Вот сейчас даже обидно было, что кто-то моё честное имя позорит. Особенно учитывая, что тезок такие системы обычно различают через раз.
😢3
О МОЛЕКУЛЯРНЫХ ОСНОВАХ БИОЛОГИЧЕСКОЙ АКТИВНОСТИ НУЛЕВЫХ КОНЦЕНТРАЦИЙ ВЕЩЕСТВ И ГОМЕОПАТИЧЕСКИХ ПРЕПАРАТОВ
https://elibrary.ru/item.asp?id=17326177
Российский Научный Фонд готов выделить грант в 10^(-24) рублей. Выявлено, что сам факт выделения гранта мотивирует к научной деятельности без фактического финансирования.
Договор о выделении гранта содержит память денег, которые выделяются РНФ правительством Российской Федерации
#из_ядра_РИНЦ
👍2😁2
У Скотта Александра в сабстэке довольно интересный пост про различия между ИИ в его нынешней инкарнации (GPT-3, DALL-E и вот эти все ребята) и настоящим человеческим интеллектом. Это вообще большой философский вопрос: даже если забыть про квалиа, самосознание и всё такое, то непонятно — есть ли в природе некая "истинная разумность" или же человеческий разум представляет собой такой же pattern matcher, как GPT-3, только побольше? Не в смысле наличия бессмертной души, а в смысле устройства его мышления.
С одной стороны, можно сказать, что ИИ делает довольно тупые ошибки, потому что у него нет настоящей способности о чём-то рассуждать и понимания предмета обсуждения. На вопрос "сколько будет дважды два" он отвечает "четыре" не потому, что знает, что такое числа или операция умножения. Просто в тренировочных данных за этим набором слов чаще всего следовало именно это слово (ну или что-то к нему семантически близкое — нейросеть поумнее марковской цепи и до какой-то степени понимает взаимоотношения между символами и обозначаемым). С другой — можно заявить, что человек тоже не имеет никакой "истинной" разумности; он точно так же манипулирует не безупречными платоновскими идеями, а грязными абстракциями, собранными статистическим путём из огромного массива сенсорных и словесных тренировочных данных. Если так, то "разумность" означает только то, что взаимоотношения этих абстракций более-менее изоморфны правилам формальной логики, и что имеющихся абстракций достаточно много для моделирования окружающего мира (и мета-моделирования моделей).
Александр защищает как раз вторую позицию, и самый убедительный его аргумент — тот факт, что ИИ совершают ошибки, очень похожие на ошибки ослабленного человеческого разума. DALL-E не может написать читаемый текст и нарисовать руку с должным числом пальцев (картинка следующим постом). Но того же самого обычно не может сделать и разум сновидца. GPT-3 дописывает истории грамматически верное и логически непротиворечивое, но нереалистичное продолжение, или путается в причинах и следствиях — но так же, как в них путается пятилетний ребёнок.
https://astralcodexten.substack.com/p/somewhat-contra-marcus-on-ai-scaling
С одной стороны, можно сказать, что ИИ делает довольно тупые ошибки, потому что у него нет настоящей способности о чём-то рассуждать и понимания предмета обсуждения. На вопрос "сколько будет дважды два" он отвечает "четыре" не потому, что знает, что такое числа или операция умножения. Просто в тренировочных данных за этим набором слов чаще всего следовало именно это слово (ну или что-то к нему семантически близкое — нейросеть поумнее марковской цепи и до какой-то степени понимает взаимоотношения между символами и обозначаемым). С другой — можно заявить, что человек тоже не имеет никакой "истинной" разумности; он точно так же манипулирует не безупречными платоновскими идеями, а грязными абстракциями, собранными статистическим путём из огромного массива сенсорных и словесных тренировочных данных. Если так, то "разумность" означает только то, что взаимоотношения этих абстракций более-менее изоморфны правилам формальной логики, и что имеющихся абстракций достаточно много для моделирования окружающего мира (и мета-моделирования моделей).
Александр защищает как раз вторую позицию, и самый убедительный его аргумент — тот факт, что ИИ совершают ошибки, очень похожие на ошибки ослабленного человеческого разума. DALL-E не может написать читаемый текст и нарисовать руку с должным числом пальцев (картинка следующим постом). Но того же самого обычно не может сделать и разум сновидца. GPT-3 дописывает истории грамматически верное и логически непротиворечивое, но нереалистичное продолжение, или путается в причинах и следствиях — но так же, как в них путается пятилетний ребёнок.
https://astralcodexten.substack.com/p/somewhat-contra-marcus-on-ai-scaling
Astral Codex Ten
Somewhat Contra Marcus On AI Scaling
...
❤2
Пока у нас тут вот это всё, учёные взяли очень крутую ачивку: из антарктических морских осадков выделена древняя ДНК возрастом в миллион лет. Да, буквально десятки прочтений, из которых достоверно опознаются единицы. Да, даже те, которые опознаются, опознаются с точностью "Ну вроде какой-то гриб, хз какой именно" или "какой-то Chlorophyta" (то есть зелёная водоросль или высшее растение). Но тем не менее, ачивка таки взята. А с развитием методов можно будет не просто убедиться, что те же зелёные водоросли там когда-то жили; можно будет количественно описывать колебания численности каких-нибудь диатомей миллион лет назад. Если это не круто — то я вообще тогда не знаю, что круто.
К тому же сделана огромная работа по доказыванию, что это и правда древняя ДНК. Исследования такого рода требуют очень большой стерильности, буквально чтоб лишняя молекула рядом не пролетела. И всё равно обычно процентов 90 полученного — современная ДНК, которую занесли сами учёные. Ну просто потому что ты попробуй стерильно пробурить стометровый керн на глубине в пару сотен метров под антарктическим морем, посмотрю я на тебя. А потом его привезти куда надо, вскрыть, выделить ДНК, отсеквенировать — и это всё без нарушения стерильности.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-33494-4
К тому же сделана огромная работа по доказыванию, что это и правда древняя ДНК. Исследования такого рода требуют очень большой стерильности, буквально чтоб лишняя молекула рядом не пролетела. И всё равно обычно процентов 90 полученного — современная ДНК, которую занесли сами учёные. Ну просто потому что ты попробуй стерильно пробурить стометровый керн на глубине в пару сотен метров под антарктическим морем, посмотрю я на тебя. А потом его привезти куда надо, вскрыть, выделить ДНК, отсеквенировать — и это всё без нарушения стерильности.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-33494-4
Nature
Ancient marine sediment DNA reveals diatom transition in Antarctica
Nature Communications - Sedimentary ancient DNA can indicate ecosystem-wide changes. Here, the authors show association between warm phases and high diatom abundance in the Antarctic Scotia Sea, in...
