در مورد این تصویر چه چیزی به ذهن شما می رسد؟
اولین چیزی که به ذهن می رسد ترکیبات شیمیایی براساس ساختارشون ممکنه رفتارهای متفاوتی داشته باشن و در نتیجه مکانیسم های مخلتفی از خودشون نشون بدن. ولی ما این تصویر به این خاطر انتخاب کردیم تا نسخه اپدیت شده نرم افزار LiProS رو بهتون معرفی کنیم که در طراحی دارو خیلی کاربرد داره و برای پیشبینی شاخص لیپوفیلیستی ترکیبات مهارکننده برای آنزیم های هدف به کار میره. برای دانلود این نرم افزار رایگان و مطالعه دستورالعمل کار با آن از لینک های زیر استفاده کنید

فایل راهنما
@irbioinformatics
دانلود نرم افزار

منظور از inclusion body در هنگام بیان یک پروتئین در میزبان حدواسط چیست؟
اینکلوژن بادی ها معمولاً از انباشت‌های دناتوره‌شده پروتئین‌های غیرفعال تشکیل می شوند. هرچند که احیا اینکلوژن بادی ها گاهی می‌تواند به حل شدن و بازیابی پروتئین‌های فعال منجر شود، اما این فرایند هنوز هم بسیار تجربی، نامطمئن و با کارایی پایین است. در طول سال‌ها، چندین تکنیک برای جلوگیری از تشکیل اجسام درون‌سلولی توسعه یافته‌اند. این تکنیک‌ها شامل:
1. استفاده از پروموترهای ضعیف‌تر برای کاهش سرعت بیان پروتئین
2. استفاده از پلاسمیدهای با کپی کم برای کاهش بیان پروتئین
3. اتصال پروتئین هدف به یک شریک محلول مانند MalE
4. استفاده از محیط بیانی NativeFolder برای باکتری‌ها

برای مطالعه بیشتر می توانید این مقاله مروری جالب در مورد چگونگی شکل گیری اینکلوژن بادی ها و راه های ریفولد کردن ساختار آنها را مطالعه کنید

@irbioinformatics

https://news.1rj.ru/str/boost/IRBioinformatics
دوستانی که تلگرام‌پرمیوم دارند می تونن از طریق این لینک این کانال رو حمایت کنند و به ما در بهبود کیفیت مطالب کمک کنند
ممنون از حمایت شما

پروگرم دکتری دانشگاه کنتیکت آمریکا

Molecular and cell biology

🔗لینک اطلاعات

🔗لینک لیست اساتید و ریسرچ اینترست آنها

⛔️ددلاین: ۱ دسامبر

✅بدون نیاز به gre

توضیحات دیوید بیکر برنده جایزه نوبل ۲۰۲۴ در خصوص اهمیت تحقیقات و چشم انداز مطالعاتی که روی پروتئین ها انجام داده است.
👨‍💻Watch

آموزش الفبای یونانی در ۱ دقیقه 😂🤏•
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/992

🔻مرگ سالانه ۵۰ هزار ایرانی به‌خاطر سیگار

🔸معاون بهداشت وزارت بهداشت: سالانه حدود ۵۰ هزار نفر در ایران به‌دلیل مصرف سیگار جان خود را از دست می‌دهند و همچنین ۵۰ هزار میلیارد تومان خسارت به کشور وارد می‌شود.

🔸ترویج فرهنگ غلط استفاده از سیگار الکترونیک با درصد نیکوتین کمتر و عارضۀ کمتر موجب افزایش جذب درصد بیشتری از افراد جامعه برای استفاده از این سیگار است.

🔸سیگار درکشور ما به‌شدت ارزان است و قطعا افزایش قیمت سیگار باعث کمترشدن متقاضی آن خواهد شد.

