Итак, чем нас не радует 2021? Начнем с южноафриканского варианта 501.V2.

Министр здравоохранения Великобритании Мэтт Хэнкок сегодня на Радио BBC:

Я невероятно обеспокоен южноафриканским вариантом, и поэтому мы приняли меры, чтобы ограничить все полеты из Южной Африки.
Это очень, очень серьезная проблема […], и это даже большая проблема, чем новый британский вариант.

Роберт Пестон, политический редактор ITV:

По словам одного из научных советников правительства, причина «невероятного беспокойства» Мэтта Хэнкока по поводу южноафриканского варианта COVID-19 заключается в том, что они не так уверены в том, что вакцины будут столь же эффективны против него, как против британского варианта.

Джон Белл, профессор Оксфордского университета, который входит в правительственную рабочую группу по вакцинам:

Исследования пока в процессе, но если вы хотите знать, что говорит моя интуиция, я думаю, что вакцина будет эффективна против штамма из графства Кент, но я не знаю, справедливо ли это для южноафриканского штамма – над ним стоит большой знак вопроса.

У нас есть пространство для маневра с вакцинами, потому что на мой взгляд они работают намного лучше, чем многие из О предполагали. Они, по сути, полностью предотвращают тяжелое течение заболевания.

Маловероятно, что эти мутации полностью сведут на нет действие вакцин. Я думаю, что у вакцин в любом случае будет остаточный эффект, поэтому вопрос в том, сможем ли мы его использовать. Если нет, то мы можем сделать новые вакцины, и это не займет год.

Мы сейчас играем с вирусом в кошки-мышки, потому что это [британский и южноафриканский варианты] не единственные два варианта, которые мы увидим. Вариантов будет много.

Нам напомнили, что 13 июля у нас уже был пост, который вполне подводит итоги 2020 - что ж, почему его не повторить.

Сегодня в Москве отменили даже те скудные ограничительные меры, которые еще формально действовали.

Однако вирус ровным счетом никуда не делся.
Как наглядно показали Техас, Флорида и Калифорния, ему не страшны жара и солнце.
От него, как и полгода назад, нет специфического лечения - так бывает, ВИЧ был идентифицирован в 1983 году, и от него до сих пор нет ни лекарства, ни вакцины.
Всё больше данных говорит о том, что у перенесших инфекцию не формируется устойчивого длительного иммунитета.
Все больше ученых озвучивают то, что @coronamed предполагал еще в январе: SARS-CoV2 вполне может оказаться не по зубам фармакологии и медицине. В этом случае без ограничительных мер, которые всех так бесят, он будет бродить по популяции, пока не соберет с человечества причитающиеся ему 7% - каждого 15 из нас.

Это мрачная реальность и страшная перспектива. Как же так получается, что никто не боится?

Пожалуй, нас сейчас губит бычий рынок, в котором человечество живёт уже полвека.
В последние 90 лет в США наблюдалось 25 медвежьих (падающих) рынков. Из них за 17 лет с 1928 по 1945 было зафиксировано 12 - условно, в этот период каждые полтора года в экономике проводилась генеральная уборка, с проверкой каждой вещи в доме на прочность и целесообразность и последующей гаражной распродажей хлама. В последующие 70 лет медведи задавали тон всего 13 раз. Из них в последние 30 лет генералили первую экономику мира всего дважды - в 2000 и в 2008.

Все знают, что для роста рынков, на котором легко и приятно зарабатывать большие деньги, скупая все подряд без какого-либо анализа, быкам нужен оптимизм населения - а его питает не столько сиюминутная позитивная повестка, сколько "позитивный взгляд на мир". Оптимизм, на котором рынки растут 30 лет с двумя откатами - при том, что и Штаты, и мир имеют массу фундаментальных проблем - не является ни естественным, ни рациональным. Мы накачаны позитивом, как цыплята-бройлеры - гормонами роста. Вслед за кино, мы стали считать хэппи энд нормой и в реальной жизни - жизнь обязана вознаградить нас и сделать все хорошо, ведь это то, чего мы от неё ждём. Нам дан миллион жизнеутверждающих цитат, с которыми так легко верить в сиюминутность плохого и триумф хорошего. После дождя всегда будет радуга.

