность Росстата за тот О месяц (282)
🚩Это в 7,5 раз выше, чем данные Оперштаба (73)
🚩Сверхсмертность одного лишь ноября больше общего числа смертей от ковида за всю пандемию, указанного для Ивановской области на сайте стопкоронавирус по 3 января (529)

Теперь вы понимаете масштаб пропагандистского блядства?

Ну и перейдем к тому, с чего начали - к декабрю в Ивановской области:

Если мы, опираясь на расчет выше, умножим 272 смерти по Оперштабу на 7,5, то получим сверхсмертность декабря 2040 человек - это действительно почти в 4 раза больше ноября, и это кошмар.
Из этого расчёта следует, что в декабре от ковида в Ивановской области умерло больше людей, чем от любых других причин.

Тот же коэффициент 7,5 превращает 46 смертей по Оперштабу за неделю 28.12-3.01 в 345: вероятно, прямо сейчас в Ивановской области пандемия ковида сжирает по 50 человек в день - а возможно и еще больше из-за новогоднего недоучета всего на свете.

Гугл рассказал нам, что ещё в конце ноября директор департамента здравоохранения Ивановской области Артур Фокин жаловался, что у них беда:
Вероятность летального исхода у заболевших в возрастной группе от 65 лет составляет 75%. В группе пациентов старше 75 лет рост летальных случаев просто драматический. 90% случаев смерти в этой возрастной группе сейчас либо коронавирус, либо обострение хронических заболеваний на фоне коронавируса.

Ещё раз: в Ивановской области сейчас умирают 75% заболевших ковидом в возрасте старше 65 лет.

Это вообще мыслимо? Мы где-то ошиблись в расчётах?

В Лондоне объявлено чрезвычайное положение. Мэр Хан пишет в Твиттере, что каждый 30 житель Лондона сейчас болен ковидом.

Лондонский Barts Health NHS Trust сообщает о подтверждённом повторном заражении SARS-CoV2 у пациента с антителами.

78-летний пациент с рядом хронических заболеваний находится на регулярном гемодиализе ("искусственная почка") и периодически проходит тестирование на SARS-CoV2. Первый эпизод ковида у пациента был зафиксирован 2 апреля 2020, единственным симптомом было повышение температуры, пациент перенес ковид в лёгкой форме на дому, диагноз подтверждён ПЦР.

В период с 5 мая по 1 декабря пациента 22 раза тестировали на SARS-CoV2 методом ПЦР с отрицательным результатом. В период с 4 июня по 13 ноября пациента 6 раз тестировали на IgM/IgG антитела к SARS-CoV2 (N-белку) с положительным результатом, без признаков снижения уровня антител.

8 декабря очередной рутинный TMA-тест мазка из носа и горла оказался положительным, как и повторный RT-PCR тест 14 декабря. 14 декабря пациент был доставлен в госпиталь на скорой в критическом состоянии, с тяжелой гипоксией и одышкой, был интубирован и госпитализирован в отделение интенсивной терапии. Второй эпизод ковида сопровождался тяжёлой пневмонией, инфарктом миокарда и другими осложнениями.

Госпиталь выполнил полногеномное секвенирование образцов от 2 апреля и от 8 декабря. Филогенетически второй изолят принадлежал к линии B.1.1.7 и накопил 18 аминокислотных замен по всему геному (замены N501Y, A570D, D614G, P681H, T761I, S982A, D1118H, делеции Y144 (21991-21993) и HV 69-70 (21765-21770) в спайк-белке).
Результаты полногеномного секвенирования подтверждают повторное инфицирование другой линией (новый вариант VOC-202012/01 линии B.1.1.7) через 8 месяцев после первоначального заражения в отсутствие значительного иммунодефицита.

Новый вариант характеризуется многочисленными мутациями в области шипа, которые вызывают ускользание от ПЦР-диагностики с использованием гена «S» в качестве мишени для амплификации. Многочисленные мутации в шипе также вызывают вопросы о возможном ускользании нового варианта от иммунитета (в том числе поствакцинального) и о вероятности реинфекции.

