Ebm_base – Telegram
Ebm_base
3.74K subscribers
508 photos
11 videos
27 files
254 links
Альтернативное, дополнительное, неэкологичное пространство для рассказов о доказательной медицине, статистике, эпидемиологии и прочим ужасам 👀

Клоун, автор и организатор журнального клуба @Nik_Burlov

База: https://instagram.com/ebm_base
Download Telegram
Ebm_base
Подключение к стриму "Тут была ссылка"
Не предусмотрели количество, по поводу записи подумаем!
😁13🍓21
Мне кажется, что линейная регрессия наиболее часто используемая модель. Иногда в нее вводят дополнения (полиномы, сплайны, трансформацию X и/или Y, нормализация и т.п.), но суть остаётся одна - пытаемся аппроксимировать прямую линию.

Почему? Потому что так удобно усреднять между всеми наблюдениями прямой линией. Затем мы можем получить оценки изменения среднего, т.е. разницу средних (между группами или при изменении количественного показателя).

Кажется, что выучи все по линейной регрессии и будешь разбираться во всем регрессионном анализе. Вроде бы и да (действительно облегчает), и нет (возможно выучить все?). Самое интересное, что изучать линейные модели мы начинаем еще в школе, когда вы сталкиваетесь с уравнением функции y = ax + b и рисуете ее график.

Так же часто используют обобщенные линейные модели (GLM, generalized linear models), где Y меняется на g(y) (на самом деле нет, на g(E[Y|X=x])), т.е. функцию связи (линейная регрессия - частный пример GLM). Но суть остаётся прежней, т.к. без трансформации исхода (для интерпретации) формула остаётся g(E[Y|X=x]) = b0 + b*x.

Преимущества использования линейной регрессии:
🔸 Понятно - легко интерпретировать
🔸 Наглядно - несложно нарисовать
🔸 Удобно - можно контролировать изменения и усложнения, вводить переменные разного типа
🔸 Проще начинать обучение с нее

Недостатки:
🔹 Теряем некоторые вариации (слишком сильная аппроксимация)
🔹 Может быть нелинейная связь, что требует усложнение (значит усложняется и интерпретация)
🔹 Если мы выберем форму кривой (при предыдущем пункте), которая не соответствует отношениям между переменными (в реальности), наши прогнозы будут неверными

Конечно, всегда есть нюансы/допущения в применении методов/оценщиков. Об одном писал здесь (рекомендую еще прочитать комментарии).

@ebm_base
6🔥10👍54
Ebm_base pinned «Мне кажется, что линейная регрессия наиболее часто используемая модель. Иногда в нее вводят дополнения (полиномы, сплайны, трансформацию X и/или Y, нормализация и т.п.), но суть остаётся одна - пытаемся аппроксимировать прямую линию. Почему? Потому что так…»
⚠️ATTENTION ⚠️

Руки на стол как говорится. Один блогер одной вроде бы уважаемой школы (у них ещё в названии упоминается школа) опубликовал пост, где по пунктам рассказал какие исследования уже не надо проводить, потому что новые данные вряд ли что-то изменят. Пост как пост, коротко, без ссылок, но в целом ок. Стандартные варианты - еда, курение, физо. Затем вышел 2-ой пост с продолжением пунктов. И... Все как и в первом, ничего примечательного.

Но сегодня утром мой друг присылает мне статью, пост MD Adam Seth Cifu, где он нашел эту статью, и скрин (все на английском). И почему-то пункт со скрина мне показался знакомым. И я вспомнил, где его видел раньше - у того самого блогера, только на русском. Я пошел проверять) 

Думаю итог очевиден, раз я пишу этот пост)) это тот самый блогер из той самой школы, где учат экологично/этично/простично (и другие -ично) цитировать и брать информацию с первоисточника. Да даже целый пост был на тему плагиата у блогера, где 1 пунктом стояло:

1️⃣Переводной плагиат

Это скрытый вид плагиата, когда автор переводит текст, например, с английского на русский и публикует этот перевод без ссылки на первоисточник
Когда-то обнаружить плагиат перевода было проблематично, но сейчас уже почти все ресурсы по проверке текста умеют это делать


Каков уровень абсурда? Ссылок на зарубежный первоисточник, конечно же, под постами нет (если они появятся, то у меня все зафиксировано). Зато есть по 900+ просмотров и много лайков (больше 100 и около 50, соответственно).

