Надеюсь, никто не ожидал, что я 2 января буду пилить серьёзный контент.

Так, чувствую потребность сделать пресс-релиз. Я собираюсь чуть позже вывалить один забавный пост и подозреваю, что многие мне скажут - кому и почему должно быть дело до твоих доисторических вшей и муравьиных паразитов, когда бомбы падают. Отвечу вот что: лично я считаю эту войну преступлением против обоих народов. Точка. Обсуждать в комментах, кстати, не советую: я лучше оставлю канал без комментов, чем буду модерировать срачи с колорадами/швайнокарасями и вебмками сгоревшей техники.

Но дело в том, что наука - это одна из немногих вещей в мире, которые делаются не одной страной против другой, а человечеством в целом для человечества в целом. Пока стоит хотя бы одна из нынешних цивилизованных стран -- единожды сделанное открытие не будет закрыто. Мы вообще-то всё ещё живём в лучшей из исторических эпох по продолжительности и качеству жизни, в том числе и потому что несмотря на все войны и всю резню количество знаний в мире монотонно возрастает. И задача учёных, возможно, даже главная их задача — следить за тем, чтобы так оно и оставалось. То, что сейчас идёт война, не означает, что не нужно пытаться восстановить детали эволюции богом забытых бактерий, не нужно придумывать новые сорта пластика или интересоваться, что будет, если столкнуть две частицы на скорости в половину световой. Война когда-нибудь закончится, начнётся и закончится какая-нибудь другая, страны будут возникать и рушиться, а корпус написанных нами всеми статей, собранных датасетов и разработанных методов останется.

Есть такая штука, как исследования древней ДНК: буквально берутся остатки какой-нибудь, например, мумии, пролежавшей в саркофаге несколько тысяч лет (или кости денисовского человека из пещеры, или шкуры, из которой выделан пергамент), из них выделяют остатки ДНК и пытаются на их основании что-то сказать насчёт того, кому эта мумия/кость/шкура принадлежала при жизни.

Проблема только в том, что те же мумии имеют ещё и культурную ценность. Так что организации, под чьим контролем они находятся, не разрешают просто взять и отрезать палец-другой на исследования. И даже кусочек кожи отщипнуть не всегда разрешают. Там нужно не то чтоб много, но исследуемые клетки в процессе исследования всё же неизбежно уничтожаются. И вот в связи с этим всем предлагают использовать кладки доисторических вшей.

Если на покойном при жизни водились вши - то они откладывали на его волосах яйца, приклеивая их специальным вязким веществом. При этом некоторое количество клеток хозяина в этом веществе застревало, так что можно достать из волос мумии кладку и выделять ДНК уже из неё. А само тело мумии остаётся нетронутым.

https://academic.oup.com/mbe/article/39/2/msab351/6481551?login=true

Как недавно выяснилось, пчёлы умеют различать чётные числа и нечётные. То есть ежели класть под таблички с чётным числом пятен вкусный сахар, а под таблички с нечётным — невкусный хинин (или наоборот), то они за несколько десятков попыток научатся к первым летать, а ко вторым нет. Что странно — если класть вкусное под нечётное, учатся почему-то быстрее. Причём они различают именно чётность, а не само число: можно использовать вперемешку таблички с 3/5/7 пятнами, и пчела сообразит, что табличка с девяткой тоже обещает что-нибудь хорошее. Очевидные артефакты (запах или площадь пятен) авторы убрали; саму цифру пчела тоже запомнить не могла, потому что использовались в том числе и таблички с 11/12 пятнами, а считать более чем до четырёх пчёлы не умеют.

Встаёт вопрос: как она вообще в пчелином мозге помещается? Ну, во-первых, пчёлы вообще умнее, чем кажется на первый взгляд. Во-вторых, авторы сумели утолкать различение чётности/нечётности числа пиков в сигнале в симулированную нейросетку из пяти нейронов, так что не такая уж и сложная это задача. Хотя, казалось бы, не самая простая для понимания абстракция; тем более что пчёлам идея "деления на два" вроде как незачем.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fevo.2022.805385/full

Вот сейчас даже обидно было, что кто-то моё честное имя позорит. Особенно учитывая, что тезок такие системы обычно различают через раз.

О МОЛЕКУЛЯРНЫХ ОСНОВАХ БИОЛОГИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТИ НУЛЕВЫХ КОНЦЕНТРАЦИЙ ВЕЩЕСТВ И ГОМЕОПАТИЧЕСКИХ ПРЕПАРАТОВ

https://elibrary.ru/item.asp?id=17326177

Российский Научный Фонд готов выделить грант в 10^(-24) рублей. Выявлено, что сам факт выделения гранта мотивирует к научной деятельности без фактического финансирования.

