С 6 ноября число ежедневных смертей от ковида в Москве по Оперштабу ни разу не выходило за рамки коридора 67-77 - это может быть признаком дополнительной обработки данных.

В мире довольно неожиданно интерпретировали слова Голиковой о доле ковида в 81% и насчитали России 186 000 ковид-ассоциированных смертей

CNN: New data from the country's statistics agency, Rosstat, shows that during the first 11 months of 2020, there was an increase of more than 229,700 more deaths in Russia than during the same period in 2019.

Deputy Prime Minister Tatyana Golikova, who is in charge of the country's coronavirus response, said Monday that "more than 81% of this increase in mortality over this period is due to Covid." According to a CNN calculation, that means 186,000 Russians died from coronavirus in these months.

Стыда много не бывает: Михаил Зеленский @zedushka рассказал об особенностях российских подсчетов создателям ресурса Ourworldindata, где в том числе работает популярный счётчик вакцинаций по странам.

Особенности выглядят как-то вот так:

Мурашко 2 декабря на спецсессии Генассамблеи ООН: Мы начали вакцинировать жителей из групп риска. На сегодняшний день вакцинированы более 100 тысяч граждан РФ.

Гинцбург 10 декабря: Данный препарат у нас в стране в рамках гражданского оборота на сегодняшний день получили уже более 150 тыс. жителей. Это наибольшее количество вакцинированных препаратом против COVID-19 чем в любой другой стране мира с использованием аналогичного препарата.

Дмитриев 14 декабря на брифинге по третьим промежуточным результатам пострегистрационных испытаний Спутник V:
Вне клинических испытаний уже провакцинировано более 200 тысяч россиян, по состоянию клинических испытаний именно 22 714 человек получили оба укола.

Гинцбург там же:
Я хотел бы уточнить, что на вчерашний день в гражданский оборот поступило порядка 320 тысяч доз вакцин. Сколько за сегодняшний день ей провакцинировано, трудно сказать. Я думаю, что на завтрашний и послезавтрашний день она вся уже будет применена по назначению.

Мурашко 22 декабря на заседании президиума государственного координационного совета по контролю за распространением коронавируса:
На сегодняшний день в информационный ресурс о внесении данных о прививках добавлено более 52 тысяч случаев вакцинации.

Гинцбург, 24 декабря: До конца 2020 года вакциной "Спутник V" будут обеспечены около 1,5 млн россиян.
Со склада в гражданский оборот ушло более 650 000 доз вакцины "Спутник V". Дошел ли препарат до россиян и сколько человек уже получили прививку, Гинцбург не знает.

Гинцбург 25 декабря: Около 700000 россиян были вакцинированы Sputnik V.

Собянин 29 декабря:
Огромное количество [людей] уже вакцинировано, и все они здоровы. На сегодняшний день мы сделали прививки около 50 000 человек, 70 000 подписались.

Ourworldindata, похоже, не стали даже пытаться разобраться в потоке сознания команды первого в мире Спутника V: счетчик просто сдулся с 700 000 до 52 000 доз.

Не будем пытаться и мы.

Посчитали тут во сколько выйдет прививочная кампания от COVID-19 в 2021 году.
Планируют уложиться в "соточку"
https://vademec.ru/news/2020/12/30/minfin-vaktsinatsiya-rossiyan-ot-covid-19-oboydetsya-v-75-100-mlrd-rubley/

Мы, как многие, хотели написать пост об итогах 2020 и ожиданиях от 2021, но наступающий год как покойник на поминках - о нем надо либо говорить хорошо, либо не говорить ничего. Мы хорошего от 2021 не ждем, так что на праздники канал взял тайм-аут, чтобы не расстраивать читателей.

В прошлом году мы старались помочь всем, кто нас читает, быть информированными.

Многие знания несут с собой многие печали, но они также несут с собой чувство защищенности. Если ты предвосхищаешь плохие сценарии - ты можешь принимать осознанные решения по защите от них. Кто-то презрительно называет это ковидоистерией, кто-то говорит, что мы перестраховщики, сеющие страх и панику - но мы называли это здравым смыслом в 2020 и продолжим так считать в 2021.

Страх - не новая, а хорошо забытая старая нормальность. Это природный механизм, который помогает выжить. В 2021 мы продолжим быть бородатыми гномами, которые в глубине гор куют для вас защитную кольчугу из мифрила. Носить её вам, возможно, не понравится - но вы не пожалеете.

Итак, чем нас не радует 2021? Начнем с южноафриканского варианта 501.V2.

Министр здравоохранения Великобритании Мэтт Хэнкок сегодня на Радио BBC:

Я невероятно обеспокоен южноафриканским вариантом, и поэтому мы приняли меры, чтобы ограничить все полеты из Южной Африки.
Это очень, очень серьезная проблема […], и это даже большая проблема, чем новый британский вариант.

Роберт Пестон, политический редактор ITV:

По словам одного из научных советников правительства, причина «невероятного беспокойства» Мэтта Хэнкока по поводу южноафриканского варианта COVID-19 заключается в том, что они не так уверены в том, что вакцины будут столь же эффективны против него, как против британского варианта.