🤯3👍2
Есть такая китайская игрушка, писающий мальчик. Суть в том, что это полый керамический сосуд, в который надо набрать воды, но не до упора. Если после этого полить голову статуэтки кипятком, то оставшийся в голове воздух расширится от нагрева и выдавит воду через дырочку в писюне. Правда смешно, да? И вот, значит, анализируют, как заставить его выдавать максимально мощную струю.
Пришли к выводу, что ideal pee-pee boy is tall with a large air-filled head, has a penis of the appropriate size and angle, and a thin and sensitive skin. Such tea pet would be a strong candidate for a “pissing contest”, a popular and primitive competition of ego among the males of the human and lobster species.
Помимо шуток, это может быть первый в истории термометр (температуру кипятка можно определить по тому, насколько сильную струю при прочих равных выпускает писающий мальчик, и вроде как он использовался для того, чтобы определить, достаточно ли горяча вода для чая).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4949419/
Пришли к выводу, что ideal pee-pee boy is tall with a large air-filled head, has a penis of the appropriate size and angle, and a thin and sensitive skin. Such tea pet would be a strong candidate for a “pissing contest”, a popular and primitive competition of ego among the males of the human and lobster species.
Помимо шуток, это может быть первый в истории термометр (температуру кипятка можно определить по тому, насколько сильную струю при прочих равных выпускает писающий мальчик, и вроде как он использовался для того, чтобы определить, достаточно ли горяча вода для чая).
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4949419/
👍5❤1
Вот это я понимаю наука: статья называется "Осьминоги кидаются друг в друга всякой хуйнёй". Внутри написано про то, что осьминоги кидаются хуйнёй, и подробно доказывается, что они ей таки намеренно кидаются. Ну потому что возможно, что они просто машут щупальцами и пыхают мантией, а в результате иногда песок и ракушки летят во все стороны. Так вот нет, именно что намеренно кидают и иногда даже попадают. В приложении — видосы кидающихся хуйнёй осьминогов. Крайне рекомендую.
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0276482
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0276482
journals.plos.org
In the line of fire: Debris throwing by wild octopuses
Wild Octopus tetricus frequently propel shells, silt, and algae through the water by releasing these materials from their arms while creating a forceful jet from the siphon held under the arm web. These "throws" occur in several contexts at a site in Jervis…
😁12👍4
Я сейчас живу в Сербии, и сербский язык для русского уха звучит довольно старомодно. Тут есть, например, широко употребляемое слово "Изволите" буквально в том смысле, в котором оно применялось до революции. Приносит тебе официант, скажем, плескавицу, и говорит "Изволите" (с русскими окончаниями это было бы "извольте"). И "молим" ("молю") в значении обычного, не-книжного "пожалуйста". И звательный падеж "Господине Алексее". И ещё до фига всего, что на русском было бы архаично и возвышенно.
Только сейчас понял, что это довольно просто объясняется. Последний общий предок русского и сербского существовал ещё чуть ли не при Римской империи, так что общими для двух языков могут быть только очень старые слова и выражения. Ну или заимствования, которые параллельно приходили в оба, какая-нибудь там adresa или energija, но их обычно нет в стандартных формулах вежливости. Соответственно, для славянских слов и грамматических форм
и по теореме Байеса это приводит к тому, что общими чаще всего оказываются старые формы, многие из которых в русском успели выйти из моды.
UPD: в комментах подсказывают, что многие пафосные конструкции пришли в русский из церковнославянского, а он тоже южнославянский (то есть ближе к современным сербскому и болгарскому, чем к русскому или украинскому).
Только сейчас понял, что это довольно просто объясняется. Последний общий предок русского и сербского существовал ещё чуть ли не при Римской империи, так что общими для двух языков могут быть только очень старые слова и выражения. Ну или заимствования, которые параллельно приходили в оба, какая-нибудь там adresa или energija, но их обычно нет в стандартных формулах вежливости. Соответственно, для славянских слов и грамматических форм
P(old|shared) ~= 1и по теореме Байеса это приводит к тому, что общими чаще всего оказываются старые формы, многие из которых в русском успели выйти из моды.
UPD: в комментах подсказывают, что многие пафосные конструкции пришли в русский из церковнославянского, а он тоже южнославянский (то есть ближе к современным сербскому и болгарскому, чем к русскому или украинскому).
👍10
ТРИГГЕР ВОРНИНГИ: КЛЕТОЧНАЯ БИОЛОГИЯ ЧУТЬ ВЫШЕ ШКОЛЬНОГО УРОВНЯ
Возможно, вы когда-нибудь задумывались, зачем бактериям несколько генов рибосомных РНК. Очевидное объяснение — чтоб быстро сделать много этих самых РНК и, соответственно, много рибосом. Ну просто потому что при прочих равных с двух генов за единицу времени можно сделать вдвое больше транскриптов, чем с одного. Это почти что верно, но есть нюанс: даже при максимальной экспрессии РНК-полимеразы не садятся на гены одна за другой по кулдауну. В принципе можно синтезировать рРНК на меньшем числе генов, но с большей скоростью.
Вот только если так поступить — то повышается вероятность, что РНК-полимеразу сзади догонит ДНК-полимераза, которая пришла копировать соответствующий кусок генома (потому что дожидаться конца транскрипции она не умеет, и вообще кто делится медленнее соседа — тот проиграет эволюцию). Получится примерно как у мамкиного Шумахера, который несётся себе 150+ по трассе — и вдруг оказывается, что за поворотом дед на жигулях не выжимает и сорока. Или того лучше, кто-то стоит с аварийкой поперёк обеих полос (РНК-полимераза и без посторонней помощи иногда может заглохнуть или случайно заплести синтезируемую ей рРНК с материнской цепочкой ДНК). Заметить это заранее наш герой, напомню, не может принципиально.