Иногда дождь означает, что началась осень, свинцовая и промозглая. За ней придёт зима - безмолвная, стылая. Затем будет весна - робкая, грязная, то и дело скатывающаяся обратно в зиму. И только потом, спустя целую вечность, когда об осенних дождях и думать забудешь, придёт обещанная мотивирующей цитатой радуга. В мае.

Большинство из нас не застали тот старый мир, где медвежьей настороженности и прагматизма было много, а беспочвенной эйфории - гораздо меньше, чем сейчас. Что ж, похоже, нам пора перебираться в дурацкую кондовую обувь наших прадедов-пессимистов - лоферы и балетки не выдержат того пути, который нам предстоит. Даже если очень хочется снова пробежаться в них по летним улицам. Даже если Роспотребнадзор разрешил вернуться к привычному образу жизни. Даже если Собянин снял ограничения.

Пожалуйста, носите маску - а лучше респиратор N95 - во всех помещениях и в транспорте. Не стягивайте её на подбородок. Не приближайтесь к людям, держите дистанцию 1,5-2 метра. И не верьте жизнеутверждающим новостям о скорой окончательной победе над ковидом - её как не было на горизонте, так и нет.

Здрасте, забор покрасьте⬇️

Лучшие научные силы ЮАР брошены сейчас на изучение воздействия созданных вакцин от COVID-19 на обнаруженный недавно в стране новый штамм коронавируса, который получил маркировку 501.V2. Об этом сообщило агентство Associated Press.

На всякий случай напоминаем: британский (справа) и южноафриканский (слева) варианты в одной таблице

Вот с таким графиком вновь выявленных случаев ковида на миллион населения Англия и Шотландия с завтрашнего дня уходят в локдаун.

Англичане пытаются шутить:
Видимо, когда мы говорили "давайте сгладим кривую" надо было уточнить "вдоль оси икс".

Во вчерашнем обращении Борис Джонсон уточнил, что в британских госпиталях находится почти 27000 пациентов с ковидом (на 40% больше, чем на пике госпитализаций в апреле). Последний раз официальные данные по числу госпитализаций обновлялись неделю назад 28 декабря, тогда в больницах было 21779 пациентов с ковидом.

Кристина Пейгл (Christina Pagel) из Лондонского университетского колледжа сообщает, что каждую неделю декабря число госпитализаций в Лондоне удваивалось – не остается никаких сомнений в том, что новый британский мутант существенно увеличил трансмиссивность (визуализация Оливера Джонсона, директора Института статистики Университета Бристоля)

Странно наблюдать, как легкомысленно многие отнеслись к этой плохой новости - рост трансмиссивности означает, что число больных растет экспоненциально, а значит, экспоненциально будет расти и смертность. Для сравнения, при увеличении летальности вируса смертность выросла бы линейно.

Будут ли вакцины эффективны против новых вариантов SARS-CoV2?

Все праздновали, а Джесси Блум и его лаборатория в Институте Фреда Хатчинсона работали  -  и 4 января опубликовали исследование Comprehensive mapping of mutations to the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human serum antibodies.

Оно подтверждает, что мутации в RBD (а точнее, в RBM) шипа снижают эффективность нейтрализующих антител. В частности, мутация E484K (присутствует в новом южноафриканском и бразильском варианте) смогла более чем в 10 раз ухудшить нейтрализующую эффективность сыворотки некоторых пациентов, перенесших ковид.

Благодаря гетерогенности поствакцинального иммунитета (разнообразие антител к разным эпитопам вируса) пока ни один из новых вариантов не может свести на нет действие вакцин для всей популяции, но варианты с мутацией E484K могут  -  и вероятно будут  -  снижать эффективность поствакцинального иммунитета. Больше данных нам дадут эксперименты с нейтрализацией новых вариантов сывороткой вакцинированных (результаты экспериментов ученые обещали во 2 половине января).