Я сопоставил текст из поста оригинала и неплагиатора, а дальше делайте выводы) я уже давно сделал)
5😁466🤨6🔥4🌭3🥴1
Что-то так нравится эта фотка
666🔥12❤‍🔥7🥰6👍2
Гляньте в окно, возможно вы пропускает лунное затмение
За наводку спасибо @chelovek_nauk
20🔥6👍2
СЪЕЛ ATE?

Хочу вступить на скользкую дорожку и затронуть непростую тему

В подходе causal inference (причинно-следственный вывод) мы сталкиваемся с термином ATE. Но прежде, чем дойти до него, нужна вводная информация.

Итак, у каждого объекта/человека/пациента можно указать, было воздействие/лечение (T = 1) или нет (T =0), где T - treatment. Также можно узнать был ли исход, который нас интересует (Y = 1 или Y = 0), где Y - outcome.

Спойлер, тут будут абстрактные показатели. Если вам удобнее/понятнее конкретные, то подставляйте под них свои показатели: T - дали конкретное лекарство или нет, Y - выздоровел пациент или нет и т.д. и т.п.

Мы предполагаем, что помимо наблюдаемого исхода (тот как мы увидели при конкретном T у конкретного пациента), есть ещё потенциальный исход (potential outcome) [ссылка]. Он возникает, если бы объект попал в другую группу (не в T = 1, а в T = 0 или наоборот), т.е. словно в контрфактуальный мир (а вы думали паралельные вселенные - это шутка?). Если бы мы могли такое померить, то для каждого объекта можно было бы получить ITE (individual treatment effect, индивидуальный эффект лечения):

ITE = Y(1) - Y(0) , где

Y(1) - исход при T = 1
Y(0) - исход при T = 0

Но заглянуть в параллельную реальность мы не можем 🌚 (особенных людей в счёт не берем, их ещё инопланетяне похищают)

И вот мы столкнулись с фундаментальной проблемой причинно-следственного вывода, т.к. для каждого объекта у нас всегда контрфактуальный исход неизвестен (NA), а значит и ITE = NA (подробнее в таблице на рис. 1).

Что делать?

Придется уйти от индивидуальных оценок и перейти к усреднённым. Вот здесь мы и сталкиваемся с ATE (average treatment effect, средний эффект лечения)

1) Мы считаем мат. ожидание исхода при T = 1 и T = 0
2) Из мат. ожидания при T = 1 вычитаем мат. ожидание при T = 0, получаем ATE

В формулах это выглядит так (а при помощи таблицы на рис. 2):

ATE = 𝔼[Y(1) - Y(0)] = 𝔼[Y(1)] - 𝔼[(0)] = 𝔼[Y|T =1] - 𝔼[Y|T = 0]

Такой вариант мы можем получить в идеальных условиях в РКИ (все следуют лечению). В остальных случаях у нас возникают особенности и расчет других мер эффекта (подробнее здесь)

Но, как и в других случаях, у нас есть предположения:
- Условная взаимозаменяемость/conditional exchangeability
(об этом уже писал здесь) или отсутствие ненаблюдаемого конфаундинга (здесь)
- Позитивность/positivity (важно, что принадлежность объектов к каждой группы была ненулевой или 0 < P(T = 1|X = x) < 1, где X = x - другие ковариаты)
- Стабильность/consistency (это относится к четкому определению вмешательства, т.е. мы должны четко понимать, что означает T = 1 и T = 0, не должно быть размывчатых формулировок. Что дает нам понимание, что исход равен тому значению, которое мы наблюдаем)
- Невмешательство/no interference (наше вмешательство на один объект не должно влиять на другой. Но что-то мне кажется это предположение нужно обсуждать отдельно, т.к. не очень уверен в терминах)
- Еще есть страшное слово SUTVA, которое словно объединяет 3 и 4 пункты (но не уверен)

От понимания ATE уже идет переход к другим мерам (ATT, ATC, CATE, LATE и т.п.). Добро пожаловать в мир причинно-следственного вывода 😎

