Здрасте, забор покрасьте⬇️

Лучшие научные силы ЮАР брошены сейчас на изучение воздействия созданных вакцин от COVID-19 на обнаруженный недавно в стране новый штамм коронавируса, который получил маркировку 501.V2. Об этом сообщило агентство Associated Press.

На всякий случай напоминаем: британский (справа) и южноафриканский (слева) варианты в одной таблице

Вот с таким графиком вновь выявленных случаев ковида на миллион населения Англия и Шотландия с завтрашнего дня уходят в локдаун.

Англичане пытаются шутить:
Видимо, когда мы говорили "давайте сгладим кривую" надо было уточнить "вдоль оси икс".

Во вчерашнем обращении Борис Джонсон уточнил, что в британских госпиталях находится почти 27000 пациентов с ковидом (на 40% больше, чем на пике госпитализаций в апреле). Последний раз официальные данные по числу госпитализаций обновлялись неделю назад 28 декабря, тогда в больницах было 21779 пациентов с ковидом.

Кристина Пейгл (Christina Pagel) из Лондонского университетского колледжа сообщает, что каждую неделю декабря число госпитализаций в Лондоне удваивалось – не остается никаких сомнений в том, что новый британский мутант существенно увеличил трансмиссивность (визуализация Оливера Джонсона, директора Института статистики Университета Бристоля)

Странно наблюдать, как легкомысленно многие отнеслись к этой плохой новости - рост трансмиссивности означает, что число больных растет экспоненциально, а значит, экспоненциально будет расти и смертность. Для сравнения, при увеличении летальности вируса смертность выросла бы линейно.

Будут ли вакцины эффективны против новых вариантов SARS-CoV2?

Все праздновали, а Джесси Блум и его лаборатория в Институте Фреда Хатчинсона работали  -  и 4 января опубликовали исследование Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies.

Оно подтверждает, что мутации в RBD (а точнее, в RBM) шипа снижают эффективность нейтрализующих антител. В частности, мутация E484K (присутствует в новом южноафриканском и бразильском варианте) смогла более чем в 10 раз ухудшить нейтрализующую эффективность сыворотки некоторых пациентов, перенесших ковид.

Благодаря гетерогенности поствакцинального иммунитета (разнообразие антител к разным эпитопам вируса) пока ни один из новых вариантов не может свести на нет действие вакцин для всей популяции, но варианты с мутацией E484K могут  -  и вероятно будут  -  снижать эффективность поствакцинального иммунитета. Больше данных нам дадут эксперименты с нейтрализацией новых вариантов сывороткой вакцинированных (результаты экспериментов ученые обещали во 2 половине января).

Особенно обидно, что ускользающие мутанты появились до начала массовой вакцинации, при сравнительно невысоком проценте переболевших в популяции  -  вирус еще даже не посажен в клетку, но уже показывает острые зубы, которыми он планирует перегрызать прутья.

Перевели для вас кое-что из исследования и твиттера Bloom Lab⬇️

Интересующая нас мутация E484K обозначена голубым цветом: слева геномы с этой мутацией на общем дереве, справа - на карте. Посмотреть хронологию событий можно на Nextstrain
⬇️

Основные выводы:

Эволюция SARS-CoV-2 может ухудшить распознавание вируса гуморальным (антительным) иммунитетом человека. Чтобы облегчить предстоящее наблюдение за такой эволюцией, мы картировали взаимодействие антител сыворотки реконвалесцентов и всех возможных мутаций в рецептор-связывающем домене RBD спайк-белка.

Мутации в трех основных эпитопах RBD ухудшают способность поликлональных антител связывать RBD S-белка, но снижение эффективности нейтрализации существенно варьируется от пациента к пациенту, а также для одного и того же пациента в разные моменты времени.

Наиболее важными выглядят аминокислотные замены в E484 - некоторые из мутаций, включая E484K (она найдена в новых вирусных линиях в Южной Африке и Бразилии), привели к более чем 10-кратному снижению эффективности нейтрализации в случае некоторых сывороток.
⬇️

Напомним, что в сентябре лаборатория Блума представила крутой метод выявления ускользающих мутаций, разработанный Элисон Грини и Тайлером Старром, и созданную с его помощью карту ускользающих мутаций в RBD шипа Complete mapping of mutations to the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain that escape antibody recognition.