Регулярный ПЦР-скрининг наших диализных больных и возможности госпиталя по полногеномному секвенированию позволили подтвердить повторное инфицирование в этом случае.

Незадолго до повторного заражения у пациента определялись антитела к N-белку SARS-CoV-2, однако данных об антителах к S-белку у нас нет, определение нейтрализующих антител в процессе. Первое заражение сопровождалось легким течением инфекции, при втором заражении течение ковида было тяжелым, пациент находился в критическом состоянии. Ранее также сообщалось о более тяжелом заболевании во втором эпизоде подтвержденных повторных инфекций, не вызванных вариантом VOC-202012/01.

Первый россиянин, доставивший к нам «британский» штамм ковида – лондонский москвич Александр Долгополов. Парень, по его словам, даже не заметил, что заразился и болезнь переносит совершенно бессимптомно.

Обычно Александр живёт в Лондоне, в Москву приехал по делам. Сдал анализы и так узнал о своём положительном тесте, но врачи не сказали ему, что он – особенный. О том, что он первый россиянин-носитель нового штамма вируса, Саша прочитал в СМИ.

Никаких особенностей в своём лечении и состоянии Александр не заметил, ему прописали противовирусные препараты и заперли дома – на две недели. Его семья тоже заболела ковидом – от него же, так как до получения результатов тестирования Саша успел с ними увидеться.

Англичанин гадит.

Скоро год с появления SARS-CoV2 в России, а в карантин хотя бы для въезжающих в страну так никто и не пожелал научиться.
Какая бы новая хрень ни вывелась где угодно в мире - мы встретим её с распростертыми объятьями и обеспечим ей российское гражданство. Dobro pozhalovat!

Мы уже писали об ускользании коронавируса от иммунного ответа - а между тем в его арсенале есть еще диагностическое и терапевтическое ускользание. Процитируем письмо FDA США от 8 января:

Генетические варианты SARS-CoV-2 могут привести к ложноотрицательным результатам молекулярных тестов для обнаружения SARS-CoV-2.
Присутствие генетических вариантов SARS-CoV-2 в образце пациента может потенциально изменить эффективность теста на SARS-CoV-2. Молекулярные тесты, предназначенные для обнаружения нескольких генетических мишеней SARS-CoV-2, менее подвержены влиянию генетической изменчивости, чем тесты, предназначенные для обнаружения одной генетической мишени.

При разработке тест-систем в качестве мишени для амплификации и последующего определения фрагмента РНК вируса выбираются специфические участки гена вируса, по которым тест-система его идентифицирует. Обычно таких мишеней от 1 до 3 (некоторые подробности о зарегистрированных в России наборах можно найти на 11-14 страницах этой презентации).
Если у мутанта есть замена или замены в том участке гена, который диагностикум использует в качестве мишени, то сверив эталонную аминокислотную последовательность и мутантный вариант, тест-система может не распознать вирус.

FDA сообщает уже о двух тест-системах, для которых подтверждено частичное диагностическое ускользание британского варианта:

Комбинированный набор TaqPath COVID-19: чувствительность одной из трех мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).

Набор Linea COVID-19: чувствительность одной из двух мишеней значительно снижается при наличии в образце определенных мутаций, включая одну из мутаций в недавно идентифицированном варианте B.1.1.7 (UK VOC-202012/01).

FDA считает, что поскольку обе тест-системы ориентированы на несколько генетических мишеней, обнаруженное ускользание не должно повлиять на общую чувствительность тест-систем.

Росстат перестал скрывать, что рисует перепись

Немцы меняют резину, не дожидаясь гололёда. С 18 января в Баварии тканевые и хирургические маски объявляются вне закона. По новым правилам в магазинах и в общественном транспорте необходимо будет носить респиратор FFP2/N95.