@ebm_base
58🔥5👍3❤‍🔥1
Рис. 1 и 2
🔥4👍1
Ebm_base pinned «СЪЕЛ ATE? Хочу вступить на скользкую дорожку и затронуть непростую тему В подходе causal inference (причинно-следственный вывод) мы сталкиваемся с термином ATE. Но прежде, чем дойти до него, нужна вводная информация. Итак, у каждого объекта/человека/пациента…»
Я забыл поделиться, исправляюсь.
Недавно в канале Центра научной коммуникации ИТМО проходил конкурс, в котором я получил данную книгу. Спасибо организаторам, я не ожидал) Но это полезное приобретение, думаю поможет дополнительно структурировать то, что знаю, или что-то узнать новое☺️
27🔥11👍10🌚1
Репортирование НЯ_ННАДМ_25.pdf
1.8 MB
😍 Уважаемые коллеги, добрый день.

🌟 17 сентября отмечается Всемирный день безопасности пациентов (Patient Safety Day). В связи с этим мы решили опубликовать несколько постов, которые напрямую связаны с безопасностью пациентов.

◈ Текущий пост посвящен вопросу необходимости соблюдения принципов надлежащей практики фармаконадзора.

◈ Сотрудники медицинских организаций являются одним из источников получения сведений о безопасности применения лекарственных средств. Врачи должны уметь выявлять возможную нежелательную реакцию и репортировать о них специалистам Росздравнадзора. Лишним подтверждением этому является история с Рофекоксибом, о которой мы говорили в предыдущем посте. В нем мы затронули систему репортирования нежелательных явлений. В рутинной клинической практике врач может столкнуться с нежелательными явлениями (в т.ч. серьезными) фармакотерапии. В связи с этим встал вопрос, как репортировать, куда и в какие сроки эту информацию? Экспертами и друзьями Академии был проведен анализ текущих нормативно-правовых актов (далее – НПА), регламентирующих этот процесс в РФ и ЕАЭС. Конечным продуктом является прикреплённый документ:

"Серьезные нежелательные явления при применении лекарственных препаратов: инструкция по регистрации и сообщению о них".

Данный материал разработан экспертами и друзьями ННАДМ: Навасардян А.Р., Макарова Д.Д., Шадрина А.С., Майорова Е.М., Лобастов К.В., Бурлов Н.Н., Сытьков В.В., Счастливцев И.В., Ляпина И.Н., Мареев Ю.В.

⚠️ Информация, представленная в документе, подана в контексте работы специалистов здравоохранения. Большая часть информации взята из НПА, поэтому существует риск, что информация может быть вырвана из контекста. Кроме того, возможны и изменения самих НПА. В связи с этим настоятельно рекомендуем самостоятельно изучить приведенные НПА, чтобы сформировать собственное понимание процесса фармаконадзора и личной ответственности медицинского работника (ответственность фармацевтических компаний здесь не прописана, также как и вопросы фармаконадзора в клинических исследованиях).

◈ Содержание документа:
➣ Нормативно-правовые акты, регламентирующие процесс фармаконадзора в Российской Федерации
➣ Ключевые термины
➣ Главное о фармаконадзоре
➣ Информация о проведении фармаконадзора и процесса репортирования серьезных нежелательных
явлений
➣ Форма извещения о нежелательной реакции или отсутствии терапевтического эффекта лекарственного
препарата
➣ Алгоритм действий врача при возникновении серьезных нежелательных явлений

В дальнейшем будет репост информации для пациентов от Росздравнадзора.
Информация по оценке причинно-следственных связей (WHO-UMC system for standardised case causality assessment и алгоритм Наранжо (Naranjo algorithm))

Из вопросов, на которые мы не нашли ответа. Какова тактика отдаленного наблюдения за пациентом у которого СНЯ? Случилось. Отрепортировали. В стационаре/ амбулаторном приеме все, что можно сделали. Выписали пациента. И ....?

#ННАДМ #фармаконадзор, #репортирование_СНЯ, #серьезные_нежелательные_явления, #Pharmacovigilance

👨‍🏫 Читайте. Думайте. Делитесь. Создавайте.