Если ДНК-полимераза во что-нибудь врезается, то улетает в кювет. И не метафорически, а буквально отцепляется от ДНК и уплывает. Соответственно, то место, которое она в этот момент реплицировала, остаётся расплетённым, порванным как минимум по одной цепочке и Бог весть в какой конформации. Плюс РНК-полимераза могла там успеть наплести чего ни попадя. Белки репарации ДНК могут успеть это всё починить до того, как клетка сдохнет — а могут и не успеть. Так что приходится из соображений безопасности ограничивать нагрузку на каждый участок генома.
https://academic.oup.com/nar/article/50/22/12601/6584438
(недели рРНК в макдональдс ещё продолжатся как минимум одной статьёй. Но это мне надо сесть нарисовать картинку, так что скорее всего не сегодня)
Возможно, вы когда-нибудь задумывались, зачем бактериям несколько генов рибосомных РНК. Очевидное объяснение — чтоб быстро сделать много этих самых РНК и, соответственно, много рибосом. Ну просто потому что при прочих равных с двух генов за единицу времени можно сделать вдвое больше транскриптов, чем с одного. Это почти что верно, но есть нюанс: даже при максимальной экспрессии РНК-полимеразы не садятся на гены одна за другой по кулдауну. В принципе можно синтезировать рРНК на меньшем числе генов, но с большей скоростью.
Вот только если так поступить — то повышается вероятность, что РНК-полимеразу сзади догонит ДНК-полимераза, которая пришла копировать соответствующий кусок генома (потому что дожидаться конца транскрипции она не умеет, и вообще кто делится медленнее соседа — тот проиграет эволюцию). Получится примерно как у мамкиного Шумахера, который несётся себе 150+ по трассе — и вдруг оказывается, что за поворотом дед на жигулях не выжимает и сорока. Или того лучше, кто-то стоит с аварийкой поперёк обеих полос (РНК-полимераза и без посторонней помощи иногда может заглохнуть или случайно заплести синтезируемую ей рРНК с материнской цепочкой ДНК). Заметить это заранее наш герой, напомню, не может принципиально.
Если ДНК-полимераза во что-нибудь врезается, то улетает в кювет. И не метафорически, а буквально отцепляется от ДНК и уплывает. Соответственно, то место, которое она в этот момент реплицировала, остаётся расплетённым, порванным как минимум по одной цепочке и Бог весть в какой конформации. Плюс РНК-полимераза могла там успеть наплести чего ни попадя. Белки репарации ДНК могут успеть это всё починить до того, как клетка сдохнет — а могут и не успеть. Так что приходится из соображений безопасности ограничивать нагрузку на каждый участок генома.
https://academic.oup.com/nar/article/50/22/12601/6584438
(недели рРНК в макдональдс ещё продолжатся как минимум одной статьёй. Но это мне надо сесть нарисовать картинку, так что скорее всего не сегодня)
OUP Academic
rRNA operon multiplicity as a bacterial genome stability insurance policy
Abstract. Quick growth restart after upon encountering favourable environmental conditions is a major fitness contributor in natural environment. It is widely a
👍8🤔3❤1
Существует такой парадокс Пето: почему организмы большего размера не имеют пропорционально больший риск рака? Средний человек состоит из определённого количества клеток, что-то порядка десятков триллионов. В синем ките их должно быть примерно в пару тысяч раз больше (потому что он весит примерно как 2000 человек), а в мыши в две тысячи раз меньше. Если считать, что каждое деление имеет некоторый постоянный риск внести карциногенную мутацию, то киты должны состоять из сплошных опухолей, а рак у мыши должен быть невероятно экзотической штукой, которую видели типа два раза в истории. Но ни фига подобного — и те и другие страдают опухолями примерно с той же частотой, что и люди.
В качестве объяснений предлагалось довольно много всяких штук. Самая изящная — мета-опухоли: чтобы угрожать здоровью кита, опухоль и сама должна весить под тонну. Очевидно, что такая гора клеток жизнеспособна только при наличии дифференциации, сосудов и всего такого. Дифференцированные опухоли существуют, но в силу своей вероломной природы раковые клетки, дескать, давят друг дружку и не дают опухоли достичь нужного размера и сложности. Более банальные объяснения тоже были — большая копийность p53, повышенная антиоксидантная активность, уникальные механизмы репарации и прочее в том же духе.
Но существует также мнение, что на уровне далёких видов парадокс просто не имеет смысла. Масса тела многократно и независимо менялась в каждой группе, её изменения каждый раз тащили за собой кучу адаптаций от тупейшего изменения среднего размера клеток до тонкой подгонки механизмов дифференциации. Значительная часть этих адаптаций уникальна для каждой группы и не может быть перенесена из слона в человека, не поломав реципиенту половину метаболизма. Так что пресловутый парадокс Пето, дескать, не умнее вопроса, почему на маленькой поверхности Земли целая куча вулканов, а на огромном Юпитере нет ни единого. Да потому что там вообще всё по-другому, вот почему.
А вот в пределах вида или группы близких видов эффект Пето действительно обнаруживается. Мелкие собачки болеют раком реже, чем крупные, а у человека каждые 10 сантиметров роста при прочих равных прибавляют 10% к шансу умереть от рака.
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-022-02096-5
В качестве объяснений предлагалось довольно много всяких штук. Самая изящная — мета-опухоли: чтобы угрожать здоровью кита, опухоль и сама должна весить под тонну. Очевидно, что такая гора клеток жизнеспособна только при наличии дифференциации, сосудов и всего такого. Дифференцированные опухоли существуют, но в силу своей вероломной природы раковые клетки, дескать, давят друг дружку и не дают опухоли достичь нужного размера и сложности. Более банальные объяснения тоже были — большая копийность p53, повышенная антиоксидантная активность, уникальные механизмы репарации и прочее в том же духе.