Особенно обидно, что ускользающие мутанты появились до начала массовой вакцинации, при сравнительно невысоком проценте переболевших в популяции  -  вирус еще даже не посажен в клетку, но уже показывает острые зубы, которыми он планирует перегрызать прутья.

Перевели для вас кое-что из исследования и твиттера Bloom Lab⬇️

Интересующая нас мутация E484K обозначена голубым цветом: слева геномы с этой мутацией на общем дереве, справа - на карте. Посмотреть хронологию событий можно на Nextstrain
⬇️

Основные выводы:

Эволюция SARS-CoV-2 может ухудшить распознавание вируса гуморальным (антительным) иммунитетом человека. Чтобы облегчить предстоящее наблюдение за такой эволюцией, мы картировали взаимодействие антител сыворотки реконвалесцентов и всех возможных мутаций в рецептор-связывающем домене RBD спайк-белка.

Мутации в трех основных эпитопах RBD ухудшают способность поликлональных антител связывать RBD S-белка, но снижение эффективности нейтрализации существенно варьируется от пациента к пациенту, а также для одного и того же пациента в разные моменты времени.

Наиболее важными выглядят аминокислотные замены в E484 - некоторые из мутаций, включая E484K (она найдена в новых вирусных линиях в Южной Африке и Бразилии), привели к более чем 10-кратному снижению эффективности нейтрализации в случае некоторых сывороток.
⬇️

Напомним, что в сентябре лаборатория Блума представила крутой метод выявления ускользающих мутаций, разработанный Элисон Грини и Тайлером Старром, и созданную с его помощью карту ускользающих мутаций в RBD шипа Complete mapping of mutations to the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain that escape antibody recognition.

Подробности на русском можно почитать, например, на PCR.news
⬇️

Вернемся к переводу новой работы:

Ниже приведены карты ускользания для сывороток 4 пациентов (в препринте их больше).

Высокие буквы обозначают замены, которые значительно снизили эффективность связывания вируса антителами. Синим, голубым и оранжевым обозначены 3 основных эпитопа RBD: самый важный  -  в регионе E484 (темно-синий цвет), еще один  -  петля 443 - 450 (голубой цвет), и последний  -  расположенный дистально к ACE2 (оранжевый цвет).

Видно, как отличается специфичность анти-RBD иммунитета у разных переболевших: антитела пациента C (и пациента I, хотя и в меньшей степени) фокусируются на регионе вокруг E484, антитела пациента G  -  на петле 443–450, а антитела пациента K работают по всему RBD, и их эффективность не сильно затронута какой-либо отдельной мутацией.
⬇️

А вот в случае пациента G мутация E484K почти не повлияла на нейтрализующую способность сыворотки, зато другая мутация G446V снизила её более чем в 10 раз.
⬇️

Мутации в аминокислотном остатке 484 вызывают большую тревогу: в рамках эксперимента по нейтрализации 35 сыворотками реконвалесцентов они показали "наилучший" результат в части ускользания от антител - при этом замена E484K уже довольно широко распространена (встречается в 0,11% из ~320к геномов, депонированных в базу GISAID на 23.12.20)

Вернуться в начало

Профессор Университета Квазулу-Натал Тулио де Оливейра подтвердил the Financial Times выводы лаборатории Блума.

На данный момент мы думаем, что вакцины могут стать несколько менее эффективными. Но мы все ещё уверены, что среди множества вакцин, которые выходят на рынок, какие-то будут очень эффективны.

Выводы [ученых из Института Фреда Хатчинсона] о нейтрализации антител мы разделяем и подчеркиваем в нашей статье. Есть повод для беспокойства.

Британский министр здравоохранения Хэнкок:
Я думаю, что нам, вероятно, придется еще раз вакцинировать людей, поскольку мы не знаем, насколько длителен защитный эффект от этих вакцин. Мы не знаем, как часто нам придется заново прививать людей вакциной, но, возможно, это будет происходить каждые шесть месяцев или ежегодно.

Почему-то многие отказываются верить в то, что смертей от ковида в декабре будет не меньше, а больше, чем в ноябре.