Джон Белл, профессор Оксфордского университета, который входит в правительственную рабочую группу по вакцинам:

Исследования пока в процессе, но если вы хотите знать, что говорит моя интуиция, я думаю, что вакцина будет эффективна против штамма из графства Кент, но я не знаю, справедливо ли это для южноафриканского штамма – над ним стоит большой знак вопроса.

У нас есть пространство для маневра с вакцинами, потому что на мой взгляд они работают намного лучше, чем многие из О предполагали. Они, по сути, полностью предотвращают тяжелое течение заболевания.

Маловероятно, что эти мутации полностью сведут на нет действие вакцин. Я думаю, что у вакцин в любом случае будет остаточный эффект, поэтому вопрос в том, сможем ли мы его использовать. Если нет, то мы можем сделать новые вакцины, и это не займет год.

Мы сейчас играем с вирусом в кошки-мышки, потому что это [британский и южноафриканский варианты] не единственные два варианта, которые мы увидим. Вариантов будет много.

Нам напомнили, что 13 июля у нас уже был пост, который вполне подводит итоги 2020 - что ж, почему его не повторить.

Сегодня в Москве отменили даже те скудные ограничительные меры, которые еще формально действовали.

Однако вирус ровным счетом никуда не делся.
Как наглядно показали Техас, Флорида и Калифорния, ему не страшны жара и солнце.
От него, как и полгода назад, нет специфического лечения - так бывает, ВИЧ был идентифицирован в 1983 году, и от него до сих пор нет ни лекарства, ни вакцины.
Всё больше данных говорит о том, что у перенесших инфекцию не формируется устойчивого длительного иммунитета.
Все больше ученых озвучивают то, что @coronamed предполагал еще в январе: SARS-CoV2 вполне может оказаться не по зубам фармакологии и медицине. В этом случае без ограничительных мер, которые всех так бесят, он будет бродить по популяции, пока не соберет с человечества причитающиеся ему 7% - каждого 15 из нас.

Это мрачная реальность и страшная перспектива. Как же так получается, что никто не боится?

Пожалуй, нас сейчас губит бычий рынок, в котором человечество живёт уже полвека.
В последние 90 лет в США наблюдалось 25 медвежьих (падающих) рынков. Из них за 17 лет с 1928 по 1945 было зафиксировано 12 - условно, в этот период каждые полтора года в экономике проводилась генеральная уборка, с проверкой каждой вещи в доме на прочность и целесообразность и последующей гаражной распродажей хлама. В последующие 70 лет медведи задавали тон всего 13 раз. Из них в последние 30 лет генералили первую экономику мира всего дважды - в 2000 и в 2008.

Все знают, что для роста рынков, на котором легко и приятно зарабатывать большие деньги, скупая все подряд без какого-либо анализа, быкам нужен оптимизм населения - а его питает не столько сиюминутная позитивная повестка, сколько "позитивный взгляд на мир". Оптимизм, на котором рынки растут 30 лет с двумя откатами - при том, что и Штаты, и мир имеют массу фундаментальных проблем - не является ни естественным, ни рациональным. Мы накачаны позитивом, как цыплята-бройлеры - гормонами роста. Вслед за кино, мы стали считать хэппи энд нормой и в реальной жизни - жизнь обязана вознаградить нас и сделать все хорошо, ведь это то, чего мы от неё ждём. Нам дан миллион жизнеутверждающих цитат, с которыми так легко верить в сиюминутность плохого и триумф хорошего. После дождя всегда будет радуга.

Иногда дождь означает, что началась осень, свинцовая и промозглая. За ней придёт зима - безмолвная, стылая. Затем будет весна - робкая, грязная, то и дело скатывающаяся обратно в зиму. И только потом, спустя целую вечность, когда об осенних дождях и думать забудешь, придёт обещанная мотивирующей цитатой радуга. В мае.

Большинство из нас не застали тот старый мир, где медвежьей настороженности и прагматизма было много, а беспочвенной эйфории - гораздо меньше, чем сейчас. Что ж, похоже, нам пора перебираться в дурацкую кондовую обувь наших прадедов-пессимистов - лоферы и балетки не выдержат того пути, который нам предстоит. Даже если очень хочется снова пробежаться в них по летним улицам. Даже если Роспотребнадзор разрешил вернуться к привычному образу жизни. Даже если Собянин снял ограничения.

Пожалуйста, носите маску - а лучше респиратор N95 - во всех помещениях и в транспорте. Не стягивайте её на подбородок. Не приближайтесь к людям, держите дистанцию 1,5-2 метра. И не верьте жизнеутверждающим новостям о скорой окончательной победе над ковидом - её как не было на горизонте, так и нет.

Здрасте, забор покрасьте⬇️

Лучшие научные силы ЮАР брошены сейчас на изучение воздействия созданных вакцин от COVID-19 на обнаруженный недавно в стране новый штамм коронавируса, который получил маркировку 501.V2. Об этом сообщило агентство Associated Press.