В отличие от масок, респиратор FFP2/N95 без клапана защищает от заражения и того, кто в нем, и тех, кто его окружает. Номинально этот класс задерживает 95% вирусных частиц, по факту в случае китайских и российских респираторов фильтрующая способность может быть несколько ниже — но все равно в разы выше, чем у хирургических и тканевых масок.

При циклическом использовании комплект из 5 респираторов может прослужить не менее 25 смен (по 5 использований на каждый согласно рекомендациям CDC США). Схема предполагает, что один респиратор носится одну смену, затем убирается на 4 дня для естественной деконтаминации. Каждый респиратор можно использовать до тех пор, пока не возникает проблем с плотностью прилегания и с дыханием — это может быть от 5 до 30 смен, в зависимости от качества респиратора, условий и характера деятельности.

Более заразный британский штамм уже в Москве, вакцинация идет по канону Мертвых душ, распиаренные "лекарства от коронавируса" облегчают бюджет, но не течение ковида. Если вы носили хирургические маски, самое время перейти в баварский режим — и сделать это сейчас, пока респиратор KN95/FFP2 стоит 25, а не 250 или 500 рублей за штуку.

В Ростовской области выявили 50 повторных случаев заражения коронавирусом. Возраст этих пациентов от 18 до 79 лет.

Глава регионального Роспотребнадзора Евгений Ковалёв напомнил о необходимости носить маски и соблюдать дистанцию.

«Маска, дистанция не отменяются для тех, кто переболел или привился».

https://govoritmoskva.ru/news/259864/

Не такие новости мы хотели бы вам рассказывать – но других нет. Новый вариант B.1.1.248 родом из штата Амазонас, Бразилия, имеет 12 мутаций в спайк-белке (у британского варианта их 8, у южноафриканского - 10) и скорее всего ускользает от антительного ответа.

Вариант возник независимо от южноафриканского (501.V2) и британского (B.1.1.7) и распространяется из города Манаус, где осенью предполагали достижение коллективного иммунитета (серопревалентность 76%). С конца осени в Манаусе происходит что-то крайне нехорошее, но о новом варианте миру официально сообщила не Бразилия, страна карнавалов и отбитого ковид-диссидентства, а Япония, обнаружившая его у приехавших из штата Амазонас.

Цитируем сегодняшнюю публикацию Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings

Мы обнаружили новый вариант, циркулирующий в декабре в Манаусе, штат Амазонас, север Бразилии. Новая линия, названная P.1 (потомок B.1.1.28), содержит уникальное созвездие мутаций, включая несколько мутаций известной биологической важности, таких как E484K, K417T и N501Y. Важно отметить, что линия P.1 была идентифицирована в 42% (13 из 31) положительных образцов ОТ-ПЦР, собранных в период с 15 по 23 декабря, но отсутствовала в 26 изолятах, собранных в Манаусе с марта по ноябрь 2020 года. Недавнее появление вариантов с множественными общими мутациями в спайке вызывает озабоченность по поводу конвергентной эволюции к новому фенотипу, потенциально связанной с повышенной склонностью к повторному заражению людей.

И комментарий профессора Тулио де Оливейра из Университета Квазулу-Натал (он руководит изучением нового южноафриканского варианта) для The Telegraph:

Мы знаем, что B.1.1.248 имеет одну мутацию, которая является общей с вариантом в Великобритании и Южной Африке, и это мутация в позиции N501Y. Это одна из мутаций, которая ... связана с быстрой передачей.

Штаммы, идентифицированные в Бразилии и Южной Африке, также имеют мутацию под названием E484K, которая связана со снижением нейтрализации антителами – это означает, что вариант может избегать антительного ответа.

Большую тревогу вызывает тот факт, что эти три варианта развивались отдельно в разных частях мира, но имеют схожие мутации.

Допьем кофе и выложим большой пост о том, что происходило в Манаусе весной, что творится там сейчас, насколько плох амазонский ковид и какие у нас в свете этого выводы и прогнозы.

Данные на 12 января, госпитализации по поводу COVID-19 в соответствии с датой госпитализации в штате Амазонас (верхний график) и в городе Манаус (нижний график)