لطفا سیگار نکشید حتی 🤏•

خنده می کنین؟
مطالعات چه چیزی را در مورد رابطه بین سیگار کشیدن و سرطان سینه نشان می‌دهند؟ آیا خطر توسعه سرطان سینه با مصرف تنباکو افزایش می‌یابد؟
مواد سرطان‌زا موجود در دود تنباکو، مانند نیتروزآمین‌ها و هیدروکربن‌های آروماتیک چند حلقه‌ای (PAHها)، قادرند جهش‌های ژنتیکی ایجاد کرده و باعث آسیب مستقیم به DNA در سلول‌های بافت پستان شوند. علاوه بر این، گفته شده است که دود تنباکو ممکن است بر متابولیسم استروژن‌ها، هورمون‌هایی که در توسعه سرطان سینه نقش کلیدی دارند، تأثیر بگذارد. در ادامه پیرامون ارتباط بین مصرف سیگار و گسترش سرطان سینه در خانم ها و همچنین بیماری های دیگر در مردان و زنان مطالب جالبی را در کانال قرار خواهیم داد.
@irbioinformatics

هدف از انجام محاسبات دینامیک مولکولی پس از انجام داکینگ مولکولی چیست؟
در طراحی محاسباتی دارو، ما با دقت سه معیار را برای تحلیل کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند پس از انجام MD ردیابی می‌کنیم: حالا بیاید این پارامترها را به طور خلاصه مرور کنیم:
اول: : ⚡ RMSD(Root Mean Square Deviation) – به منظور بررسی پایداری کمپلکس: آیا کمپلکس پایدار است؟
دوم 🌊 RMSF : (Root Mean Square Fluctuation) – به منظور بررسی انعطاف‌پذیری: زنجیره جانبی کدام آمینواسیدها بیشتر حرکت می‌کنند
سوم: 🎯 Rg (Radius of gyration) – به منظور پایش فشردگی: آیا پروتئین در حال تا خوردن یا باز شدن است؟
@irbioinformatics

#اخبار_بیوتکنولوژی

دانشجوی کارشناسی ارشد رشته مهندسی بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس موفق به کسب مقام سومی در المپیاد علمی دانشجویی کشور شد.

انجمن علمی دانشجویی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، کسب مقام سوم المپیاد دانشجویی رشته بیوتکنولوژی را به سرکار خانم مهندس پانته‌آ شمسایی، ورودی ۱۴۰۳ کارشناسی ارشد تبریک عرض می‌کند.

این موفقیت نشان‌دهنده تلاش و پشتکار این محقق گرامی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس است و امیدواریم در ادامه مسیر علمی‌شان، موفقیت‌های بیشتری کسب نمایند. از خداوند متعال برای شما پژوهشگر گرامی آرزوی توفیق روزافزون داریم.
@irbioinformatics

اهمیت آنزیم FAN1 در بیماری هانتینگتون

آنزیم FAN1 یک آنزیم وابسته به DNA است که برای سلامت انسان حیاتی است. یک جهش در FAN1 که آرژینین در موقعیت 507 را به هیستیدین (Arg507His) تغییر می‌دهد، باعث تسریع در بروز بیماری هانتینگتون (HD) می‌شود که یک اختلال غیرقابل درمان است. تأثیر این جهش بر ساختار و عملکرد FAN1 پیش‌تر نامشخص بود.

با استفاده از میکروسکوپ کرایو-الکترونی (cryoEM) و روش‌های بیوشیمیایی، پژوهشگران دانشگاه توماس جفرسون دریافتند که آرژینین 507 برای تعامل FAN1 با پروتئین دیگری به نام PCNA حیاتی است. جهش Arg507His باعث تضعیف کمپلکس FAN1-PCNA می‌شود و توانایی آن‌ها را در پردازش ساختارهای خاص DNA مرتبط با بیماری هانتینگتون مختل می‌کند. این اختلال مانع از ترمیم مؤثر DNA توسط FAN1 می‌شود و به پیشرفت سریع‌تر بیماری منجر می‌گردد.