Подробности на русском можно почитать, например, на PCR.news
⬇️

Вернемся к переводу новой работы:

Ниже приведены карты ускользания для сывороток 4 пациентов (в препринте их больше).

Высокие буквы обозначают замены, которые значительно снизили эффективность связывания вируса антителами. Синим, голубым и оранжевым обозначены 3 основных эпитопа RBD: самый важный  -  в регионе E484 (темно-синий цвет), еще один  -  петля 443 - 450 (голубой цвет), и последний  -  расположенный дистально к ACE2 (оранжевый цвет).

Видно, как отличается специфичность анти-RBD иммунитета у разных переболевших: антитела пациента C (и пациента I, хотя и в меньшей степени) фокусируются на регионе вокруг E484, антитела пациента G  -  на петле 443–450, а антитела пациента K работают по всему RBD, и их эффективность не сильно затронута какой-либо отдельной мутацией.
⬇️

А вот в случае пациента G мутация E484K почти не повлияла на нейтрализующую способность сыворотки, зато другая мутация G446V снизила её более чем в 10 раз.
⬇️

Мутации в аминокислотном остатке 484 вызывают большую тревогу: в рамках эксперимента по нейтрализации 35 сыворотками реконвалесцентов они показали "наилучший" результат в части ускользания от антител - при этом замена E484K уже довольно широко распространена (встречается в 0,11% из ~320к геномов, депонированных в базу GISAID на 23.12.20)

Вернуться в начало

Профессор Университета Квазулу-Натал Тулио де Оливейра подтвердил the Financial Times выводы лаборатории Блума.

На данный момент мы думаем, что вакцины могут стать несколько менее эффективными. Но мы все ещё уверены, что среди множества вакцин, которые выходят на рынок, какие-то будут очень эффективны.

Выводы [ученых из Института Фреда Хатчинсона] о нейтрализации антител мы разделяем и подчеркиваем в нашей статье. Есть повод для беспокойства.

Британский министр здравоохранения Хэнкок:
Я думаю, что нам, вероятно, придется еще раз вакцинировать людей, поскольку мы не знаем, насколько длителен защитный эффект от этих вакцин. Мы не знаем, как часто нам придется заново прививать людей вакциной, но, возможно, это будет происходить каждые шесть месяцев или ежегодно.

Почему-то многие отказываются верить в то, что смертей от ковида в декабре будет не меньше, а больше, чем в ноябре.

Еще раз напомним, как считать реальную ковидную смертность, на примере Ивановской области, в которой происходит что-то ужасное (спасибо Сергею Бутрию @DrButriy за наводку):

Вот несколько новостей с сайта Ivteleradio:
1 января
Смерть 272 человек от коронавируса подтвердили в декабре 2020 года, что составило 52,2% от общего числа умерших за всю пандемию.
По сравнению с октябрем количество смертей выросло в 6,5 раза. В сравнении с ноябрем – почти в четыре раза.
С начала недели [28.12 - 1.01] в статистику летальности региона вошли 38 новых случаев, что составляет более 7% от общего числа смертей в Ивановской области за все время.

3 января:
С начала недели [28.12 - 3.01] в статистику летальности вошли 46 случаев, что составляет почти 9% от общего числа смертей за всю пандемию (на сегодня в статистике 529 человек).

Всё перечисленное - смерти по Оперштабу (сайт стопкоронавирус.рф, коронавирусный монитор Яндекса, счетчик Джонса Хопкинса и всевозможные счетчики - все они отображают данные оперштаба).
Но на самом деле, это не число умерших накануне, а число историй болезни умерших, которые накануне обработала и утвердила как смерти от ковида местная комиссия по летальным исходам (об этом мы однажды подробно писали здесь).