ТГ канал | Чат| Рубрикатор |Сайт | Группа ВК | Ютуб | Контакты
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
5🔥87👍5
Forwarded from Biostatistics on the Table (Maksim Kuznetsov)
Позволю себе начать издалека. Прикладная статистика – это область, глубоко погруженная в контекст, который ее окружает. Часто трудно провести границу между самой предметной областью и статистикой, а еще сложнее – между статистикой и эпистемологией. Поэтому, на мой взгляд, прежде чем погружаться в статистику, важно хотя бы в общих чертах разобраться, что такое знание вообще и эмпирическое знание в частности, а также понять, чем руководствуются хорошие исследователи, когда формулируют задачи и ищут способы их решения.
Стефен Сенн замечательно отметил: «Statistics is a wonderful discipline. It has it all: mathematics and philosophy, analysis and empiricism, as well as applicability, relevance and the fascination of data.» В этом контексте я хочу порекомендовать две книги, которые напрямую не о статистике, но которые, на мой взгляд, очень полезны для ее понимания.

«Вы, конечно, шутите, мистер Фейнман!»
Уверен, многие читали эту книгу или хотя бы слышали о ней. Если бы у меня была возможность влиять на Минобр, я бы в первую очередь пролоббировал включение ее в школьную программу. Эссе «Наука формопоклонников» – это, на мой взгляд, одно из самых ярких описаний ключевых проблем современной науки как социального института. В продолжение, конечно, стоит прочитать и вторую часть автобиографии Фейнмана – «Какое тебе дело до того, что думают другие?», но это уже более личная и местами грустная книга.

«Что такое наука, и как она работает» Джеймса Цимринга
Замечательное, легкое, но при этом весьма прагматичное введение в современную эпистемологию. Если курс философии науки прошел мимо вас, а теперь хочется понять, чем индукция отличается от дедукции и как в целом работает (или должна работать) наука, эта книга обязательна к прочтению. В ней не будет подробного разбора истории эпистемологии – от досократиков через Бэкона и Конта к Попперу, Лакатошу и Фейерабенду. Для кого-то это будет минусом, а для кого-то, напротив, плюсом и поможет понять и принять прикладную важность этой области философии для современного исследователя. Автор – профессор патологии, что, наверное, может сделать книгу особенно интересной для медиков.
🔥10
Forwarded from Biostatistics on the Table (Maksim Kuznetsov)
Biostatistics on the Table
Позволю себе начать издалека. Прикладная статистика – это область, глубоко погруженная в контекст, который ее окружает. Часто трудно провести границу между самой предметной областью и статистикой, а еще сложнее – между статистикой и эпистемологией. Поэтому…
Теперь о статистике.
Я хочу выделить две книги, которые хорошо помогают сформировать правильный «статистический майндсет». Участвуя в многочисленных биостатистических дискуссиях, в основном с медиками, я понял, что главная сложность в освоении прикладной статистики вовсе не в формулах. Сложнее всего понять, о чем эта наука: как статистики и аналитики данных смотрят на устройство мира, как предметные вопросы переводятся в вопросы, на которые можно ответить с помощью данных, какие выводы и утверждения можно делать с использованием ее инструментов.
Мне очень понравилось замечание Энди Грива в одном из обсуждений о преподавании статистики: существует два разных вопроса – «What p-value is» и «What p-value means». Ответить на первый можно в паре предложений, но вот со вторым, куда более важным, все гораздо сложнее.

«Искусство статистики» Дэвида Шпигельхалтера
Наверное, лучшее, что можно порекомендовать людям, которые только начинают знакомство со статистикой. Здесь нет избыточных упрощений, которые искажают суть концепций (и которыми очень часто злоупотребляют). Думаю, что эта книга, если и не может заменить учебники типа «статистика для котиков нестатистиков», то точно должна им предшествовать, чтобы после их прочтения не сформировалось очень опасного ощущения полного понимания.
Я пока не успел подробно ознакомиться с новой книгой Шпигельхалтера «The Art of Uncertainty», но предполагаю, что ее место тоже здесь. Постараюсь в ближайшее время исправить это и поделиться своими впечатлениями.

«Dicing with Death: Chance, Risk and Health» Стефена Сенна
Эта книга вряд ли подойдет людям, которые совсем далеки от статистики, несмотря на то, что несомненно является научно-популярной. Она поможет раскрыть и посмотреть под другим углом на многие вещи, которые мы применяем при анализе данных. Я не являюсь поклонником составления рейтингов, но если бы мне пришлось, то эта книга совершенно точно была бы в тройке самых важных и полезных лично для меня книг. Кстати, не так давно вышло третье издание, которое было дополнено, в том числе, разделами, связанными с Covid-19.
🔥6