Но существует также мнение, что на уровне далёких видов парадокс просто не имеет смысла. Масса тела многократно и независимо менялась в каждой группе, её изменения каждый раз тащили за собой кучу адаптаций от тупейшего изменения среднего размера клеток до тонкой подгонки механизмов дифференциации. Значительная часть этих адаптаций уникальна для каждой группы и не может быть перенесена из слона в человека, не поломав реципиенту половину метаболизма. Так что пресловутый парадокс Пето, дескать, не умнее вопроса, почему на маленькой поверхности Земли целая куча вулканов, а на огромном Юпитере нет ни единого. Да потому что там вообще всё по-другому, вот почему.
А вот в пределах вида или группы близких видов эффект Пето действительно обнаруживается. Мелкие собачки болеют раком реже, чем крупные, а у человека каждые 10 сантиметров роста при прочих равных прибавляют 10% к шансу умереть от рака.
https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-022-02096-5
BioMed Central
Cell size, body size and Peto’s paradox - BMC Ecology and Evolution
Carcinogenesis is one of the leading health concerns afflicting presumably every single animal species, including humans. Currently, cancer research expands considerably beyond medicine, becoming a focus in other branches of natural science. Accumulating…
👍7❤2
Интересная статья о том, что в последнее время стало как-то маловато прорывной науки. Вообще этот жанр сродни нытью о том, что нынешнее поколение скатилось, а вот мы-то в советское время а-а-а. Но хорошие аргументы тоже бывают.
Прорывная работа, с точки зрения авторов — это такая, после которой все перестают цитировать прежние исследования и начинают цитировать вот это новое. Звучит логично: конкурирующих моделей структуры ДНК, например, было несколько, все от уважаемых авторов и с доказательствами. В процессе конкуренции все друг друга читали и цитировали. Но как только Уотсон и Крик выпустили свою статью, эти модели составили компанию флогистону и атому-пирожку-с-изюмом. Соотвественно, цитировать их стали гораздо меньше, а начали вместо этого цитировать Уотсона с Криком.
Можно посчитать, сколько статей/патентов в тот или иной год аналогичным образом убило своих предшественников. И получается, что их абсолютное количество со временем почти не меняется. Как была в 50е сотня-две действительно прорывных статей в год, так и осталась. Общее число публикуемых работ за это время выросло на порядок или два, общая численность учёных тоже, к тому же появился интернет с моментальным доступом к примерно всей существующей научной информации. Однако же не в коня корм: все эти ресурсы были использованы на уточнение тех или иных деталей, а не на то, чтоб каждые три года переворачивать парадигму.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05543-x
Прорывная работа, с точки зрения авторов — это такая, после которой все перестают цитировать прежние исследования и начинают цитировать вот это новое. Звучит логично: конкурирующих моделей структуры ДНК, например, было несколько, все от уважаемых авторов и с доказательствами. В процессе конкуренции все друг друга читали и цитировали. Но как только Уотсон и Крик выпустили свою статью, эти модели составили компанию флогистону и атому-пирожку-с-изюмом. Соотвественно, цитировать их стали гораздо меньше, а начали вместо этого цитировать Уотсона с Криком.
Можно посчитать, сколько статей/патентов в тот или иной год аналогичным образом убило своих предшественников. И получается, что их абсолютное количество со временем почти не меняется. Как была в 50е сотня-две действительно прорывных статей в год, так и осталась. Общее число публикуемых работ за это время выросло на порядок или два, общая численность учёных тоже, к тому же появился интернет с моментальным доступом к примерно всей существующей научной информации. Однако же не в коня корм: все эти ресурсы были использованы на уточнение тех или иных деталей, а не на то, чтоб каждые три года переворачивать парадигму.
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05543-x
Nature
Papers and patents are becoming less disruptive over time
Nature - A decline in disruptive science and technology over time is reported, representing a substantive shift in science and technology, which is attributed in part to the reliance on a narrower...
Сегодня статья простенькая, но вдохновляющая. Чувак отсеквенировал геном муравья. Конец.
Прикол в том, что все этапы от ловли муравья (буквально у себя на чердаке) до публикации готового генома сделаны одним человеком за неделю. Ему это обошлось в $1000 на расходники, плюс доступ ко всяким центрифугам и электрофорезницам (есть в каждой второй клинике), плюс компьютер. Хороший, но по геймерским меркам не сказать чтоб сильно выдающийся.
То, что массовое параллельное секвенирование перевернуло игру в биологии сильнее, чем Окси в русском рэпе — это не новость. Но всё-таки я до сих пор не видел, чтоб люди делали целый эукариотический геном (плюс митохондрию, плюс два бактериальных симбионта, плюс ещё и метилирование) не за годы и миллионы, а буквально на бюджет двух хороших попоек или одного плохого отпуска.
https://academic.oup.com/nar/article/51/1/17/6611042
Прикол в том, что все этапы от ловли муравья (буквально у себя на чердаке) до публикации готового генома сделаны одним человеком за неделю. Ему это обошлось в $1000 на расходники, плюс доступ ко всяким центрифугам и электрофорезницам (есть в каждой второй клинике), плюс компьютер. Хороший, но по геймерским меркам не сказать чтоб сильно выдающийся.
То, что массовое параллельное секвенирование перевернуло игру в биологии сильнее, чем Окси в русском рэпе — это не новость. Но всё-таки я до сих пор не видел, чтоб люди делали целый эукариотический геном (плюс митохондрию, плюс два бактериальных симбионта, плюс ещё и метилирование) не за годы и миллионы, а буквально на бюджет двух хороших попоек или одного плохого отпуска.
https://academic.oup.com/nar/article/51/1/17/6611042
OUP Academic
De novo sequencing, diploid assembly, and annotation of the black carpenter ant, Camponotus pennsylvanicus, and its symbionts by…
Abstract. The black carpenter ant (Camponotus pennsylvanicus) is a pest species found widely throughout North America. From a single individual I used long
👍7
А ещё, кстати, забавная деталь в статье не упоминается. Публикация в Nucleic Acids Res обошлась примерно в три с половиной раза дороже, чем собственно исследование.
Delendam esse.
Delendam esse.