Договор о выделении гранта содержит память денег, которые выделяются РНФ правительством Российской Федерации

#из_ядра_РИНЦ

У Скотта Александра в сабстэке довольно интересный пост про различия между ИИ в его нынешней инкарнации (GPT-3, DALL-E и вот эти все ребята) и настоящим человеческим интеллектом. Это вообще большой философский вопрос: даже если забыть про квалиа, самосознание и всё такое, то непонятно — есть ли в природе некая "истинная разумность" или же человеческий разум представляет собой такой же pattern matcher, как GPT-3, только побольше? Не в смысле наличия бессмертной души, а в смысле устройства его мышления.

С одной стороны, можно сказать, что ИИ делает довольно тупые ошибки, потому что у него нет настоящей способности о чём-то рассуждать и понимания предмета обсуждения. На вопрос "сколько будет дважды два" он отвечает "четыре" не потому, что знает, что такое числа или операция умножения. Просто в тренировочных данных за этим набором слов чаще всего следовало именно это слово (ну или что-то к нему семантически близкое — нейросеть поумнее марковской цепи и до какой-то степени понимает взаимоотношения между символами и обозначаемым). С другой — можно заявить, что человек тоже не имеет никакой "истинной" разумности; он точно так же манипулирует не безупречными платоновскими идеями, а грязными абстракциями, собранными статистическим путём из огромного массива сенсорных и словесных тренировочных данных. Если так, то "разумность" означает только то, что взаимоотношения этих абстракций более-менее изоморфны правилам формальной логики, и что имеющихся абстракций достаточно много для моделирования окружающего мира (и мета-моделирования моделей).

Александр защищает как раз вторую позицию, и самый убедительный его аргумент — тот факт, что ИИ совершают ошибки, очень похожие на ошибки ослабленного человеческого разума. DALL-E не может написать читаемый текст и нарисовать руку с должным числом пальцев (картинка следующим постом). Но того же самого обычно не может сделать и разум сновидца. GPT-3 дописывает истории грамматически верное и логически непротиворечивое, но нереалистичное продолжение, или путается в причинах и следствиях — но так же, как в них путается пятилетний ребёнок.

https://astralcodexten.substack.com/p/somewhat-contra-marcus-on-ai-scaling

ИИ пытается нарисовать руку и написать текст. Когда ваш мозг пытается решить эти две задачи, генерируя сон, у него обычно получается примерно так же.

Пока у нас тут вот это всё, учёные взяли очень крутую ачивку: из антарктических морских осадков выделена древняя ДНК возрастом в миллион лет. Да, буквально десятки прочтений, из которых достоверно опознаются единицы. Да, даже те, которые опознаются, опознаются с точностью "Ну вроде какой-то гриб, хз какой именно" или "какой-то Chlorophyta" (то есть зелёная водоросль или высшее растение). Но тем не менее, ачивка таки взята. А с развитием методов можно будет не просто убедиться, что те же зелёные водоросли там когда-то жили; можно будет количественно описывать колебания численности каких-нибудь диатомей миллион лет назад. Если это не круто — то я вообще тогда не знаю, что круто.

К тому же сделана огромная работа по доказыванию, что это и правда древняя ДНК. Исследования такого рода требуют очень большой стерильности, буквально чтоб лишняя молекула рядом не пролетела. И всё равно обычно процентов 90 полученного — современная ДНК, которую занесли сами учёные. Ну просто потому что ты попробуй стерильно пробурить стометровый керн на глубине в пару сотен метров под антарктическим морем, посмотрю я на тебя. А потом его привезти куда надо, вскрыть, выделить ДНК, отсеквенировать — и это всё без нарушения стерильности.

https://www.nature.com/articles/s41467-022-33494-4

Есть такая китайская игрушка, писающий мальчик. Суть в том, что это полый керамический сосуд, в который надо набрать воды, но не до упора. Если после этого полить голову статуэтки кипятком, то оставшийся в голове воздух расширится от нагрева и выдавит воду через дырочку в писюне. Правда смешно, да? И вот, значит, анализируют, как заставить его выдавать максимально мощную струю.

Пришли к выводу, что ideal pee-pee boy is tall with a large air-filled head, has a penis of the appropriate size and angle, and a thin and sensitive skin. Such tea pet would be a strong candidate for a “pissing contest”, a popular and primitive competition of ego among the males of the human and lobster species.

Помимо шуток, это может быть первый в истории термометр (температуру кипятка можно определить по тому, насколько сильную струю при прочих равных выпускает писающий мальчик, и вроде как он использовался для того, чтобы определить, достаточно ли горяча вода для чая).