Еще раз напомним, как считать реальную ковидную смертность, на примере Ивановской области, в которой происходит что-то ужасное (спасибо Сергею Бутрию @DrButriy за наводку):

Вот несколько новостей с сайта Ivteleradio:
1 января
Смерть 272 человек от коронавируса подтвердили в декабре 2020 года, что составило 52,2% от общего числа умерших за всю пандемию.
По сравнению с октябрем количество смертей выросло в 6,5 раза. В сравнении с ноябрем – почти в четыре раза.
С начала недели [28.12 - 1.01] в статистику летальности региона вошли 38 новых случаев, что составляет более 7% от общего числа смертей в Ивановской области за все время.

3 января:
С начала недели [28.12 - 3.01] в статистику летальности вошли 46 случаев, что составляет почти 9% от общего числа смертей за всю пандемию (на сегодня в статистике 529 человек).

Всё перечисленное - смерти по Оперштабу (сайт стопкоронавирус.рф, коронавирусный монитор Яндекса, счетчик Джонса Хопкинса и всевозможные счетчики - все они отображают данные оперштаба).
Но на самом деле, это не число умерших накануне, а число историй болезни умерших, которые накануне обработала и утвердила как смерти от ковида местная комиссия по летальным исходам (об этом мы однажды подробно писали здесь).

Как эта цифра соотносится с реальностью?
Очень плохо - смотрите, например, что было в Ивановской области в ноябре:

🔶ОПЕРШТАБ
Оперштаб, смертность от ковида: 249 смертей на 1. 12 минус 176 на 1.11= 73 умерших

🔶🔶🔶🔶РОССТАТ
Росстат, смертность от ковида: 261 пациент
Росстат, смертность с ковидом: 21 пациент
Итого ковид-ассоциированная смертность по Росстату: 282 умерших

Это в 3,86 раза больше, чем ежедневные данные Оперштаба - то есть весь ноябрь ежедневное число ковидных смертей по Ивановской области на всех счетчиках надо было умножать ~ на четыре, чтобы получать данные, соответствующие Росстату.

А ведь это ещё не все ковидные смерти.

🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔶🔸СВЕРХСМЕРТНОСТЬ
После 7-10 дня болезни ПЦР-тест ковидного больного часто становится отрицательным (в верхних дыхательных путях вируса уже нет) - поэтому многие пациенты, не протестированные на амбулаторном этапе, попадают в стационар с ковидом, который уже невозможно лабораторно подтвердить при помощи ПЦР.
Включить ли умершего с ПЦР(-) в статистику ковидных смертей - исключительно на совести медиков (и совесть российских медиков в этом вопросе очень гибкая).

Однако отсутствие совести не может повлиять на показатель сверхсмертности - на сколько больше людей умерло в тот или иной ковидный месяц 2020, чем в тот же месяц нековидного 2019.

Летом и осенью было много разговоров о том, что колоссальное превышение смертности ковидных месяцев 2020 над аналогичными месяцами 2019 - а это треть миллиона человек, мы каждый раз пишем эту цифру и каждый раз не можем в нее поверить - вызвано не ковидом, а, например, стрессом населения от намордников (которые никто не носит) и ограничений (которые никто не соблюдает). Но месяц за месяцем статистика Москвы (в разные месяцы от 92 до 109% сверхсмертности официально отнесены к ковидным смертям), статистика других стран и даже слова Голиковой убедительно подтверждают, что не менее 80% - а скорее всего 90-100% - сверхсмертности каждого ковидного месяца 2020 года это прямые потери от ковида.

С этим печальным знанием вернемся в Ивановскую область и подсчитаем избыточную смертность ноября по официальным данным Росстата: 1810 - 1262 = 548 умерших, или 54,8 на 100 тыс.
🚩Это почти в 2 раза больше, чем ковид-ассоциированная смертность Росстата за тот О месяц (282)
🚩Это в 7,5 раз выше, чем данные Оперштаба (73)
🚩Сверхсмертность одного лишь ноября больше общего числа смертей от ковида за всю пандемию, указанного для Ивановской области на сайте стопкоронавирус по 3 января (529)

Теперь вы понимаете масштаб пропагандистского блядства?