👍6
В начале нулевых отсеквенировали геномы трёх разных штаммов модельной бактерии E. coli и обнаружили, что они вообще-то разные. То, что у бактерий есть горизонтальный перенос генов, плазмиды и прочие причины иметь слегка разные геномы в пределах вида, было известно и раньше. Но тут речь не о мелких различиях: буквально 39% возможных ферментативных или регуляторных активностей являются общими для всего вида. Остальные есть только у одного или двух штаммов из трёх. Сумму всех генов, которые когда-либо видели у кого-нибудь из представителей вида, назвали "пангеномом". Позже было показано, что он не произволен, а имеет определённые статистические свойства и эволюционирует определённым образом.
И вот оно с одной стороны неожиданно, а с другой — демонстрирует только то, что территория всегда сложнее карты. Мы говорим о "видах", которые делятся на "штаммы" и объединяются в "рода", каждый со своим "геномом" и "фенотипом", занимающие определённые "ниши". На позвоночных и высших растениях это ещё более-менее работает, но натягивать ту же модель на бактерий — примерно как описывать атом в терминах вращающихся друг вокруг друга маленьких шариков. Немножко похоже, но вообще-то атомы не устроены как маленькие Солнечные Системы. Они устроены как атомы.
Существуют только клетки, каждая из которых чуть-чуть отличается от других. Их можно раскладывать на группы тем или иным образом, можно придумывать "виды", "геномы" или "пангеномы", но в реальности нет ничего, кроме миллиардов мешочков с генами и ферментами. Они подчиняются определённым законам, но в этих законах нет ничего однозначного, а есть в лучшем случае распределение вероятностей. Осталось только придумать парадигму, которая с этим фактом может адекватно работать.
https://academic.oup.com/mbe/article/40/1/msac232/6775222
И вот оно с одной стороны неожиданно, а с другой — демонстрирует только то, что территория всегда сложнее карты. Мы говорим о "видах", которые делятся на "штаммы" и объединяются в "рода", каждый со своим "геномом" и "фенотипом", занимающие определённые "ниши". На позвоночных и высших растениях это ещё более-менее работает, но натягивать ту же модель на бактерий — примерно как описывать атом в терминах вращающихся друг вокруг друга маленьких шариков. Немножко похоже, но вообще-то атомы не устроены как маленькие Солнечные Системы. Они устроены как атомы.
Существуют только клетки, каждая из которых чуть-чуть отличается от других. Их можно раскладывать на группы тем или иным образом, можно придумывать "виды", "геномы" или "пангеномы", но в реальности нет ничего, кроме миллиардов мешочков с генами и ферментами. Они подчиняются определённым законам, но в этих законах нет ничего однозначного, а есть в лучшем случае распределение вероятностей. Осталось только придумать парадигму, которая с этим фактом может адекватно работать.
https://academic.oup.com/mbe/article/40/1/msac232/6775222
OUP Academic
Prokaryotic Pangenomes Act as Evolving Ecosystems
Abstract. Understanding adaptation to the local environment is a central tenet and a major focus of evolutionary biology. But this is only part of the adaptioni
👍4
От древнеассирийских торговцев XIX века до н.э. осталось довольно много документов — отчёты о расходах, накладные, вот это всё. Они ж глиняные, хрена ли им станется даже и за четыре тысячи лет. А вот города, с которыми ассирийцы торговали, с тех пор пришли в упадок, и даже их расположение теперь неизвестно.
К счастью для нас, пожар в городе Канеш целиком запечатал в руинах тамошние архивы (немаленькие, потому что это был торговый хаб и административный центр ашшурской диаспоры в Анатолии), так что учёные имеют несколько десятков тысяч глиняных табличек с отчётами вот такого примерно вида:
6.5 шекелей от города канишитов до Тимелькии. Я заплатил по 2 шекеля серебра и олова за аренду осла от Тимелькии до Хурамы. От Хурамы до Канеша я заплатил по 4.5 шекеля серебра и олова за найм осла и погонщика...
Отсюда мы знаем, что кто-то счёл разумным маршрут "неназванное поселение канишитов -> Тимелькия -> Хурама -> Канеш". То есть имело смысл что-то возить из этого поселения в Канеш. И вероятно, что Хурама где-то между Тимелькией и Канешем, причём скорее всего ближе к Тимелькии. Ну либо просто погонщик ослов попался охуевший, почему нет.
Собрав в единое целое данные из всех табличек, можно построить что-то типа матрицы дистанций между городами, а потом натянуть её на карту Анатолии с помощью MDS, зафиксировав положение известных городов. В результате можно прикинуть, где должны были находиться те, которые известны только по названию; точность получается в основном плюс-минус полсотни километров, но это как минимум аргумент в спорах типа "какой из двух историков прав в своих рассуждениях о том, где был город Нинашша".
https://academic.oup.com/qje/article/134/3/1455/5420484
К счастью для нас, пожар в городе Канеш целиком запечатал в руинах тамошние архивы (немаленькие, потому что это был торговый хаб и административный центр ашшурской диаспоры в Анатолии), так что учёные имеют несколько десятков тысяч глиняных табличек с отчётами вот такого примерно вида:
6.5 шекелей от города канишитов до Тимелькии. Я заплатил по 2 шекеля серебра и олова за аренду осла от Тимелькии до Хурамы. От Хурамы до Канеша я заплатил по 4.5 шекеля серебра и олова за найм осла и погонщика...
Отсюда мы знаем, что кто-то счёл разумным маршрут "неназванное поселение канишитов -> Тимелькия -> Хурама -> Канеш". То есть имело смысл что-то возить из этого поселения в Канеш. И вероятно, что Хурама где-то между Тимелькией и Канешем, причём скорее всего ближе к Тимелькии. Ну либо просто погонщик ослов попался охуевший, почему нет.