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4949419/

Вот это я понимаю наука: статья называется "Осьминоги кидаются друг в друга всякой хуйнёй". Внутри написано про то, что осьминоги кидаются хуйнёй, и подробно доказывается, что они ей таки намеренно кидаются. Ну потому что возможно, что они просто машут щупальцами и пыхают мантией, а в результате иногда песок и ракушки летят во все стороны. Так вот нет, именно что намеренно кидают и иногда даже попадают. В приложении — видосы кидающихся хуйнёй осьминогов. Крайне рекомендую.

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0276482

Я сейчас живу в Сербии, и сербский язык для русского уха звучит довольно старомодно. Тут есть, например, широко употребляемое слово "Изволите" буквально в том смысле, в котором оно применялось до революции. Приносит тебе официант, скажем, плескавицу, и говорит "Изволите" (с русскими окончаниями это было бы "извольте"). И "молим" ("молю") в значении обычного, не-книжного "пожалуйста". И звательный падеж "Господине Алексее". И ещё до фига всего, что на русском было бы архаично и возвышенно.

Только сейчас понял, что это довольно просто объясняется. Последний общий предок русского и сербского существовал ещё чуть ли не при Римской империи, так что общими для двух языков могут быть только очень старые слова и выражения. Ну или заимствования, которые параллельно приходили в оба, какая-нибудь там adresa или energija, но их обычно нет в стандартных формулах вежливости. Соответственно, для славянских слов и грамматических форм

P(old|shared) ~= 1

и по теореме Байеса это приводит к тому, что общими чаще всего оказываются старые формы, многие из которых в русском успели выйти из моды.

UPD: в комментах подсказывают, что многие пафосные конструкции пришли в русский из церковнославянского, а он тоже южнославянский (то есть ближе к современным сербскому и болгарскому, чем к русскому или украинскому).

ТРИГГЕР ВОРНИНГИ: КЛЕТОЧНАЯ БИОЛОГИЯ ЧУТЬ ВЫШЕ ШКОЛЬНОГО УРОВНЯ

Возможно, вы когда-нибудь задумывались, зачем бактериям несколько генов рибосомных РНК. Очевидное объяснение — чтоб быстро сделать много этих самых РНК и, соответственно, много рибосом. Ну просто потому что при прочих равных с двух генов за единицу времени можно сделать вдвое больше транскриптов, чем с одного. Это почти что верно, но есть нюанс: даже при максимальной экспрессии РНК-полимеразы не садятся на гены одна за другой по кулдауну. В принципе можно синтезировать рРНК на меньшем числе генов, но с большей скоростью.

Вот только если так поступить — то повышается вероятность, что РНК-полимеразу сзади догонит ДНК-полимераза, которая пришла копировать соответствующий кусок генома (потому что дожидаться конца транскрипции она не умеет, и вообще кто делится медленнее соседа — тот проиграет эволюцию). Получится примерно как у мамкиного Шумахера, который несётся себе 150+ по трассе — и вдруг оказывается, что за поворотом дед на жигулях не выжимает и сорока. Или того лучше, кто-то стоит с аварийкой поперёк обеих полос (РНК-полимераза и без посторонней помощи иногда может заглохнуть или случайно заплести синтезируемую ей рРНК с материнской цепочкой ДНК). Заметить это заранее наш герой, напомню, не может принципиально.

Если ДНК-полимераза во что-нибудь врезается, то улетает в кювет. И не метафорически, а буквально отцепляется от ДНК и уплывает. Соответственно, то место, которое она в этот момент реплицировала, остаётся расплетённым, порванным как минимум по одной цепочке и Бог весть в какой конформации. Плюс РНК-полимераза могла там успеть наплести чего ни попадя. Белки репарации ДНК могут успеть это всё починить до того, как клетка сдохнет — а могут и не успеть. Так что приходится из соображений безопасности ограничивать нагрузку на каждый участок генома.

https://academic.oup.com/nar/article/50/22/12601/6584438

(недели рРНК в макдональдс ещё продолжатся как минимум одной статьёй. Но это мне надо сесть нарисовать картинку, так что скорее всего не сегодня)

Существует такой парадокс Пето: почему организмы большего размера не имеют пропорционально больший риск рака? Средний человек состоит из определённого количества клеток, что-то порядка десятков триллионов. В синем ките их должно быть примерно в пару тысяч раз больше (потому что он весит примерно как 2000 человек), а в мыши в две тысячи раз меньше. Если считать, что каждое деление имеет некоторый постоянный риск внести карциногенную мутацию, то киты должны состоять из сплошных опухолей, а рак у мыши должен быть невероятно экзотической штукой, которую видели типа два раза в истории. Но ни фига подобного — и те и другие страдают опухолями примерно с той же частотой, что и люди.