На всякий случай напоминаем: британский (справа) и южноафриканский (слева) варианты в одной таблице

Вот с таким графиком вновь выявленных случаев ковида на миллион населения Англия и Шотландия с завтрашнего дня уходят в локдаун.

Англичане пытаются шутить:
Видимо, когда мы говорили "давайте сгладим кривую" надо было уточнить "вдоль оси икс".

Во вчерашнем обращении Борис Джонсон уточнил, что в британских госпиталях находится почти 27000 пациентов с ковидом (на 40% больше, чем на пике госпитализаций в апреле). Последний раз официальные данные по числу госпитализаций обновлялись неделю назад 28 декабря, тогда в больницах было 21779 пациентов с ковидом.

Кристина Пейгл (Christina Pagel) из Лондонского университетского колледжа сообщает, что каждую неделю декабря число госпитализаций в Лондоне удваивалось – не остается никаких сомнений в том, что новый британский мутант существенно увеличил трансмиссивность (визуализация Оливера Джонсона, директора Института статистики Университета Бристоля)

Странно наблюдать, как легкомысленно многие отнеслись к этой плохой новости - рост трансмиссивности означает, что число больных растет экспоненциально, а значит, экспоненциально будет расти и смертность. Для сравнения, при увеличении летальности вируса смертность выросла бы линейно.

Будут ли вакцины эффективны против новых вариантов SARS-CoV2?

Все праздновали, а Джесси Блум и его лаборатория в Институте Фреда Хатчинсона работали  -  и 4 января опубликовали исследование Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies.

Оно подтверждает, что мутации в RBD (а точнее, в RBM) шипа снижают эффективность нейтрализующих антител. В частности, мутация E484K (присутствует в новом южноафриканском и бразильском варианте) смогла более чем в 10 раз ухудшить нейтрализующую эффективность сыворотки некоторых пациентов, перенесших ковид.

Благодаря гетерогенности поствакцинального иммунитета (разнообразие антител к разным эпитопам вируса) пока ни один из новых вариантов не может свести на нет действие вакцин для всей популяции, но варианты с мутацией E484K могут  -  и вероятно будут  -  снижать эффективность поствакцинального иммунитета. Больше данных нам дадут эксперименты с нейтрализацией новых вариантов сывороткой вакцинированных (результаты экспериментов ученые обещали во 2 половине января).

Особенно обидно, что ускользающие мутанты появились до начала массовой вакцинации, при сравнительно невысоком проценте переболевших в популяции  -  вирус еще даже не посажен в клетку, но уже показывает острые зубы, которыми он планирует перегрызать прутья.

Перевели для вас кое-что из исследования и твиттера Bloom Lab⬇️

Интересующая нас мутация E484K обозначена голубым цветом: слева геномы с этой мутацией на общем дереве, справа - на карте. Посмотреть хронологию событий можно на Nextstrain
⬇️

Основные выводы:

Эволюция SARS-CoV-2 может ухудшить распознавание вируса гуморальным (антительным) иммунитетом человека. Чтобы облегчить предстоящее наблюдение за такой эволюцией, мы картировали взаимодействие антител сыворотки реконвалесцентов и всех возможных мутаций в рецептор-связывающем домене RBD спайк-белка.

Мутации в трех основных эпитопах RBD ухудшают способность поликлональных антител связывать RBD S-белка, но снижение эффективности нейтрализации существенно варьируется от пациента к пациенту, а также для одного и того же пациента в разные моменты времени.

Наиболее важными выглядят аминокислотные замены в E484 - некоторые из мутаций, включая E484K (она найдена в новых вирусных линиях в Южной Африке и Бразилии), привели к более чем 10-кратному снижению эффективности нейтрализации в случае некоторых сывороток.
⬇️

Напомним, что в сентябре лаборатория Блума представила крутой метод выявления ускользающих мутаций, разработанный Элисон Грини и Тайлером Старром, и созданную с его помощью карту ускользающих мутаций в RBD шипа Complete mapping of mutations to the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain that escape antibody recognition.

Подробности на русском можно почитать, например, на PCR.news
⬇️

Вернемся к переводу новой работы:

Ниже приведены карты ускользания для сывороток 4 пациентов (в препринте их больше).

Высокие буквы обозначают замены, которые значительно снизили эффективность связывания вируса антителами. Синим, голубым и оранжевым обозначены 3 основных эпитопа RBD: самый важный  -  в регионе E484 (темно-синий цвет), еще один  -  петля 443 - 450 (голубой цвет), и последний  -  расположенный дистально к ACE2 (оранжевый цвет).

Видно, как отличается специфичность анти-RBD иммунитета у разных переболевших: антитела пациента C (и пациента I, хотя и в меньшей степени) фокусируются на регионе вокруг E484, антитела пациента G  -  на петле 443–450, а антитела пациента K работают по всему RBD, и их эффективность не сильно затронута какой-либо отдельной мутацией.
⬇️