Собрав в единое целое данные из всех табличек, можно построить что-то типа матрицы дистанций между городами, а потом натянуть её на карту Анатолии с помощью MDS, зафиксировав положение известных городов. В результате можно прикинуть, где должны были находиться те, которые известны только по названию; точность получается в основном плюс-минус полсотни километров, но это как минимум аргумент в спорах типа "какой из двух историков прав в своих рассуждениях о том, где был город Нинашша".
https://academic.oup.com/qje/article/134/3/1455/5420484
OUP Academic
Trade, Merchants, and the Lost Cities of the Bronze Age*
Abstract. We analyze a large data set of commercial records produced by Assyrian merchants in the nineteenth century BCE. Using the information from these
👍7🔥3
Ну и к слову: был в Уре такой торговец медью Эа-Насир.
Про него известно буквально только то, что он брал у человека по имени Нанни и некоторых других предоплату за высококачественную медь, а потом привозил медь никчёмного качества, да и ту со срывом всех возможных дедлайнов. А когда Нанни прислал к нему представителя с претензиями, ответил: "Бери что дают или уёбывай".
Про него известно буквально только то, что он брал у человека по имени Нанни и некоторых других предоплату за высококачественную медь, а потом привозил медь никчёмного качества, да и ту со срывом всех возможных дедлайнов. А когда Нанни прислал к нему представителя с претензиями, ответил: "Бери что дают или уёбывай".
😁9
Отличный пост на lesswrong; пересказывать я его не буду, потому что чувак делает (и делает лучше меня) ровно то, что я пытаюсь делать на этом канале — коротко и интересно рассказывает про довольно запутанную научную дискуссию.
Зачем вообще иметь половое размножение? Если уж оно есть, то зачем делить гаметы на разновидности, и почему этих разновидностей чаще всего ровно две? Почему эти разновидности почти всегда "малочисленная большая неподвижная" и "многочисленная мелкая подвижная"? Как так получается, что половой диморфизм тащит за собой бесполезные побрякушки типа павлиньего хвоста или женской груди, и почему эти побрякушки настолько дороже того, что было бы полезно помимо полового отбора?
Это по большей части вопросы не очень хорошо отвеченные современной наукой, но базовые гипотезы почти везде излагаются в пару фраз, и юзер на лессронге эти фразы написал очень хорошо.
https://www.lesswrong.com/posts/yA8DWsHJeFZhDcQuo/the-talk-a-brief-explanation-of-sexual-dimorphism
Зачем вообще иметь половое размножение? Если уж оно есть, то зачем делить гаметы на разновидности, и почему этих разновидностей чаще всего ровно две? Почему эти разновидности почти всегда "малочисленная большая неподвижная" и "многочисленная мелкая подвижная"? Как так получается, что половой диморфизм тащит за собой бесполезные побрякушки типа павлиньего хвоста или женской груди, и почему эти побрякушки настолько дороже того, что было бы полезно помимо полового отбора?
Это по большей части вопросы не очень хорошо отвеченные современной наукой, но базовые гипотезы почти везде излагаются в пару фраз, и юзер на лессронге эти фразы написал очень хорошо.
https://www.lesswrong.com/posts/yA8DWsHJeFZhDcQuo/the-talk-a-brief-explanation-of-sexual-dimorphism
Lesswrong
The Talk: a brief explanation of sexual dimorphism — LessWrong
Malmesbury explains why sexual dimorphism evolved. Starting with asexual reproduction in single-celled organisms, he traces how the need to avoid gen…
👍7
Вот ещё интересное: Виталик Бутерин (да, тот самый of the Ethereum fame) рассказывает, как устроены Community Notes в твиттере. Если кто не знает — это такая штука, которая позволяет к твиту, в котором написана хуйня, прилепить пометку "это хуйня, вот пруфы". Точнее, речь у него о том, как интерпретируются оценки заметок, по которым их выпускают или не выпускают в публичный релиз.
Пишет заметки и ставит им оценки толпа волонтёров, а они не то чтоб сплошь просветлённые монахи, посвятившие свою жизнь служению Истине. В условиях поляризации каждая сторона почти наверняка залайкает свои заметки и задизлайкает вражеские. Ну вот представьте, что вам дали оценить "они восемь лет бомбили" и "у них президент еврей, какой нахрен нацизм", например. И то и другое с некоторыми оговорками правда, и то и другое может быть или не быть релевантно. Но даже благонамеренному рецензенту надо быть святым, чтобы одинаково беспристрастно оценивать оба тезиса. А ещё ведь вероятно, что некоторые зарегались в системе исключительно с целью лайкать кого надо (за пресловутые 15 рублей или искренне, не суть).
И вот как оно решается: можно взять таблицу, где по одной оси оценщики, а по другой заметки. В ячейках, соответственно, выставленные оценки; пустых ячеек тоже полно, но это в целом неважно. Процесс оценивания моделируется нехитрым уравнением — тупо сумма истинной полезности оценки, склонности данного рецензента лайкать вообще что бы то ни было и совпадения политических позиций. Решение для всей матрицы не единственное и не находится каким-нибудь тривиальным алгоритмом, но можно пройтись тупо градиентным спуском и прикинуть все переменные. Нужна нам только полезность оценки, её и возьмём.
Самое интересное тут то, что там для оценки совпадения позиций буквально два действительных числа перемножаются, никаких более сложных операций не происходит. Люди, что с вами со всеми вообще не так? Какого чёрта политические взгляды неплохо аппроксимируются ЕДИНСТВЕННОЙ БЛЯДЬ ПЕРЕМЕННОЙ В ДИАПАЗОНЕ (-1, 1)? И не только же ведь в Штатах с их двухпартийной системой.
UPD: тут был абзац, в котором я хотел этот пойнт проиллюстрировать отсутствием в России/диаспоре публично заметных геев-сексистов уровня МГ и агрессивно антиукраинских феминисток. И что бы вы думали? В комменты мне принесли тех и других. Статистики Community notes (и общей идеи, что одной переменной чёт как-то маловато) это не отменяет, но пример был говно и нефиг его оставлять висеть. Ну и вообще, видимо, надо бы поубавить уровень пафоса, раз пришедшие мне в голову реалистичные примеры опровергнуты первыми же двумя комментаторами.