В качестве объяснений предлагалось довольно много всяких штук. Самая изящная — мета-опухоли: чтобы угрожать здоровью кита, опухоль и сама должна весить под тонну. Очевидно, что такая гора клеток жизнеспособна только при наличии дифференциации, сосудов и всего такого. Дифференцированные опухоли существуют, но в силу своей вероломной природы раковые клетки, дескать, давят друг дружку и не дают опухоли достичь нужного размера и сложности. Более банальные объяснения тоже были — большая копийность p53, повышенная антиоксидантная активность, уникальные механизмы репарации и прочее в том же духе.

Но существует также мнение, что на уровне далёких видов парадокс просто не имеет смысла. Масса тела многократно и независимо менялась в каждой группе, её изменения каждый раз тащили за собой кучу адаптаций от тупейшего изменения среднего размера клеток до тонкой подгонки механизмов дифференциации. Значительная часть этих адаптаций уникальна для каждой группы и не может быть перенесена из слона в человека, не поломав реципиенту половину метаболизма. Так что пресловутый парадокс Пето, дескать, не умнее вопроса, почему на маленькой поверхности Земли целая куча вулканов, а на огромном Юпитере нет ни единого. Да потому что там вообще всё по-другому, вот почему.

А вот в пределах вида или группы близких видов эффект Пето действительно обнаруживается. Мелкие собачки болеют раком реже, чем крупные, а у человека каждые 10 сантиметров роста при прочих равных прибавляют 10% к шансу умереть от рака.

https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-022-02096-5

Интересная статья о том, что в последнее время стало как-то маловато прорывной науки. Вообще этот жанр сродни нытью о том, что нынешнее поколение скатилось, а вот мы-то в советское время а-а-а. Но хорошие аргументы тоже бывают.

Прорывная работа, с точки зрения авторов — это такая, после которой все перестают цитировать прежние исследования и начинают цитировать вот это новое. Звучит логично: конкурирующих моделей структуры ДНК, например, было несколько, все от уважаемых авторов и с доказательствами. В процессе конкуренции все друг друга читали и цитировали. Но как только Уотсон и Крик выпустили свою статью, эти модели составили компанию флогистону и атому-пирожку-с-изюмом. Соотвественно, цитировать их стали гораздо меньше, а начали вместо этого цитировать Уотсона с Криком.

Можно посчитать, сколько статей/патентов в тот или иной год аналогичным образом убило своих предшественников. И получается, что их абсолютное количество со временем почти не меняется. Как была в 50е сотня-две действительно прорывных статей в год, так и осталась. Общее число публикуемых работ за это время выросло на порядок или два, общая численность учёных тоже, к тому же появился интернет с моментальным доступом к примерно всей существующей научной информации. Однако же не в коня корм: все эти ресурсы были использованы на уточнение тех или иных деталей, а не на то, чтоб каждые три года переворачивать парадигму.

https://www.nature.com/articles/s41586-022-05543-x

Сегодня статья простенькая, но вдохновляющая. Чувак отсеквенировал геном муравья. Конец.

Прикол в том, что все этапы от ловли муравья (буквально у себя на чердаке) до публикации готового генома сделаны одним человеком за неделю. Ему это обошлось в $1000 на расходники, плюс доступ ко всяким центрифугам и электрофорезницам (есть в каждой второй клинике), плюс компьютер. Хороший, но по геймерским меркам не сказать чтоб сильно выдающийся.

То, что массовое параллельное секвенирование перевернуло игру в биологии сильнее, чем Окси в русском рэпе — это не новость. Но всё-таки я до сих пор не видел, чтоб люди делали целый эукариотический геном (плюс митохондрию, плюс два бактериальных симбионта, плюс ещё и метилирование) не за годы и миллионы, а буквально на бюджет двух хороших попоек или одного плохого отпуска.

https://academic.oup.com/nar/article/51/1/17/6611042

А ещё, кстати, забавная деталь в статье не упоминается. Публикация в Nucleic Acids Res обошлась примерно в три с половиной раза дороже, чем собственно исследование.

Delendam esse.

В начале нулевых отсеквенировали геномы трёх разных штаммов модельной бактерии E. coli и обнаружили, что они вообще-то разные. То, что у бактерий есть горизонтальный перенос генов, плазмиды и прочие причины иметь слегка разные геномы в пределах вида, было известно и раньше. Но тут речь не о мелких различиях: буквально 39% возможных ферментативных или регуляторных активностей являются общими для всего вида. Остальные есть только у одного или двух штаммов из трёх. Сумму всех генов, которые когда-либо видели у кого-нибудь из представителей вида, назвали "пангеномом". Позже было показано, что он не произволен, а имеет определённые статистические свойства и эволюционирует определённым образом.