سوال در خصوص خروجی های شبیه سازی MD: دوست عزیزی در پاسخ به این پست کانال سوال زیر را مطرح کردند و در ادامه می توانند جواب سوال مذکور را مطالعه نمایند. با تشکر تیم ادمین کانال

مقدارشون چقدر باید باشه که بگیم کمپلکس پایدار هست یا در حال باز شدن هست یا بسته شدن؟

در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS، پارامترهای RMSD، RMSF و Rg هر کدام نشان‌دهنده ویژگی‌های خاصی از سیستم هستند. بازه‌های این مقادیر به ساختار، نوع مولکول و زمان شبیه‌سازی بستگی دارد. در حالت کلی، بازه‌های معمول برای این پارامترها عبارتند از:

RMSD (Root Mean Square Deviation):

بازه معمول: 0.1 تا 3 نانومتر
مقدار RMSD نشان‌دهنده تغییرات در ساختار سه‌بعدی مولکول در طول زمان شبیه‌سازی است. در صورتی که مولکول پایدار باشد، این مقدار معمولاً در بازه 0.1 تا 0.5 نانومتر نوسان می‌کند. برای سیستم‌های بزرگتر یا مولکول‌های با تحرک بالا، مقدار آن می‌تواند به 1 تا 3 نانومتر هم برسد.
RMSF (Root Mean Square Fluctuation):

بازه معمول: 0.05 تا 1.5 نانومتر
این مقدار نشان‌دهنده نوسانات باقی‌مانده‌های منفرد (residues) در طول شبیه‌سازی است. معمولاً نواحی انعطاف‌پذیرتر مثل لوپ‌ها و زنجیره‌های جانبی بزرگتر RMSF بیشتری دارند (0.5 تا 1.5 نانومتر)، در حالی که نواحی منظم مثل هلیکس‌های آلفا یا صفحات بتا ممکن است مقادیر کمتری داشته باشند (0.05 تا 0.3 نانومتر).

Rg (Radius of Gyration):

بازه معمول: 1 تا 4 نانومتر
شعاع ژیراسیون نشان‌دهنده فشردگی کلی ساختار است. مقدار Rg بستگی به اندازه و شکل پروتئین یا کمپلکس مولکولی دارد. پروتئین‌های کوچک و فشرده ممکن است Rg در بازه 1 تا 2 نانومتر داشته باشند، در حالی که مولکول‌های بزرگتر یا ساختارهای بازتر Rg بیشتری (3 تا 4 نانومتر یا بیشتر) خواهند داشت. این مقادیر به ساختار دقیق پروتئین و زمان شبیه‌سازی وابسته است و در طول شبیه‌سازی نوساناتی خواهند داشت.

@irbioinformatics

انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.

🔰Writing a scientific article: A step-by-step guide for beginners

Ecarnot et all, 2015 (Link)

دانلود فایل مقاله (کلیک کنید)

----------------------------------

🆔Join us:

https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics

همۀ تغییرات بزرگ وقتی شروع میشه که
شما تصمیم می گیرید مثل همه نباشید ❤️

#اخبار_بیوتکنولوژی
اخیرا مقاله چاپ شده است که در آن با استفاده از الگوریتم deep learning به چگونگی برهمکنش miRNA-mRNA پرداخته است و از روشی جدید به نام SMTRI برای این نوع برهمکنش ها پرده برداشته است روش SMTRI بر اساس یک رویکرد نوآورانه و هوشمند است که ویژگی‌های ساختاری خاصی را که تعاملات miRNA-mRNA را مشخص می‌کنند، در نظر می‌گیرد و از یک نمایش عددی از این کمپلکس‌های RNA استفاده می‌کند. با استفاده از الگوریتم‌های یادگیری عمیق، SMTRI قادر است ترکیبات پیشرو را انتخاب کند که به طور خاص به برآمدگی‌های ساختاری RNA که در هسته کمپلکس RISC شکل می‌گیرند، متصل شوند و بدین ترتیب راه جدیدی برای طراحی مولکول‌های کوچک هدف‌گیری عملکرد miRNA باز می‌کند. در مقاله دیگری اهمیت این روش توضیح داده شده است که می توانید در اینجا مطالعه کنید