К сожалению, алгоритмические решения не исправляют недостатков человечества. Но иногда они позволяют системе работать несмотря на них, что тоже неплохо. В конце концов, на законы физики мы тоже не начинаем наезжать за несправедливость, а ищем возможность как-нибудь да построить машинку, которая бы работала с тем, что есть.
https://vitalik.ca/general/2023/08/16/communitynotes.html
Пишет заметки и ставит им оценки толпа волонтёров, а они не то чтоб сплошь просветлённые монахи, посвятившие свою жизнь служению Истине. В условиях поляризации каждая сторона почти наверняка залайкает свои заметки и задизлайкает вражеские. Ну вот представьте, что вам дали оценить "они восемь лет бомбили" и "у них президент еврей, какой нахрен нацизм", например. И то и другое с некоторыми оговорками правда, и то и другое может быть или не быть релевантно. Но даже благонамеренному рецензенту надо быть святым, чтобы одинаково беспристрастно оценивать оба тезиса. А ещё ведь вероятно, что некоторые зарегались в системе исключительно с целью лайкать кого надо (за пресловутые 15 рублей или искренне, не суть).
И вот как оно решается: можно взять таблицу, где по одной оси оценщики, а по другой заметки. В ячейках, соответственно, выставленные оценки; пустых ячеек тоже полно, но это в целом неважно. Процесс оценивания моделируется нехитрым уравнением — тупо сумма истинной полезности оценки, склонности данного рецензента лайкать вообще что бы то ни было и совпадения политических позиций. Решение для всей матрицы не единственное и не находится каким-нибудь тривиальным алгоритмом, но можно пройтись тупо градиентным спуском и прикинуть все переменные. Нужна нам только полезность оценки, её и возьмём.
Самое интересное тут то, что там для оценки совпадения позиций буквально два действительных числа перемножаются, никаких более сложных операций не происходит. Люди, что с вами со всеми вообще не так? Какого чёрта политические взгляды неплохо аппроксимируются ЕДИНСТВЕННОЙ БЛЯДЬ ПЕРЕМЕННОЙ В ДИАПАЗОНЕ (-1, 1)? И не только же ведь в Штатах с их двухпартийной системой.
UPD: тут был абзац, в котором я хотел этот пойнт проиллюстрировать отсутствием в России/диаспоре публично заметных геев-сексистов уровня МГ и агрессивно антиукраинских феминисток. И что бы вы думали? В комменты мне принесли тех и других. Статистики Community notes (и общей идеи, что одной переменной чёт как-то маловато) это не отменяет, но пример был говно и нефиг его оставлять висеть. Ну и вообще, видимо, надо бы поубавить уровень пафоса, раз пришедшие мне в голову реалистичные примеры опровергнуты первыми же двумя комментаторами.
К сожалению, алгоритмические решения не исправляют недостатков человечества. Но иногда они позволяют системе работать несмотря на них, что тоже неплохо. В конце концов, на законы физики мы тоже не начинаем наезжать за несправедливость, а ищем возможность как-нибудь да построить машинку, которая бы работала с тем, что есть.
https://vitalik.ca/general/2023/08/16/communitynotes.html
Существует ложь, гнусная ложь, статистика и манипуляции с координатными осями. Вот график, призванный проиллюстрировать великие заслуги зелёных в девяностые. Выглядит вроде клёво - сперва нехорошая штука расла, а потом начала падать, правда ж здорово. Даже не сразу понятно, что пики для разных стран разбросаны на сорок лет, а девяностые вообще не особо примечательны.
https://www.scientificamerican.com/article/the-world-solved-acid-rain-we-can-also-solve-climate-change/
https://www.scientificamerican.com/article/the-world-solved-acid-rain-we-can-also-solve-climate-change/
Есть на свете такая штука, как закон Ципфа. Изначально это нехитрое статистическое наблюдение: если самое частое слово в языке, например, встречается столько-то раз на тысячу слов, то второе по частоте будет встречаться вдвое реже, третье по частоте — втрое реже и так далее. Такое распределение впервые обнаружили как раз у частот слов, и это уже само по себе прикольно. Он работает для всех естественных языков, так что с его помощью доказывали, например, что та же рукопись Войнича — это таки текст, а не просто набор рандомных закорючек.
Но лингвистикой полезность закона Ципфа не ограничивается. Численность населения в городах, состояния миллионеров, численности разных видов в одной экосистеме, число подписчиков у каналов в телеге — всё подчиняется закону Ципфа или какому-то очень похожему степенному закону.
(похожему — это если, например, у второго по богатству миллиардера не половина состояния самого богатого, а 80%. У третьего тогда будет 80% от этого второго или 64% состояния первого, у четвёртого 80 % состояния третьего или 51% состояния первого, ну и т.д. до последнего бомжа, который на 20% беднее предпоследнего)
Довольно несложно показать, что подмножество ципфовского множества ципфовским не будет. Ну типа — если взять 2, 3, 5, 7 и 8 богатеев из топ-10, то размер их состояний уже не будет описываться вот таким законом, потому что мы выдернули половину элементов из середины. И если смешать два ципфовских множества (например, подписоту русскоязычных и арабоязычных ютуберов), то результат тоже будет не-ципфовским (потому что с чего бы? они друг с другом не взаимодействуют и могут с тем же успехом вообще находиться на разных планетах). И вот так мы приходим к очень красивому наблюдению.
Получается, что существует и может быть обнаружена ещё одна любопытная штука — правильный масштаб для изучения системы. К примеру, существуют две федеративные республики: США и Евросоюз. В обеих есть некие states, которые вроде как отдельны друг от друга и от федерации в целом. Однако при этом в США распределение размеров городов является ципфовским для страны в целом, но не для отдельных штатов. В Евросоюзе наоборот — в каждой из стран распределение размеров городов ципфовское, а вот для ЕС в целом уже нет. Отсюда вывод: государства Евросоюза и правда государства sensu stricto, а штаты США так называются исключительно по историческим причинам. Не то чтоб это была офигенно свежая идея, но мы её получили исключительно из циферок численности. Ни байта информации о географии, истории и законах этих государств в анализ не попало.