Как эта цифра соотносится с реальностью?
Очень плохо - смотрите, например, что было в Ивановской области в ноябре:

🔶ОПЕРШТАБ
Оперштаб, смертность от ковида: 249 смертей на 1. 12 минус 176 на 1.11= 73 умерших

🔶🔶🔶🔶РОССТАТ
Росстат, смертность от ковида: 261 пациент
Росстат, смертность с ковидом: 21 пациент
Итого ковид-ассоциированная смертность по Росстату: 282 умерших

Это в 3,86 раза больше, чем ежедневные данные Оперштаба - то есть весь ноябрь ежедневное число ковидных смертей по Ивановской области на всех счетчиках надо было умножать ~ на четыре, чтобы получать данные, соответствующие Росстату.

А ведь это ещё не все ковидные смерти.

🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔸СВЕРХСМЕРТНОСТЬ
После 7-10 дня болезни ПЦР-тест ковидного больного часто становится отрицательным (в верхних дыхательных путях вируса уже нет) - поэтому многие пациенты, не протестированные на амбулаторном этапе, попадают в стационар с ковидом, который уже невозможно лабораторно подтвердить при помощи ПЦР.
Включить ли умершего с ПЦР(-) в статистику ковидных смертей - исключительно на совести медиков (и совесть российских медиков в этом вопросе очень гибкая).

Однако отсутствие совести не может повлиять на показатель сверхсмертности - на сколько больше людей умерло в тот или иной ковидный месяц 2020, чем в тот же месяц нековидного 2019.

Летом и осенью было много разговоров о том, что колоссальное превышение смертности ковидных месяцев 2020 над аналогичными месяцами 2019 - а это треть миллиона человек, мы каждый раз пишем эту цифру и каждый раз не можем в нее поверить - вызвано не ковидом, а, например, стрессом населения от намордников (которые никто не носит) и ограничений (которые никто не соблюдает). Но месяц за месяцем статистика Москвы (в разные месяцы от 92 до 109% сверхсмертности официально отнесены к ковидным смертям), статистика других стран и даже слова Голиковой убедительно подтверждают, что не менее 80% - а скорее всего 90-100% - сверхсмертности каждого ковидного месяца 2020 года это прямые потери от ковида.

С этим печальным знанием вернемся в Ивановскую область и подсчитаем избыточную смертность ноября по официальным данным Росстата: 1810 - 1262 = 548 умерших, или 54,8 на 100 тыс.
🚩Это почти в 2 раза больше, чем ковид-ассоциированная смертность Росстата за тот О месяц (282)
🚩Это в 7,5 раз выше, чем данные Оперштаба (73)
🚩Сверхсмертность одного лишь ноября больше общего числа смертей от ковида за всю пандемию, указанного для Ивановской области на сайте стопкоронавирус по 3 января (529)

Теперь вы понимаете масштаб пропагандистского блядства?

Ну и перейдем к тому, с чего начали - к декабрю в Ивановской области:

Если мы, опираясь на расчет выше, умножим 272 смерти по Оперштабу на 7,5, то получим сверхсмертность декабря 2040 человек - это действительно почти в 4 раза больше ноября, и это кошмар.
Из этого расчёта следует, что в декабре от ковида в Ивановской области умерло больше людей, чем от любых других причин.

Тот же коэффициент 7,5 превращает 46 смертей по Оперштабу за неделю 28.12-3.01 в 345: вероятно, прямо сейчас в Ивановской области пандемия ковида сжирает по 50 человек в день - а возможно и еще больше из-за новогоднего недоучета всего на свете.

Гугл рассказал нам, что ещё в конце ноября директор департамента здравоохранения Ивановской области Артур Фокин жаловался, что у них беда:
Вероятность летального исхода у заболевших в возрастной группе от 65 лет составляет 75%. В группе пациентов старше 75 лет рост летальных случаев просто драматический. 90% случаев смерти в этой возрастной группе сейчас либо коронавирус, либо обострение хронических заболеваний на фоне коронавируса.

Ещё раз: в Ивановской области сейчас умирают 75% заболевших ковидом в возрасте старше 65 лет.

Это вообще мыслимо? Мы где-то ошиблись в расчётах?