И вот оно с одной стороны неожиданно, а с другой — демонстрирует только то, что территория всегда сложнее карты. Мы говорим о "видах", которые делятся на "штаммы" и объединяются в "рода", каждый со своим "геномом" и "фенотипом", занимающие определённые "ниши". На позвоночных и высших растениях это ещё более-менее работает, но натягивать ту же модель на бактерий — примерно как описывать атом в терминах вращающихся друг вокруг друга маленьких шариков. Немножко похоже, но вообще-то атомы не устроены как маленькие Солнечные Системы. Они устроены как атомы.

Существуют только клетки, каждая из которых чуть-чуть отличается от других. Их можно раскладывать на группы тем или иным образом, можно придумывать "виды", "геномы" или "пангеномы", но в реальности нет ничего, кроме миллиардов мешочков с генами и ферментами. Они подчиняются определённым законам, но в этих законах нет ничего однозначного, а есть в лучшем случае распределение вероятностей. Осталось только придумать парадигму, которая с этим фактом может адекватно работать.

https://academic.oup.com/mbe/article/40/1/msac232/6775222

От древнеассирийских торговцев XIX века до н.э. осталось довольно много документов — отчёты о расходах, накладные, вот это всё. Они ж глиняные, хрена ли им станется даже и за четыре тысячи лет. А вот города, с которыми ассирийцы торговали, с тех пор пришли в упадок, и даже их расположение теперь неизвестно.

К счастью для нас, пожар в городе Канеш целиком запечатал в руинах тамошние архивы (немаленькие, потому что это был торговый хаб и административный центр ашшурской диаспоры в Анатолии), так что учёные имеют несколько десятков тысяч глиняных табличек с отчётами вот такого примерно вида:

6.5 шекелей от города канишитов до Тимелькии. Я заплатил по 2 шекеля серебра и олова за аренду осла от Тимелькии до Хурамы. От Хурамы до Канеша я заплатил по 4.5 шекеля серебра и олова за найм осла и погонщика...

Отсюда мы знаем, что кто-то счёл разумным маршрут "неназванное поселение канишитов -> Тимелькия -> Хурама -> Канеш". То есть имело смысл что-то возить из этого поселения в Канеш. И вероятно, что Хурама где-то между Тимелькией и Канешем, причём скорее всего ближе к Тимелькии. Ну либо просто погонщик ослов попался охуевший, почему нет.

Собрав в единое целое данные из всех табличек, можно построить что-то типа матрицы дистанций между городами, а потом натянуть её на карту Анатолии с помощью MDS, зафиксировав положение известных городов. В результате можно прикинуть, где должны были находиться те, которые известны только по названию; точность получается в основном плюс-минус полсотни километров, но это как минимум аргумент в спорах типа "какой из двух историков прав в своих рассуждениях о том, где был город Нинашша".

https://academic.oup.com/qje/article/134/3/1455/5420484

Ну и к слову: был в Уре такой торговец медью Эа-Насир.

Про него известно буквально только то, что он брал у человека по имени Нанни и некоторых других предоплату за высококачественную медь, а потом привозил медь никчёмного качества, да и ту со срывом всех возможных дедлайнов. А когда Нанни прислал к нему представителя с претензиями, ответил: "Бери что дают или уёбывай".

Отличный пост на lesswrong; пересказывать я его не буду, потому что чувак делает (и делает лучше меня) ровно то, что я пытаюсь делать на этом канале — коротко и интересно рассказывает про довольно запутанную научную дискуссию.

Зачем вообще иметь половое размножение? Если уж оно есть, то зачем делить гаметы на разновидности, и почему этих разновидностей чаще всего ровно две? Почему эти разновидности почти всегда "малочисленная большая неподвижная" и "многочисленная мелкая подвижная"? Как так получается, что половой диморфизм тащит за собой бесполезные побрякушки типа павлиньего хвоста или женской груди, и почему эти побрякушки настолько дороже того, что было бы полезно помимо полового отбора?

Это по большей части вопросы не очень хорошо отвеченные современной наукой, но базовые гипотезы почти везде излагаются в пару фраз, и юзер на лессронге эти фразы написал очень хорошо.

https://www.lesswrong.com/posts/yA8DWsHJeFZhDcQuo/the-talk-a-brief-explanation-of-sexual-dimorphism