Идея супер-интересная и хочется её применить ко всему, что только попадается на глаза. Есть ли, например, смысл говорить о той или иной узенькой нише как об отдельной экосистеме? В биомассе или в численности лучше обсуждать взаимоотношения видов с сильно разной массой тела? Интегрировал ли Союз свои республики в той же степени, что и Америка свои? Можно ли таким методом выделить сильно изолированные жанры (напр. игр или сериалов), которые с остальным миром не конкурируют? Сколько у нас вообще раздельных рынков тех же игр? А авторы просто отмечают, что есть такой прикол — но implications are outside the scope of this work.
https://www.nature.com/articles/srep00812
Но лингвистикой полезность закона Ципфа не ограничивается. Численность населения в городах, состояния миллионеров, численности разных видов в одной экосистеме, число подписчиков у каналов в телеге — всё подчиняется закону Ципфа или какому-то очень похожему степенному закону.
(похожему — это если, например, у второго по богатству миллиардера не половина состояния самого богатого, а 80%. У третьего тогда будет 80% от этого второго или 64% состояния первого, у четвёртого 80 % состояния третьего или 51% состояния первого, ну и т.д. до последнего бомжа, который на 20% беднее предпоследнего)
Довольно несложно показать, что подмножество ципфовского множества ципфовским не будет. Ну типа — если взять 2, 3, 5, 7 и 8 богатеев из топ-10, то размер их состояний уже не будет описываться вот таким законом, потому что мы выдернули половину элементов из середины. И если смешать два ципфовских множества (например, подписоту русскоязычных и арабоязычных ютуберов), то результат тоже будет не-ципфовским (потому что с чего бы? они друг с другом не взаимодействуют и могут с тем же успехом вообще находиться на разных планетах). И вот так мы приходим к очень красивому наблюдению.
Получается, что существует и может быть обнаружена ещё одна любопытная штука — правильный масштаб для изучения системы. К примеру, существуют две федеративные республики: США и Евросоюз. В обеих есть некие states, которые вроде как отдельны друг от друга и от федерации в целом. Однако при этом в США распределение размеров городов является ципфовским для страны в целом, но не для отдельных штатов. В Евросоюзе наоборот — в каждой из стран распределение размеров городов ципфовское, а вот для ЕС в целом уже нет. Отсюда вывод: государства Евросоюза и правда государства sensu stricto, а штаты США так называются исключительно по историческим причинам. Не то чтоб это была офигенно свежая идея, но мы её получили исключительно из циферок численности. Ни байта информации о географии, истории и законах этих государств в анализ не попало.
Идея супер-интересная и хочется её применить ко всему, что только попадается на глаза. Есть ли, например, смысл говорить о той или иной узенькой нише как об отдельной экосистеме? В биомассе или в численности лучше обсуждать взаимоотношения видов с сильно разной массой тела? Интегрировал ли Союз свои республики в той же степени, что и Америка свои? Можно ли таким методом выделить сильно изолированные жанры (напр. игр или сериалов), которые с остальным миром не конкурируют? Сколько у нас вообще раздельных рынков тех же игр? А авторы просто отмечают, что есть такой прикол — но implications are outside the scope of this work.
https://www.nature.com/articles/srep00812
Scientific Reports
There is More than a Power Law in Zipf
There is More than a Power Law in Zipf
🔥11👍4
Вот ещё интересное — некогда в Австралии косатки помогали местным китобоям. Они загоняли усатых китов в бухту и помогали травить (примерно как собаки в классической европейской охоте), а взамен получали свою долю мяса. И язык. По каким-то своим религиозным причинам аборигены считали очень важным, что именно язык непременно должен достаться киту.
Насколько давно это началось, непонятно; возможно, аборигены так охотились тысячи лет, а возможно, отношения сформировались уже при европейцах. Вероятнее всего, охотились всегда, но при колонизаторах перешли от охоты на пару китов в сезон ради жратвы к промышленной добыче. А закончилось к двадцатым. И усатых китов перебили, и аборигенов осталось немного, так что косатки заходить в бухту перестали.
Так вот один из косаток (простите, звучит уродливо, но это таки был самец) был найден выбросившимся на берег в тридцатых. Скелет попал в музей, и уже в наши дни его геном был отсеквенирован. Не то чтоб меня сильно интересовал геном конкретного дохлого кита, но у них там в соавторах в числе прочих есть чувак из аборигенов. Какой-то типа историк или краевед. Так что можно прям в одном тексте увидеть и рассуждения современных экологов, и обрывки давнишней мифологии. Ну то есть как вам такое — в числе причин того, что совместная охота прекратилась, в одном ряду звучат истощение популяции усатых китов, экономические неурядицы или тот факт, что тот самый покойный кит однажды не получил свой заслуженный язык и подрался с рыбачьей лодкой.
https://academic.oup.com/jhered/article/114/6/598/7308443
Насколько давно это началось, непонятно; возможно, аборигены так охотились тысячи лет, а возможно, отношения сформировались уже при европейцах. Вероятнее всего, охотились всегда, но при колонизаторах перешли от охоты на пару китов в сезон ради жратвы к промышленной добыче. А закончилось к двадцатым. И усатых китов перебили, и аборигенов осталось немного, так что косатки заходить в бухту перестали.
Так вот один из косаток (простите, звучит уродливо, но это таки был самец) был найден выбросившимся на берег в тридцатых. Скелет попал в музей, и уже в наши дни его геном был отсеквенирован. Не то чтоб меня сильно интересовал геном конкретного дохлого кита, но у них там в соавторах в числе прочих есть чувак из аборигенов. Какой-то типа историк или краевед. Так что можно прям в одном тексте увидеть и рассуждения современных экологов, и обрывки давнишней мифологии. Ну то есть как вам такое — в числе причин того, что совместная охота прекратилась, в одном ряду звучат истощение популяции усатых китов, экономические неурядицы или тот факт, что тот самый покойный кит однажды не получил свой заслуженный язык и подрался с рыбачьей лодкой.
https://academic.oup.com/jhered/article/114/6/598/7308443
OUP Academic
Ancestry testing of “Old Tom,” a killer whale central to mutualistic interactions with human whalers
Abstract. Cooperative hunting between humans and killer whales (Orcinus orca) targeting baleen whales was reported in Eden, New South Wales, Australia, for almo
👍5❤4